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- PDB-8fkm: Human Atg3 with deletions of residues 1 to 25 and 90 to 190 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fkm
タイトルHuman Atg3 with deletions of residues 1 to 25 and 90 to 190
要素Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3
キーワードLIGASE / Conjugase / Atg3 / Autophagy
機能・相同性
機能・相同性情報


Atg8-family conjugating enzyme activity / Atg12 transferase activity / Atg8-family ligase activity / Atg12-Atg5-Atg16 complex / ubiquitin-like protein transferase activity / regulation of cilium assembly / nucleophagy / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / autophagy of mitochondrion / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの ...Atg8-family conjugating enzyme activity / Atg12 transferase activity / Atg8-family ligase activity / Atg12-Atg5-Atg16 complex / ubiquitin-like protein transferase activity / regulation of cilium assembly / nucleophagy / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / autophagy of mitochondrion / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / phagophore assembly site / protein targeting to membrane / negative regulation of phagocytosis / Macroautophagy / autophagosome assembly / protein ubiquitination / enzyme binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin-like-conjugating enzyme Atg3/Atg10 / Autophagocytosis associated protein, active-site domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Ye, Y.S. / Tian, F.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM127730 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM127954 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA222349 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Multifaceted membrane interactions of human Atg3 promote LC3-phosphatidylethanolamine conjugation during autophagy.
著者: Ye, Y. / Tyndall, E.R. / Bui, V. / Bewley, M.C. / Wang, G. / Hong, X. / Shen, Y. / Flanagan, J.M. / Wang, H.G. / Tian, F.
履歴
登録2022年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0911
ポリマ－22,0911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3 / Autophagy-related protein 3 / APG3-like / hApg3 / Protein PC3-96


分子量: 22091.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATG3, APG3, APG3L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NT62

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D HNCA
151isotropic13D HN(CA)CO
191isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D HN(COCA)CB
176isotropic23D 1H-13C NOESY
161isotropic23D 1H-15N NOESY
1106isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1117anisotropic12D ARTSY
1152anisotropic12D ARTSY
1143anisotropic12D ARTSY
1134anisotropic12D ARTSY
1125anisotropic12D ARTSY
1161isotropic1HBHA(CO)NH
1176isotropic12D Hb(CbCgCd)Hd
1186isotropic12D Hb(CbCgCdCe)He
1196isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1206isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution1150 mM NaCl, 50 mM HEPES, 2 mM TCEP, 0.5 mM [U-13C; U-15N] human Atg3, 96% H2O/4% D2O13C, 15N96% H2O/4% D2O
solution2150 mM NaCl, 50 mM HEPES, 2 mM TCEP, 0.5 mM [U-13C; U-15N] human Atg3, 6.5 mg/mL Pf1 phage, 96% H2O/4% D2O15N, 2H96% H2O/4% D2O6.5 mg/mL phage
solution3150 mM NaCl, 50 mM HEPES, 2 mM TCEP, 0.5 mM [U-13C; U-15N] human Atg3, 7 % positive gel, 96% H2O/4% D2O15N, 2H96% H2O/4% D2O7% positive gel
solution4150 mM NaCl, 50 mM HEPES, 2 mM TCEP, 0.5 mM [U-13C; U-15N] human Atg3, 5 % negative gel, 96% H2O/4% D2O15N, 2H96% H2O/4% D2O5% negative gel
solution5150 mM NaCl, 50 mM HEPES, 2 mM TCEP, 0.5 mM [U-13C; U-15N] human Atg3, 5 % neutral gel, 96% H2O/4% D2O15N, 2H96% H2O/4% D2O5% neutral gel
solution6150 mM NaCl, 50 mM HEPES, 2 mM TCEP, 0.5 mM [U-13C; U-15N] human Atg3, 100% D2O13C, 15N100% D2O
solution7150 mM NaCl, 50 mM HEPES, 2 mM TCEP, 0.5 mM [U-13C; U-15N] human Atg3, 92% H2O/8% D2O15N, 2H92% H2O/8% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
150 mMNaClnatural abundance1
50 mMHEPESnatural abundance1
2 mMTCEPnatural abundance1
0.5 mMhuman Atg3[U-13C; U-15N]1
150 mMNaClnatural abundance2
50 mMHEPESnatural abundance2
2 mMTCEPnatural abundance2
0.5 mMhuman Atg3[U-13C; U-15N]2
6.5 mg/mLPf1 phagenatural abundance2
150 mMNaClnatural abundance3
50 mMHEPESnatural abundance3
2 mMTCEPnatural abundance3
0.5 mMhuman Atg3[U-13C; U-15N]3
7 %positive gelnatural abundance3
150 mMNaClnatural abundance4
50 mMHEPESnatural abundance4
2 mMTCEPnatural abundance4
0.5 mMhuman Atg3[U-13C; U-15N]4
5 %negative gelnatural abundance4
150 mMNaClnatural abundance5
50 mMHEPESnatural abundance5
2 mMTCEPnatural abundance5
0.5 mMhuman Atg3[U-13C; U-15N]5
5 %neutral gelnatural abundance5
150 mMNaClnatural abundance6
50 mMHEPESnatural abundance6
2 mMTCEPnatural abundance6
0.5 mMhuman Atg3[U-13C; U-15N]6
150 mMNaClnatural abundance7
50 mMHEPESnatural abundance7
2 mMTCEPnatural abundance7
0.5 mMhuman Atg3[U-13C; U-15N]7
試料状態イオン強度: NaCl 150 mM / Label: condition_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 Pa / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8502

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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