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万見
- PDB-8fl5: Crystal Structure of Enterovirus 68 3C Protease inactive mutant C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fl5
タイトルCrystal Structure of Enterovirus 68 3C Protease inactive mutant C147A at 1.8 Angstroms.
要素3C Protease
キーワードVIRAL PROTEIN / PROTEASE / HYDROLASE / ENTEROVIRUS / 3C PROTEIN / EV68 / INACTIVE MUTANT
機能・相同性
機能・相同性情報


picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity ...picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種enterovirus D68 (エンテロウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Azzolino, V.N. / Shaqra, A.M. / Schiffer, C.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2024
タイトル: Elucidating the Substrate Envelope of Enterovirus 68-3C Protease: Structural Basis of Specificity and Potential Resistance.
著者: Azzolino, V.N. / Shaqra, A.M. / Ali, A. / Kurt Yilmaz, N. / Schiffer, C.A.
履歴
登録2022年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C Protease
B: 3C Protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3962
ポリマ－40,3962
非ポリマー00
水5,549308
1
A: 3C Protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1981
ポリマ－20,1981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 3C Protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1981
ポリマ－20,1981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.166, 102.109, 41.946
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.880, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 3C Protease


分子量: 20197.922 Da / 分子数: 2 / 変異: C147A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) enterovirus D68 (エンテロウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A097BW12
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.22 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M BIS-TRIS propane, pH 6.5 0.1-0.2 M Sodium Thiocyanate 10-30% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→23.74 Å / Num. obs: 28677 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 25.33 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06742 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.07627 / Net I/σ(I): 14.19
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / Rmerge(I) obs: 0.5857 / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / Num. unique obs: 2867 / CC1/2: 0.639 / Rpim(I) all: 0.401 / Rrim(I) all: 0.7133 / % possible all: 99.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
Coot0.9.8.6モデル構築
CrysalisProデータ収集
CrysalisProデータ削減
CrysalisProデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→23.74 Å / SU ML: 0.2443 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.0499
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2391 1435 5 %
Rwork0.1765 27241 -
obs0.1796 28676 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→23.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2777 0 0 308 3085
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01142837
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15033862
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0625444
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.018505
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.8616396
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.860.32961410.25662726X-RAY DIFFRACTION99.72
1.86-1.940.30491390.2432708X-RAY DIFFRACTION99.96
1.94-2.030.30861370.23292714X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.130.27921380.20982711X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.270.27081560.20262708X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.440.24561380.19452761X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.690.24941520.18412678X-RAY DIFFRACTION100
2.69-3.080.25161440.18452734X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.870.20641500.15262742X-RAY DIFFRACTION99.97
3.87-23.740.20831400.14372759X-RAY DIFFRACTION99.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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