+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8flo | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | X-ray crystal structure of substrate free CYP124A1 from Mycobacterium Marinum | ||||||
要素 | Cytochrome P450 124A1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / substrate free | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium marinum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å | ||||||
データ登録者 | Ghith, A. / Bruning, J.B. / Bell, S.G. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2023 タイトル: The catalytic activity and structure of the lipid metabolizing CYP124 cytochrome P450 enzyme from Mycobacterium marinum. 著者: Ghith, A. / Bruning, J.B. / Bell, S.G. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8flo.cif.gz | 105.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8flo.ent.gz | 77.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8flo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/8flo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/8flo | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 8fjoC 8fkbC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 49289.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium marinum (バクテリア) 株: ATCC BAA-535 / 遺伝子: cyp124A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B2HHT9 |
---|
-非ポリマー , 5種, 231分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 化合物 | ChemComp-PEG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.37 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.26 M ammonium sulfate, 20% w/v polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.71→47.07 Å / Num. obs: 47090 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.227 / Rpim(I) all: 0.093 / Rrim(I) all: 0.246 / Χ2: 0.85 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 326844 |
反射 シェル | 解像度: 1.71→1.74 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 7.116 / Num. measured all: 16447 / Num. unique obs: 2464 / CC1/2: 0.463 / Rpim(I) all: 3.1 / Rrim(I) all: 7.801 / Χ2: 0.71 / Net I/σ(I) obs: 0.8 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.71→45.03 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 37.36 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.71→45.03 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|