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Yorodumi- PDB-8fk9: Crystal Structure of the Tick Evasin EVA-ACA1001 Complexed to Hum... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8fk9 | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Tick Evasin EVA-ACA1001 Complexed to Human Chemokine CCL16 | ||||||
Components |
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Keywords | CYTOKINE / Evasin / Chemokine-binding protein / ticks | ||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of chemokine activity / lymphocyte chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / cell communication / C-C chemokine binding / eosinophil chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / chemoattractant activity ...negative regulation of chemokine activity / lymphocyte chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / cell communication / C-C chemokine binding / eosinophil chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / chemoattractant activity / monocyte chemotaxis / cellular response to interleukin-1 / neutrophil chemotaxis / cellular response to type II interferon / chemotaxis / cell-cell signaling / cellular response to tumor necrosis factor / G alpha (i) signalling events / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / G protein-coupled receptor signaling pathway / extracellular space / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Amblyomma cajennense (Cayenne tick) Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Devkota, S.R. / Bhusal, R.P. / Aryal, P. / Wilce, M.C.J. / Stone, M.J. | ||||||
Funding support | Australia, 1items
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Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2024 Title: Structural basis of chemokine recognition by the class A3 tick evasin EVA-ACA1001. Authors: Devkota, S.R. / Aryal, P. / Wilce, M.C.J. / Payne, R.J. / Stone, M.J. / Bhusal, R.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8fk9.cif.gz | 153.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8fk9.ent.gz | 100.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8fk9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/8fk9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/8fk9 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 11940.115 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Amblyomma cajennense (Cayenne tick) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A023FFD0 #2: Protein | Mass: 11458.301 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CCL16, ILINCK, NCC4, SCYA16 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O15467 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M HEPES 7 pH, 0.5 %v/v Jeff ED-2001, 1.1 M Na2 Malon |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.953 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 10, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.953 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→49.24 Å / Num. obs: 23069 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13 % / Biso Wilson estimate: 47.18 Å2 / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 7 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.83 Å / Num. unique obs: 1609 / CC1/2: 0.592 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7→42.37 Å / SU ML: 0.2779 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 28.234 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 55.96 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→42.37 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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