PDB-8fia: The structure of fly Teneurin self assembly

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fia

タイトル

The structure of fly Teneurin self assembly

要素

Teneurin-m

キーワード

CELL ADHESION / adhesion / extracellular

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of homotypic cell-cell adhesion / compound eye corneal lens development / postsynaptic spectrin-associated cytoskeleton organization / maintenance of alignment of postsynaptic density and presynaptic active zone / synaptic target attraction / compound eye photoreceptor development / synaptic vesicle membrane organization / postsynaptic membrane organization / positive regulation of locomotion / R7 cell development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Bandekar, S.J. / Li, J. / Arac, D.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM134035	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	F32GM142266	米国

引用

ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2023
タイトル: The structure of fly Teneurin-m reveals an asymmetric self-assembly that allows expansion into zippers.
著者: Li, J. / Bandekar, S.J. / Arac, D.

履歴

登録	2022年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8fia.ent.gz	607.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	8fia_full_validation.pdf.gz	809 KB	表示
XML形式データ	8fia_validation.xml.gz	35.7 KB	表示
CIF形式データ	8fia_validation.cif.gz	55.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/8fia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/8fia	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (2)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Teneurin-m

ヘテロ分子

228 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Teneurin-m

ヘテロ分子

A: Teneurin-m

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
455 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.203, 129.857, 188.158
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Teneurin-m / Tenm / Odd Oz protein / Tenascin-like protein 分子量: 222582.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Ten-m, odz, CG5723 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O61307

-
糖 , 6種, 8分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#6: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#7: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 316分子

#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.61	57.36
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	詳細
293	1	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	0.2 M Ammonium Acetate, 20% PEG 3350
293	2	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	0.5 M Ammonium Sulfate, 16% PEG 3350

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	100	1	N
2	100	2	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	23-ID-B	1	1.0332
シンクロトロン	APS	24-ID-E	2	0.97918

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS EIGER X 16M	1	PIXEL	2021年4月2日
DECTRIS EIGER X 16M	2	PIXEL	2021年7月3日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.0332	1
2	0.97918	1

反射

B_iso Wilson estimate: 54.6 Å² / Entry-ID: 8FIA

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	CC_1/2	R_merge(I) obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
2.27-48.57	108199	99.9	6.6	0.996	0.157	0.066	0.17	0.97	1	8.6
2.85-130.66	54991	99.4	6.8	0.983	0.279	0.115	0.302		2	8.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.27-2.33	4.5	2.537	0.5	7876	0.257	1.334	2.879	0.79	1	99.8
2.85-2.94	6.9	1.717	1.4	4204	0.535	0.693	1.854		2	94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.4→48.57 Å / SU ML: 0.3843 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.03 / 位相誤差: 28.6748
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2431	1696	1.85 %
R_work	0.2157	89989	-
obs	0.2162	91685	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14189	0	334	309	14832

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0092	14848
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2558	20111
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0833	2272
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0124	2573
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.3271	5556

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.47	0.3913	140	0.3397	7373	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.47-2.55	0.3583	139	0.314	7445	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.55-2.64	0.3446	141	0.3165	7441	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.64-2.75	0.3835	139	0.3069	7397	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.75-2.87	0.2677	139	0.2777	7430	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.87-3.02	0.275	141	0.2546	7444	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.02-3.21	0.3555	141	0.2677	7453	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.21-3.46	0.3033	140	0.2386	7481	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.46-3.81	0.1972	142	0.2007	7546	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.81-4.36	0.1752	142	0.1787	7517	X-RAY DIFFRACTION	99.87
4.36-5.49	0.1959	143	0.1563	7597	X-RAY DIFFRACTION	99.95
5.49-48.57	0.2184	149	0.1938	7865	X-RAY DIFFRACTION	99.74

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.672478747102	-0.0783446052109	0.130971320043	0.403323226732	-0.009431876426	0.166255322539	-0.0348427048542	-0.00249253166036	0.0282305737229	0.0201600428171	0.0141078751855	-0.00849738968325	0.013926689125	0.134024035915	0.0191317697335	0.359513439062	0.011816629152	0.0168607785344	0.331067360386	0.0167316892768	0.304053059204	0.582144017026	-29.8020596593	17.8645522783
2	5.22441685196	0.167685867272	-1.68071391584	3.96707120577	-0.590159887939	7.4685482603	0.0250663910721	0.41662563535	-0.551560958998	-0.38133976368	0.123345270669	0.198866273498	0.625671484088	-0.138568205117	-0.122092013463	0.356253369691	0.0297566993781	-0.0704407642975	0.275502528501	-0.0403138488299	0.419685647391	-9.11313632786	-42.8457842914	-4.24338689311
3	1.01479590823	0.17146525396	0.413258728611	0.965529797637	0.277509551843	2.116141952	-0.0597434067899	-0.105213258305	0.0387857619757	0.100321143572	0.0295955147397	0.168333471346	-0.13294561185	-0.199828870033	0.0429129878912	0.276529363985	0.0227655455722	0.0347101264981	0.262891305925	0.0362330376708	0.286985663816	-18.1003453402	-21.194527317	12.4470009575
4	0.954992850252	0.0600052532408	-0.0074974671663	1.26931917612	0.276037868056	2.03427585987	-0.0476766054893	-0.326485969079	0.0370830222335	0.422510993811	0.0240264803647	-0.105420269375	-0.00863902250827	0.310930519649	0.0237180708829	0.472043780714	0.0555800088756	0.0205556966177	0.554775573645	-0.0205808842124	0.378561449453	-8.40225131513	-20.5818752484	51.2390638126
5	0.547224203789	-0.443777393338	-0.912440987355	1.23525503767	0.853912282144	1.71794402898	0.144363324785	0.0322148441353	0.0802210042265	-0.269444780547	-0.108086149757	0.0327409848893	-0.271442885651	0.0327896864477	-0.041735491523	0.383383131249	0.0343036599732	0.0166901384777	0.449951254577	-0.0375390357249	0.430498562976	-29.596010837	-3.517611999	45.3586070175
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9	7.46161543342	0.556677106214	-0.387863750754	1.56130249729	0.347031757473	2.1568854003	0.182039470392	-0.880611309902	-0.848246813104	0.287784503389	-0.0653770816729	0.288628104316	1.03670674965	-0.0357564823094	-0.0679366508049	1.29321314625	0.0834571075001	0.14308386965	0.868839577391	0.225938200307	0.722688771365	-22.4032108984	-47.3246183686	76.4774978304

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 828 through 1256 )	828 - 1256	1 - 423
2	2	chain 'A' and (resid 1257 through 1381 )	1257 - 1381	424 - 541
3	3	chain 'A' and (resid 1382 through 1525 )	1382 - 1525	542 - 680
4	4	chain 'A' and (resid 1526 through 1681 )	1526 - 1681	681 - 836
5	5	chain 'A' and (resid 1682 through 1906 )	1682 - 1906	837 - 1045
6	6	chain 'A' and (resid 1907 through 2176 )	1907 - 2176	1046 - 1312
7	7	chain 'A' and (resid 2177 through 2440 )	2177 - 2440	1313 - 1576
8	8	chain 'A' and (resid 2441 through 2537 )	2441 - 2537	1577 - 1669
9	9	chain 'A' and (resid 2538 through 2697 )	2538 - 2697	1670 - 1772

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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