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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fi5 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase (N-myristoyl transferase) (NMT) from Leishmania major Friedlin bound to tetradecanoyl-CoA (Orthorhombic P Form 2) | |||||||||
![]() | Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE | |||||||||
機能・相同性 | TETRADECANOYL-COA / : ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase (N-myristoyl transferase) (NMT) from Leishmania major Friedlin bound to tetradecanoyl-CoA (Orthorhombic P Form 2) 著者: Lovell, S. / Battaile, K.P. / Staker, B.L. / Liu, L. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 103 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 631.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 632.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49174.914 Da / 分子数: 1 / 変異: K148R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: LMJFC_320006100 / プラスミド: LemaA.18219.a.B2 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MYA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.47 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.1 M Bicine, 20% PEG 6000, LemaA.18219.a.B2.PS38707 at 11.17 mg/mL. Tray: Tray 383B3/1 mM Perez-1, Puck: HR00406_03, Cryo: 20% PEG ethylene glycol. MYA ligand was acquired from the ...詳細: 0.1 M Bicine, 20% PEG 6000, LemaA.18219.a.B2.PS38707 at 11.17 mg/mL. Tray: Tray 383B3/1 mM Perez-1, Puck: HR00406_03, Cryo: 20% PEG ethylene glycol. MYA ligand was acquired from the expression host and not added prior to crystallization. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月10日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→49.67 Å / Num. obs: 24336 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 221517 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.32 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 1.225 / Num. measured all: 18921 / Num. unique obs: 2184 / CC1/2: 0.715 / Rpim(I) all: 0.438 / Rrim(I) all: 1.303 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I) obs: 1.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→49.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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