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Yorodumi- PDB-8fmg: Structure of CBASS Cap5 from Pseudomonas syringae as an activated... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8fmg | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of CBASS Cap5 from Pseudomonas syringae as an activated tetramer with the cyclic dinucleotide 3'2'-c-diAMP ligand (3 tetramers in the AU) | ||||||
Components | SAVED domain-containing protein | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / cyclic dinucleotide / bacterial immunity / CBASS / Cap5 effector DNA endonuclease / viral defense | ||||||
| Function / homology | HNH endonuclease / SMODS-associated and fused to various effectors / SMODS-associated and fused to various effectors sensor domain / HNH nuclease / metal ion binding / : / HNH endonuclease Function and homology information | ||||||
| Biological species | Pseudomonas syringae (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.79 Å | ||||||
Authors | Rechkoblit, O. / Kreitler, D.F. / Aggarwal, A.K. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2024Title: Activation of CBASS Cap5 endonuclease immune effector by cyclic nucleotides. Authors: Rechkoblit, O. / Sciaky, D. / Kreitler, D.F. / Buku, A. / Kottur, J. / Aggarwal, A.K. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8fmg.cif.gz | 2.9 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8fmg.ent.gz | 2 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8fmg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8fmg_validation.pdf.gz | 4.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8fmg_full_validation.pdf.gz | 4.2 MB | Display | |
| Data in XML | 8fmg_validation.xml.gz | 169.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 8fmg_validation.cif.gz | 238.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/8fmg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/8fmg | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8fm1C ![]() 8fmfSC ![]() 8fmhC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
| #1: Protein | Mass: 42769.238 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas syringae (bacteria) / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-Y4F / Mass: 658.412 Da / Num. of mol.: 12 / Source method: obtained synthetically / Formula: C20H24N10O12P2 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 46.91 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5-6.0, 0.2 M magnesium chloride, 19-20% PEG3350 PH range: 5.5-6.0 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 17-ID-1 / Wavelength: 0.920105 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 S 9M / Detector: PIXEL / Date: Mar 17, 2022 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.920105 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.79→203.4 Å / Num. obs: 267508 / % possible obs: 88.7 % / Redundancy: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 26.98 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 7 |
| Reflection shell | Resolution: 1.79→2.001 Å / Rmerge(I) obs: 0.645 / Num. unique obs: 13376 / CC1/2: 0.58 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 8FMF Resolution: 1.79→58.12 Å / SU ML: 0.2254 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 28.6414 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 33.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.79→58.12 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -48.63 Å / Origin y: 7.28 Å / Origin z: 101.641 Å
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| Refinement TLS group |
|
Movie
Controller
About Yorodumi



Pseudomonas syringae (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation


PDBj






