PDB-8fif: A2.3 Nanobody In Complex With Microcystin-LR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fif

タイトル

A2.3 Nanobody In Complex With Microcystin-LR

要素

Microcystin-LR
Single Domain Camelid Nanobody VHH A2.3

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Nanobody

機能・相同性

Microcystin-LR (MCLR) bound form

機能・相同性情報

生物種

Lama glama (ラマ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Arenas, R. / Tabares-da Rosa, S. / Gonzalez-Sapienza, G. / Wilson, D.K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A2.3 Nanobody In Complex With Microcystin-LR
著者: Arenas, R. / Tabares-da Rosa, S. / Gonzalez-Sapienza, G. / Wilson, D.K.

履歴

登録	2022年12月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fif.cif.gz	96.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fif.ent.gz	70.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fif.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fif_validation.pdf.gz	479.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fif_full_validation.pdf.gz	500.1 KB	表示
XML形式データ	8fif_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	8fif_validation.cif.gz	29 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/8fif ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/8fif	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Single Domain Camelid Nanobody VHH A2.3

B: Single Domain Camelid Nanobody VHH A2.3

C: Single Domain Camelid Nanobody VHH A2.3

D: Microcystin-LR

F: Microcystin-LR

G: Microcystin-LR

46.1 kDa, 6 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.097, 101.317, 102.412
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	Single Domain Camelid Nanobody VHH A2.3 分子量: 14351.988 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド	Microcystin-LR タイプ: Oligopeptide / クラス: 毒素 / 分子量: 1016.211 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: Microcystin-LR (MCLR) bound form
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.97 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25% w/v PEG MME 3350, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→36.01 Å / Num. obs: 17031 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 2.35→2.43 Å / R_merge(I) obs: 0.997 / Num. unique obs: 1635 / R_pim(I) all: 0.68

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→35.685 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 12.994 / SU ML: 0.287 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.523 / ESU R Free: 0.296 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2801	847	4.985 %	0.05
R_work	0.2357	16143	-	-
all	0.238	-	-	-
obs	-	16990	98.693 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.214 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.013 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.125 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.138 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→35.685 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2768	0	213	142	3123

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	3037
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2824
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.92	1.742	4098
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.657	1.671	6433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.415	5	354
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.127	5	27
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.555	10	460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.529	10	135
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	432
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3714
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	840
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.278	0.2	767
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.242	0.2	2930
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.195	0.2	1427
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	1836
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.275	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.188	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.147	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.22	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.01	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.2	5.916	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.198	5.917	1429
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.66	10.592	1781
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.659	10.595	1781
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.561	6.575	1609
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.559	6.574	1610
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.001	11.825	2317
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.999	11.823	2318
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	17.119	63.684	3540
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	17.115	63.685	3536

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.35-2.411	0.455	73	0.425	1155	0.427	1248	0.845	0.868	98.3974	0.411
2.411-2.477	0.461	58	0.414	1138	0.417	1197	0.86	0.887	99.9165	0.388
2.477-2.548	0.341	49	0.388	1136	0.386	1201	0.919	0.903	98.6678	0.355
2.548-2.626	0.371	62	0.331	1057	0.333	1119	0.886	0.932	100	0.294
2.626-2.712	0.371	61	0.28	1069	0.285	1133	0.918	0.954	99.7352	0.239
2.712-2.806	0.291	46	0.26	1006	0.261	1060	0.947	0.958	99.2453	0.223
2.806-2.911	0.35	42	0.252	1019	0.256	1065	0.932	0.961	99.6244	0.215
2.911-3.029	0.36	46	0.242	928	0.246	983	0.913	0.963	99.0844	0.209
3.029-3.163	0.353	34	0.261	872	0.265	981	0.896	0.956	92.3547	0.233
3.163-3.316	0.346	50	0.266	854	0.27	916	0.922	0.96	98.69	0.239
3.316-3.494	0.327	53	0.247	843	0.252	899	0.923	0.97	99.6663	0.233
3.494-3.704	0.195	39	0.237	793	0.235	833	0.973	0.975	99.88	0.23
3.704-3.956	0.274	37	0.223	749	0.225	791	0.956	0.976	99.3679	0.218
3.956-4.269	0.252	50	0.206	716	0.209	767	0.959	0.976	99.8696	0.205
4.269-4.67	0.184	33	0.171	643	0.171	678	0.976	0.982	99.705	0.175
4.67-5.21	0.262	31	0.18	592	0.185	627	0.965	0.982	99.362	0.185
5.21-5.995	0.241	26	0.204	515	0.206	567	0.972	0.977	95.4145	0.201
5.995-7.29	0.287	21	0.221	450	0.224	492	0.933	0.972	95.7317	0.214
7.29-10.102	0.295	25	0.2	369	0.206	395	0.941	0.974	99.7468	0.212
10.102-35.685	0.161	11	0.248	239	0.244	256	0.988	0.96	97.6562	0.266

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