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- PDB-8fk9: Crystal Structure of the Tick Evasin EVA-ACA1001 Complexed to Hum... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fk9
タイトルCrystal Structure of the Tick Evasin EVA-ACA1001 Complexed to Human Chemokine CCL16
要素
  • C-C motif chemokine 16
  • Evasin P991
キーワードCYTOKINE / Evasin / Chemokine-binding protein / ticks
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of chemokine activity / CCR chemokine receptor binding / cell communication / chemokine-mediated signaling pathway / C-C chemokine binding / eosinophil chemotaxis / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / chemoattractant activity / chemotaxis ...negative regulation of chemokine activity / CCR chemokine receptor binding / cell communication / chemokine-mediated signaling pathway / C-C chemokine binding / eosinophil chemotaxis / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / chemoattractant activity / chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cell migration / inflammatory response / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Evasins Class A / Evasins Class A / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like
類似検索 - ドメイン・相同性
Evasin P991 / C-C motif chemokine 16
類似検索 - 構成要素
生物種Amblyomma cajennense (ダニ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Devkota, S.R. / Bhusal, R.P. / Aryal, P. / Wilce, M.C.J. / Stone, M.J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1140867 オーストラリア
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Structural basis of chemokine recognition by the class A3 tick evasin EVA-ACA1001.
著者: Devkota, S.R. / Aryal, P. / Wilce, M.C.J. / Payne, R.J. / Stone, M.J. / Bhusal, R.P.
履歴
登録2022年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Evasin P991
B: Evasin P991
C: C-C motif chemokine 16
D: C-C motif chemokine 16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7974
ポリマ－46,7974
非ポリマー00
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.062, 122.801, 60.501
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Space group name HallC22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z
#8: -x+1/2,-y+1/2,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-207-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 21 through 23 or (resid 24...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 21 through 49 or (resid 50...
d_1ens_2(chain "C" and (resid 15 through 27 or (resid 28...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 15 through 19 or (resid 20...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLUPROA2 - 85
d_21ens_1GLUPROB1 - 84
d_11ens_2SERPROC2 - 64
d_21ens_2SERPROD1 - 63

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.131049038746, -0.991373683561, 0.00209021230146), (-0.991373784249, 0.131052812078, 0.00178335357221), (-0.00204189799992, -0.0018384749078, -0.999996225324)63.4900385083, 55.6943202119, 30.2147994612
2given(-0.127897899322, -0.991785898461, -0.00169084684754), (-0.991215310092, 0.127881840943, -0.0337408327606), (0.0336799107419, -0.00263938834914, -0.999429185706)63.5334656577, 56.0416954586, 29.3317394086

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要素

#1: タンパク質 Evasin P991


分子量: 11940.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amblyomma cajennense (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A023FFD0
#2: タンパク質 C-C motif chemokine 16 / Chemokine CC-4 / HCC-4 / Chemokine LEC / IL-10-inducible chemokine / LCC-1 / Liver-expressed ...Chemokine CC-4 / HCC-4 / Chemokine LEC / IL-10-inducible chemokine / LCC-1 / Liver-expressed chemokine / Lymphocyte and monocyte chemoattractant / LMC / Monotactin-1 / MTN-1 / NCC-4 / Small-inducible cytokine A16


分子量: 11458.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL16, ILINCK, NCC4, SCYA16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15467
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES 7 pH, 0.5 %v/v Jeff ED-2001, 1.1 M Na2 Malon

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→49.24 Å / Num. obs: 23069 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 47.18 Å2 / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / Num. unique obs: 1609 / CC1/2: 0.592

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→42.37 Å / SU ML: 0.2779 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.234
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2661 1079 4.68 %
Rwork0.2528 21990 -
obs0.2534 23069 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→42.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2174 0 0 43 2217
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00412233
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72363080
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491371
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057396
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1566315
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.623855966542
ens_2d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.581083839448
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.820.33211220.35092782X-RAY DIFFRACTION99.9
2.82-2.970.27951480.33452718X-RAY DIFFRACTION99.76
2.97-3.160.2951370.30132767X-RAY DIFFRACTION99.42
3.16-3.40.31141320.27542736X-RAY DIFFRACTION99.31
3.4-3.740.2371190.27492732X-RAY DIFFRACTION99.55
3.74-4.280.27361450.22552766X-RAY DIFFRACTION99.73
4.29-5.40.22591070.19852767X-RAY DIFFRACTION99.69
5.4-42.370.25441690.23272722X-RAY DIFFRACTION99.18
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.189983639-1.6091466893-0.7950262677794.492407957160.9617167762454.913821502790.116860409582-0.003761466950620.400017575991-0.1609999109550.236545123768-0.0597365586253-1.040895667970.311713577513-0.437987388330.566572219993-0.0488724650895-0.01212926697710.3869376701930.04370315367130.34338404051223.41850.612.558
28.63321927415-0.465089668067-2.319263439647.796278610538.61031423819.81552281209-0.413550879815-0.2653788743120.8229627311130.2065534209360.4370343888040.735900128244-0.239134574226-0.464596039621-0.02342640617710.6621637341720.130515062285-0.01391103310120.3708139521170.08660158057420.76748011399214.00146.3793.176
35.523648165315.55357132823-2.075104195877.11230219161.600246323418.597326178190.08055712200321.051730949221.64173650695-1.99753619276-0.1194426135211.06735565651-1.0230900187-0.676824852792-0.009723326864841.107830350760.283203177325-0.02840202221210.4742218564140.1487111594210.60721313114216.7856.086-4.516
45.46481179856-0.732276376354-0.8523361520651.64323407785-0.1929159480635.52796124013-0.2050531423890.1542569545360.5910908230350.3850393858240.5505780295310.469823207121-0.310979727025-0.941086708139-0.4421287347870.4254038687640.008396527018680.1069361424970.4150944263310.06641107814990.58266290880313.00939.51422.597
56.337801737780.6744714192774.991573592167.76587257322-1.176133973165.980511508040.7324007781510.5160890681270.0527231250211-0.570073782729-0.342864405874-0.1229221246781.260880433490.739169464154-0.2341000700710.606040488130.1460507056460.02701698951710.4585962594060.02058211864060.2827286165268.82441.35231.128
67.32968554602-1.781581280381.234372048574.25471268408-0.9024581092732.079505801650.232628626614-0.645942828555-0.5780126308180.637003877456-0.07507356638070.2798910023380.446409217997-0.319245377234-0.2691617328920.556533754904-0.03488569781310.06883451258370.3984793584380.03615508119460.31764919295412.5437.22927.127
72.43595317366-2.527455423042.92485628899.53761779188-0.8310453021264.51450536356-0.667963321168-0.1256362334790.3820088249030.509874569955-0.07600639770660.98981870132-0.0795720540477-0.7664239703910.3734747050230.3903077389780.1105406791220.02496280874320.429266778474-0.02326283069740.5268165965415.5848.26826.966
88.738553407926.2599916256-3.967272639337.10985520094-6.680809213789.402978948610.367155047196-0.9905430887150.6793703084211.583398293540.276746411961.85954817079-1.365807124450.682203048955-0.5791708451880.856428858143-0.1460886551470.283987384450.735988627312-0.1366743120010.632314722065.64645.9834.377
93.70556536761-2.3158000677-1.12814664696.319253853843.606157303352.244321849680.516913930443-0.7721908451332.169038692120.3982899139920.911454424909-0.559373430086-1.44748476554-1.41544282968-1.38751930590.9262336111260.1236424006920.2600476597580.800256895869-0.01498480140170.72222462534527.18749.55212.942
105.9138408653-0.153799997579-0.213061102227.131942100253.968023001334.059561800430.1830442874770.500563791575-0.0176784768878-0.6997822321950.173518557413-0.404874376318-1.097336558530.122516363743-0.4448422265430.577033417363-0.104350380055-0.003984526828070.4376265156080.08779837060650.33833141469836.22339.377-0.167
114.61170881028-0.896474330587-1.267772636128.721309406593.198546779432.493636821680.353991260667-0.9175027793930.3188652854230.956589192451-0.566581254169-0.239135355808-0.2200675045150.2316518167150.2272254544590.682115472139-0.09129171524570.0302613597920.542116929239-0.04756899502370.31541233767337.8137.8687.342
121.02752416458-1.334724862310.5258367364699.59696763974-3.774795343647.802771942390.684701882725-0.1063510566340.022105194078-0.38140795096-0.839910484323-0.85851433446-1.093203028991.86736346141-0.0873898374040.514048660876-0.04398041106670.0684003681520.6160069016790.00683780660180.55286863870545.62236.363-3.747
132.836991490071.66030743421-2.147398029741.492958438270.7169773561358.61099293179-0.02653251842430.4722763861330.2279976481270.4361849498810.203792453639-0.0718849091077-0.295105571483-0.405850738956-0.1102717526210.3917458696390.06903308140240.02664291247550.373762493183-0.02944590534830.36634930232340.6133.276-0.967
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187.00722813162-2.24776432318-2.68535517023.13203866564.342769639825.74542982261-0.219611933630.6247915168130.8867753762870.413892624441-0.254084000845-0.31661993222-0.836503621946-0.221224990472-0.02551499704770.811620970083-0.053061649386-0.1064868428820.331905999640.1519951768080.55330984725824.0446.1566.295
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND RESID 28:57 )C28 - 57
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN C AND RESID 58:68 )C58 - 68
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 69:77 )C69 - 77
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 15:30 )D15 - 30
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN D AND RESID 31:37 )D31 - 37
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN D AND RESID 38:57 )D38 - 57
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN D AND RESID 58:69 )D58 - 69
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN D AND RESID 70:77 )D70 - 77
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 20:28 )A20 - 28
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 29:49 )A29 - 49
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 50:66 )A50 - 66
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN A AND RESID 67:87 )A67 - 87
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN A AND RESID 88:104 )A88 - 104
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 21:25 )B21 - 25
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 26:60 )B26 - 60
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 61:87 )B61 - 87
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN B AND RESID 88:104 )B88 - 104
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN C AND RESID 14:27 )C14 - 27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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