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- PDB-8fjq: Structure of Thermomonospora curvata heme-containing DyP-type per... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8fjq | ||||||
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Title | Structure of Thermomonospora curvata heme-containing DyP-type peroxidase E293G mutant | ||||||
![]() | Dyp-type peroxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / DyP-type Peroxidase | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Khadka, S. / Li, P. / Geisbrecht, B.V. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure of Thermomonospora curvata heme-containing DyP-type peroxidase E293G mutant Authors: Khadka, S. / Geisbrecht, B. / Li, P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 314.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 253.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 31.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 45.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5jxuS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 43605.961 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E293G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2 Å3/Da / Density % sol: 38.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 20% w/v PEG5000 MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 23, 2021 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.62→50 Å / Num. obs: 89196 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 4.1 % / CC1/2: 0.991 / Χ2: 0.047 / Net I/σ(I): 20.3 / Num. measured all: 1101296 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 5JXU Resolution: 1.62→43.03 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.04 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.62→43.03 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -48.5159 Å / Origin y: -7.5983 Å / Origin z: 11.6074 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |