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- PDB-8fij: Wild type APOBEC3A in complex with TT(FdZ)-hairpin inhibitor (cry... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fij
タイトルWild type APOBEC3A in complex with TT(FdZ)-hairpin inhibitor (crystal form 2)
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*TP*TP*(UFP)P*GP*CP*GP*CP*T)-3')
  • DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3A
キーワードDNA BINDING PROTEIN / APOBEC / APOBEC3A / A3A / cancer / DNA / mutation / cytidine deaminase / hairpin DNA inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA Editing: C to U Conversion / Formation of the Editosome / single-stranded DNA cytosine deaminase / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / clearance of foreign intracellular DNA / cytidine deaminase activity / transposable element silencing / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation ...mRNA Editing: C to U Conversion / Formation of the Editosome / single-stranded DNA cytosine deaminase / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / clearance of foreign intracellular DNA / cytidine deaminase activity / transposable element silencing / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / negative regulation of viral genome replication / P-body / defense response to virus / innate immune response / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Novel AID APOBEC clade 2 / : / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.799 Å
データ登録者Harjes, S. / Jameson, G.B. / Harjes, E. / Filichev, V.V. / Kurup, H.M.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Health Research Council (HRC)20/1355 ニュージーランド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure-guided inhibition of the cancer DNA-mutating enzyme APOBEC3A.
著者: Harjes, S. / Kurup, H.M. / Rieffer, A.E. / Bayarjargal, M. / Filitcheva, J. / Su, Y. / Hale, T.K. / Filichev, V.V. / Harjes, E. / Harris, R.S. / Jameson, G.B.
履歴
登録2022年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3A
B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3A
D: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*TP*TP*(UFP)P*GP*CP*GP*CP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*TP*TP*(UFP)P*GP*CP*GP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,08112
ポリマ－53,3814
非ポリマー7018
水362
1
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3A
D: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*TP*TP*(UFP)P*GP*CP*GP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0416
ポリマ－26,6902
非ポリマー3504
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3A
E: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*TP*TP*(UFP)P*GP*CP*GP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0416
ポリマ－26,6902
非ポリマー3504
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.943, 56.365, 90.113
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.985, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth seq-ID: 10 - 196 / Label seq-ID: 10 - 196

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCSアンサンブル: (詳細: Global NCS restraints between domains: 1 2)
NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.123951, 0.042222, 0.99139), (0.015743, -0.999052, 0.04058), (0.992163, 0.010578, -0.124498)6.47408, 13.41176, -6.2209
3given(1), (1), (1)
4given(0.079336, 0.036307, 0.996187), (-0.066188, -0.996939, 0.041606), (0.994648, -0.069236, -0.07669)8.08412, 16.440611, -5.73424

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要素

#1: タンパク質 DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3A / A3A / Phorbolin-1


分子量: 23041.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOBEC3A / プラスミド: pETite / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P31941, single-stranded DNA cytosine deaminase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*TP*TP*(UFP)P*GP*CP*GP*CP*T)-3')


分子量: 3649.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.65 % / 解説: Flattened needle
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: A3A-E72A (50 mM MES pH 6.0, 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, 0.2 mM EDTA) was mixed with oligonucleotides (10 mM Tris/HCl pH 7.9, 1 mM EDTA) at 0.85 mM and 1.7 mM respectively. Dilution was done with ...詳細: A3A-E72A (50 mM MES pH 6.0, 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, 0.2 mM EDTA) was mixed with oligonucleotides (10 mM Tris/HCl pH 7.9, 1 mM EDTA) at 0.85 mM and 1.7 mM respectively. Dilution was done with protein buffer. The mixture was added to crystallization liquid 1 to 1 and the mixture was pipetted on siliconized glass disks and sealed on top of a reservoir of crystallization liquid for hanging drop crystallization at 12 degrees Celsius. The crystallization liquid has the following composition: 100 mM Bicine at pH 6.6, 200 mM NaCl, 20 mM putrescine, 1 mM TCEP, 1 mM inositol hexaphosphate (phytic acid) and 45 % pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953739 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月23日 / 詳細: 1 vertical and 2 horizontal focussing mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953739 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.799→48.291 Å / Num. obs: 11861 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 57 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.183 / Rpim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 1.157 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1629 / CC1/2: 0.466 / Rpim(I) all: 0.735 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
JBluIce-EPICSデータ収集
Aimlessデータスケーリング
pointlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
Coot0.8.9.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KEG

5keg


解像度: 2.799→48.291 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.834 / WRfactor Rfree: 0.313 / WRfactor Rwork: 0.251 / SU B: 67.886 / SU ML: 0.581 / Average fsc free: 0.7681 / Average fsc work: 0.7885 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.5 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3182 623 5.256 %RANDOM
Rwork0.2577 11229 --
all0.261 ---
obs-11852 97.724 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 60.975 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.278 Å2-0 Å21.154 Å2
2---2.679 Å2-0 Å2
3----1.939 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.799→48.291 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2924 404 32 2 3362
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0123478
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0152908
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.641.6544800
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3521.5856630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1445362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.61220.778180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.8615453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0421526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023700
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02866
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.2726
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2360.22720
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1920.21588
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0910.21549
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2130.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.2150.27
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.070.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2150.227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2880.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1010.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0984.8281463
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0854.8271462
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0977.2291820
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.0967.2311821
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1315.1792015
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0565.1211992
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2217.7342980
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1697.6482945
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it10.49588.413838
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other10.4488.33613833
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight positional; tight thermal / Rms dev Biso : 5.13109 Å2 / Rms dev position: 0.27737 Å / Weight Biso : 0.5 / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.799-2.8710.432310.356719X-RAY DIFFRACTION86.3061
2.871-2.950.406320.365846X-RAY DIFFRACTION99.0971
2.95-3.0350.294490.353753X-RAY DIFFRACTION98.164
3.035-3.1290.312330.339793X-RAY DIFFRACTION98.2164
3.129-3.2310.41330.329731X-RAY DIFFRACTION98.3269
3.231-3.3440.388410.292725X-RAY DIFFRACTION97.8289
3.344-3.4710.353380.255682X-RAY DIFFRACTION98.6301
3.471-3.6120.32460.234676X-RAY DIFFRACTION99.8617
3.612-3.7720.308410.225635X-RAY DIFFRACTION99.2658
3.772-3.9560.252380.22621X-RAY DIFFRACTION99.0977
3.956-4.170.295360.22588X-RAY DIFFRACTION99.5215
4.17-4.4220.239500.201529X-RAY DIFFRACTION98.3022
4.422-4.7260.293220.197531X-RAY DIFFRACTION99.1039
4.726-5.1040.289270.231496X-RAY DIFFRACTION98.8658
5.104-5.5890.289300.242441X-RAY DIFFRACTION98.3299
5.589-6.2450.429300.28405X-RAY DIFFRACTION98.6395
6.245-7.2050.392180.283360X-RAY DIFFRACTION98.6945
7.205-8.810.38150.272306X-RAY DIFFRACTION97.8659
8.81-12.3960.2260.249251X-RAY DIFFRACTION96.9811
12.396-48.2910.42770.311141X-RAY DIFFRACTION94.2675
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1818-0.32350.87510.7485-0.11132.16550.0208-0.00310.0215-0.06660.1035-0.03060.0287-0.03-0.12430.2501-0.01830.16670.0177-0.0050.127214.540.38531.282
21.4640.32140.34511.1541-0.04291.34270.09060.10890.13070.06080.01860.0989-0.0357-0.1277-0.10920.18450.00630.17350.02740.01960.171237.96313.9013.052
31.54592.2626-0.38793.7958-1.1260.7461-0.03030.2628-0.11970.1288-0.1343-0.3028-0.10810.49530.16460.223-0.07960.11750.53560.12230.198734.68-7.36230.45
41.7711-0.42120.7518.73914.9094.33130.0479-0.59880.20450.49920.092-0.37450.1716-0.4153-0.13990.23810.01840.10820.381-0.08230.11739.82524.18823.726
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA10 - 196
2X-RAY DIFFRACTION2ALLB10 - 196
3X-RAY DIFFRACTION3ALLD-4 - 3
4X-RAY DIFFRACTION4ALLE-6 - 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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