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万見
- PDB-8fkd: Crystal structure of PPARgamma ligand-binding domain in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fkd
タイトルCrystal structure of PPARgamma ligand-binding domain in complex with N-CoR peptide and inverse agonist SR33068
要素
  • Nuclear receptor corepressor 1
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear receptors / TZDs / Drug design / Therapeutic targets / transcription-agonist complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / negative regulation of JNK cascade / prostaglandin receptor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of glycolytic process / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly ...: / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / negative regulation of JNK cascade / prostaglandin receptor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of glycolytic process / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / nuclear thyroid hormone receptor binding / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / : / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / DNA binding domain binding / lipoprotein transport / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / STAT family protein binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / response to lipid / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / LBD domain binding / Notch-HLH transcription pathway / negative regulation of cholesterol storage / lipid homeostasis / E-box binding / locomotor rhythm / alpha-actinin binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / R-SMAD binding / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / white fat cell differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / histone deacetylase complex / Regulation of MECP2 expression and activity / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of mitochondrial fission / cell fate commitment / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of MAPK cascade / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / Nuclear signaling by ERBB4 / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / cell maturation / spindle assembly / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / intracellular receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / hormone-mediated signaling pathway / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / transcription repressor complex / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / epithelial cell differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / response to nutrient / negative regulation of miRNA transcription / peptide binding / negative regulation of angiogenesis / transcription coregulator binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / Regulation of PTEN gene transcription / nuclear receptor binding / fatty acid metabolic process / HDACs deacetylate histones / placenta development / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / Cytoprotection by HMOX1 / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of miRNA transcription / regulation of blood pressure / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / lipid metabolic process / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants
類似検索 - 分子機能
N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / SANT domain profile. / Myb domain / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain ...N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / SANT domain profile. / Myb domain / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / Peroxisome proliferator-activated receptor / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / : / Homeobox-like domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Nuclear receptor corepressor 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者MacTavish, B.S. / Kojetin, D.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)6R01DK124870 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Ligand efficacy shifts a nuclear receptor conformational ensemble between transcriptionally active and repressive states.
著者: MacTavish, B.S. / Zhu, D. / Shang, J. / Shao, Q. / He, Y. / Yang, Z.J. / Kamenecka, T.M. / Kojetin, D.J.
履歴
登録2022年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年4月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
D: Nuclear receptor corepressor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5046
ポリマ－34,0152
非ポリマー4894
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.125, 62.125, 162.209
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 31506.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37231
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor corepressor 1 / N-CoR / N-CoR1


分子量: 2508.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCOR1, KIAA1047 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75376
#3: 化合物 ChemComp-Y5O / 2-chloro-N-(6-cyanopyridin-3-yl)-5-nitrobenzamide


分子量: 302.673 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H7ClN4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES, pH 6.5, 30% w/v, PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979318 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979318 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→42.4 Å / Num. obs: 16390 / % possible obs: 98.61 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 37.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1217 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.22→2.302 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 1.479 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / Num. unique obs: 1571 / % possible all: 86.71

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.22→42.4 Å / SU ML: 0.341 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.6178
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2514 848 5.24 %
Rwork0.2166 15339 -
obs0.2183 16389 98.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→42.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2254 0 32 98 2384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022319
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.44393115
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039395
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0319895
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.22-2.360.40931270.38242305X-RAY DIFFRACTION91.98
2.36-2.540.25131380.26842536X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.80.32031450.25352551X-RAY DIFFRACTION99.89
2.8-3.20.27891390.25452557X-RAY DIFFRACTION99.96
3.2-4.040.23131540.19162602X-RAY DIFFRACTION99.89
4.04-42.40.21211450.17642788X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.191261226430.1112204185340.4565214323062.98181193586-0.9432008402934.15706107957-0.00248427930566-0.2043690749450.1595092338110.0295285699029-0.0839106128901-0.0419094390053-0.0863545531876-0.1171411020230.06834268290770.397696864820.02039443526160.006166769558920.331301171883-0.08550600503870.3057901364469.4141666411225.708953114415.3227545617
26.90018080450.4071827695452.090793953593.550049294233.244636403944.071330691980.160772895155-0.851517731944-0.6254159168281.17780470327-0.2400527513710.387852059067-0.390259556935-1.049090917470.0708503437260.6428249589710.09528390390490.01455542584330.5476670387640.1256944041390.2348632116462.500283291141.155214337333.9179915864
30.8461359360490.286186095259-0.4815519633165.33239457846-2.064467828172.28755403504-0.0713435562113-0.0323312411071-0.1085102279540.1523717052150.1704217810420.702019536634-0.0149932246408-0.497440588513-0.1182947400690.2739763204670.0296689038136-0.005857625855860.403222710318-0.02433239579950.415877595226-6.9878421977912.753650302212.6872433113
46.84248437013.110519985450.2371694483387.06151344719-3.231312410664.51174173596-0.00269430462258-0.0224870423341-0.0942548406743-0.0678218902208-0.000763642199848-0.05277389820720.178891909011-0.1007755399370.06266453600970.2747322566130.052593770637-0.009814588709350.3137296451610.0114129397990.2652866324674.22920339726-0.52538604471119.6840049541
57.368439609720.2667935228272.867146030582.83254984964-0.2863178672813.905294607420.1442538007280.364655844955-0.129069859306-0.264525669323-0.0610388438524-0.07068546125420.03928521552890.213820689621-0.08772102946340.3093853922760.04102355317670.01934962779690.257017314387-0.0497055889680.2153145023929.5448921175420.82616820034.53296519835
65.719206840992.48192903466-2.046233462812.49853715476-1.475377681832.99864932682-0.219161637680.386262545425-0.564079447917-0.1582759624760.189360321950.08737349387380.349545779255-0.4064723825820.02194619534060.3381456534420.0356858954843-0.009829591576690.299733059193-0.03718381109750.376379004911-1.99602446688-0.091759186003211.2334489528
71.887293865380.0644140491119-0.844565294419.25752764981-6.566896347127.31767058949-0.04530741442810.496598627044-0.198623596593-0.5862708972690.0597516887692.054255107140.682454159235-1.282087985740.09453486921140.438576782494-0.0457537361794-0.07808160169710.631075099619-0.1208471164860.713166095262-14.496776330917.53237032226.78755855035
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 202 through 237 )AA202 - 2371 - 36
22chain 'A' and (resid 238 through 258 )AA238 - 25837 - 57
33chain 'A' and (resid 259 through 333 )AA259 - 33358 - 124
44chain 'A' and (resid 334 through 377 )AA334 - 377125 - 168
55chain 'A' and (resid 378 through 430 )AA378 - 430169 - 221
66chain 'A' and (resid 431 through 477 )AA431 - 477222 - 268
77chain 'D' and (resid 2259 through 2272 )DF2259 - 22721 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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