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- PDB-8fia: The structure of fly Teneurin self assembly -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fia
タイトルThe structure of fly Teneurin self assembly
要素Teneurin-m
キーワードCELL ADHESION / adhesion / extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of homotypic cell-cell adhesion / compound eye corneal lens development / postsynaptic spectrin-associated cytoskeleton organization / maintenance of alignment of postsynaptic density and presynaptic active zone / synaptic target attraction / compound eye photoreceptor development / R7 cell development / maintenance of presynaptic active zone structure / presynaptic membrane organization / positive regulation of locomotion ...regulation of homotypic cell-cell adhesion / compound eye corneal lens development / postsynaptic spectrin-associated cytoskeleton organization / maintenance of alignment of postsynaptic density and presynaptic active zone / synaptic target attraction / compound eye photoreceptor development / R7 cell development / maintenance of presynaptic active zone structure / presynaptic membrane organization / positive regulation of locomotion / synaptic vesicle membrane organization / compound eye morphogenesis / postsynaptic membrane organization / regulation of terminal button organization / filamin binding / chaeta development / synaptic target recognition / neuromuscular synaptic transmission / motor neuron axon guidance / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / synaptic assembly at neuromuscular junction / cytoplasmic microtubule organization / extracellular matrix / synapse organization / neuromuscular junction / postsynaptic membrane / neuron projection / cell adhesion / protein heterodimerization activity / neuronal cell body / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tox-GHH domain / : / GHH signature containing HNH/Endo VII superfamily nuclease toxin / RHS repeat / RHS Repeat / YD repeat / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. ...Tox-GHH domain / : / GHH signature containing HNH/Endo VII superfamily nuclease toxin / RHS repeat / RHS Repeat / YD repeat / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Teneurin-m
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bandekar, S.J. / Li, J. / Arac, D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM134035 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM142266 米国
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2023
タイトル: The structure of fly Teneurin-m reveals an asymmetric self-assembly that allows expansion into zippers.
著者: Li, J. / Bandekar, S.J. / Arac, D.
履歴
登録2022年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Teneurin-m
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,63016
ポリマ－222,5831
非ポリマー5,04815
水5,567309
1
A: Teneurin-m
ヘテロ分子

A: Teneurin-m
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)455,26132
ポリマ－445,1652
非ポリマー10,09530
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445x-1/2,-y-1/2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.203, 129.857, 188.158
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Teneurin-m / Tenm / Odd Oz protein / Tenascin-like protein


分子量: 222582.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Ten-m, odz, CG5723 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O61307

-
糖 , 6種, 8分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 316分子

#8: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.6157.36
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細
2931蒸気拡散法, ハンギングドロップ法0.2 M Ammonium Acetate, 20% PEG 3350
2932蒸気拡散法, ハンギングドロップ法0.5 M Ammonium Sulfate, 16% PEG 3350

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21002N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-B11.0332
シンクロトロンAPS 24-ID-E20.97918
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS EIGER X 16M1PIXEL2021年4月2日
DECTRIS EIGER X 16M2PIXEL2021年7月3日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.03321
20.979181
反射

Biso Wilson estimate: 54.6 Å2 / Entry-ID: 8FIA

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)CC1/2Rmerge(I) obsRpim(I) allRrim(I) allΧ2Diffraction-IDNet I/σ(I)
2.27-48.5710819999.96.60.9960.1570.0660.170.9718.6
2.85-130.665499199.46.80.9830.2790.1150.30228.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.27-2.334.52.5370.578760.2571.3342.8790.79199.8
2.85-2.946.91.7171.442040.5350.6931.854294

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→48.57 Å / SU ML: 0.3843 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.03 / 位相誤差: 28.6748
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2431 1696 1.85 %
Rwork0.2157 89989 -
obs0.2162 91685 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14189 0 334 309 14832
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009214848
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.255820111
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08332272
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01242573
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.32715556
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.470.39131400.33977373X-RAY DIFFRACTION99.96
2.47-2.550.35831390.3147445X-RAY DIFFRACTION99.96
2.55-2.640.34461410.31657441X-RAY DIFFRACTION99.95
2.64-2.750.38351390.30697397X-RAY DIFFRACTION99.97
2.75-2.870.26771390.27777430X-RAY DIFFRACTION99.88
2.87-3.020.2751410.25467444X-RAY DIFFRACTION99.86
3.02-3.210.35551410.26777453X-RAY DIFFRACTION99.92
3.21-3.460.30331400.23867481X-RAY DIFFRACTION99.99
3.46-3.810.19721420.20077546X-RAY DIFFRACTION99.92
3.81-4.360.17521420.17877517X-RAY DIFFRACTION99.87
4.36-5.490.19591430.15637597X-RAY DIFFRACTION99.95
5.49-48.570.21841490.19387865X-RAY DIFFRACTION99.74
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.672478747102-0.07834460521090.1309713200430.403323226732-0.0094318764260.166255322539-0.0348427048542-0.002492531660360.02823057372290.02016004281710.0141078751855-0.008497389683250.0139266891250.1340240359150.01913176973350.3595134390620.0118166291520.01686077853440.3310673603860.01673168927680.3040530592040.582144017026-29.802059659317.8645522783
25.224416851960.167685867272-1.680713915843.96707120577-0.5901598879397.46854826030.02506639107210.41662563535-0.551560958998-0.381339763680.1233452706690.1988662734980.625671484088-0.138568205117-0.1220920134630.3562533696910.0297566993781-0.07044076429750.275502528501-0.04031384882990.419685647391-9.11313632786-42.8457842914-4.24338689311
31.014795908230.171465253960.4132587286110.9655297976370.2775095518432.116141952-0.0597434067899-0.1052132583050.03878576197570.1003211435720.02959551473970.168333471346-0.13294561185-0.1998288700330.04291298789120.2765293639850.02276554557220.03471012649810.2628913059250.03623303767080.286985663816-18.1003453402-21.19452731712.4470009575
40.9549928502520.0600052532408-0.00749746716631.269319176120.2760378680562.03427585987-0.0476766054893-0.3264859690790.03708302223350.4225109938110.0240264803647-0.105420269375-0.008639022508270.3109305196490.02371807088290.4720437807140.05558000887560.02055569661770.554775573645-0.02058088421240.378561449453-8.40225131513-20.581875248451.2390638126
50.547224203789-0.443777393338-0.9124409873551.235255037670.8539122821441.717944028980.1443633247850.03221484413530.0802210042265-0.269444780547-0.1080861497570.0327409848893-0.2714428856510.0327896864477-0.0417354915230.3833831312490.03430365997320.01669013847770.449951254577-0.03753903572490.430498562976-29.596010837-3.51761199945.3586070175
60.821757867404-0.505523177295-0.1836483765511.123317592670.560201576431.13685169333-0.04049778603630.010663877113-0.1420449324610.10613816202-0.2376786509760.3973170605190.178121671404-0.3351756201630.2603971605330.404932368221-0.08930560707490.1282124814360.55257592864-0.1547031263210.50346337383-49.227974705-17.077094862959.5659812659
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 828 through 1256 )828 - 12561 - 423
22chain 'A' and (resid 1257 through 1381 )1257 - 1381424 - 541
33chain 'A' and (resid 1382 through 1525 )1382 - 1525542 - 680
44chain 'A' and (resid 1526 through 1681 )1526 - 1681681 - 836
55chain 'A' and (resid 1682 through 1906 )1682 - 1906837 - 1045
66chain 'A' and (resid 1907 through 2176 )1907 - 21761046 - 1312
77chain 'A' and (resid 2177 through 2440 )2177 - 24401313 - 1576
88chain 'A' and (resid 2441 through 2537 )2441 - 25371577 - 1669
99chain 'A' and (resid 2538 through 2697 )2538 - 26971670 - 1772

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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