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- PDB-8fi3: Bifunctional ligase/repressor BirA from Klebsiella pneumoniae com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fi3
タイトルBifunctional ligase/repressor BirA from Klebsiella pneumoniae complexed with biotin (Domain Swapped Dimer)
要素Bifunctional ligase/repressor BirA
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase / biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase activity / protein modification process / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Biotin operon repressor, helix-turn-helix domain / Bifunctional ligase/repressor BirA / Helix-turn-helix, type 11 / HTH domain / Biotin protein ligase, C-terminal / Biotin protein ligase C terminal domain / Biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) catalytic domain profile. / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain ...Biotin operon repressor, helix-turn-helix domain / Bifunctional ligase/repressor BirA / Helix-turn-helix, type 11 / HTH domain / Biotin protein ligase, C-terminal / Biotin protein ligase C terminal domain / Biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) catalytic domain profile. / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / Transcriptional repressor, C-terminal / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ビオチン / Bifunctional ligase/repressor BirA
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Bifunctional ligase/repressor BirA from Klebsiella pneumoniae complexed with biotin (Domain Swapped Dimer)
著者: Liu, L. / Battaile, K.P. / Lovell, S.
履歴
登録2022年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn / Item: _diffrn.ambient_temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional ligase/repressor BirA
B: Bifunctional ligase/repressor BirA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4944
ポリマ－73,0062
非ポリマー4892
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area27880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.000, 84.437, 58.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional ligase/repressor BirA


分子量: 36502.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: birA / プラスミド: Klpnc.17896.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0W7ZMT5
#2: 化合物 ChemComp-BTN / BIOTIN / ビオチン / ビオチン


分子量: 244.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus H2: 20%(v/v) Ethylene glycol, 10%(w/v) PEG 8000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 20 mM DL-Glutamic acid, 20 mM DL-Alanine; 20 mM Glycine, 20 mM DL-Lysine monohydrochloride and 20 mM DL- ...詳細: Morpheus H2: 20%(v/v) Ethylene glycol, 10%(w/v) PEG 8000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 20 mM DL-Glutamic acid, 20 mM DL-Alanine; 20 mM Glycine, 20 mM DL-Lysine monohydrochloride and 20 mM DL-Serine 20mg/ml protein and 4 mM Biotin, KlpnC.17896.a.B1.PW39036 at 30 mg/mL. Tray: Liu-S-043 drop C5, Puck: PSL0113, Cryo: 150% Morpheus G3.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月10日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→47.82 Å / Num. obs: 17266 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.162 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 114603
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.158 / Num. measured all: 17046 / Num. unique obs: 2720 / CC1/2: 0.555 / Rpim(I) all: 0.502 / Rrim(I) all: 1.265 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 1.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→47.82 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3059 838 4.87 %
Rwork0.2422 --
obs0.2451 17200 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4727 0 32 7 4766
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034847
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6536577
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8041781
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048752
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005846
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.080.37591250.3512678X-RAY DIFFRACTION99
3.08-3.320.35961390.30312667X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.650.33491460.28262701X-RAY DIFFRACTION99
3.65-4.180.30191530.23982701X-RAY DIFFRACTION100
4.18-5.270.28511300.21082763X-RAY DIFFRACTION100
5.27-47.820.27851450.21272852X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.30320.95750.44617.1394-0.66921.3872-0.30170.52840.592-0.00490.3410.3955-0.33330.30170.02830.51480.0458-0.03190.98460.13790.743858.695146.875345.7449
25.8238-0.73470.1151.8524-0.0881.4705-0.2370.00930.1405-0.03570.11620.189-0.0474-0.02480.14470.44380.0139-0.02060.7467-0.02890.453246.02612.50324.4776
30.963-0.9560.4663.25860.57831.3836-0.0969-0.3494-0.71520.0926-0.13890.27750.364-0.2366-0.01980.4368-0.01840.05330.7866-0.02970.558245.27891.664923.6046
43.2188-1.4449-1.63523.5972.00063.9308-0.18970.0514-0.3214-0.1621-0.00390.0814-0.0424-0.08660.21860.4287-0.03480.03280.5720.05570.536755.9037-1.989718.7806
56.6494-1.0906-1.01313.05640.17010.96730.0092-0.0750.20320.25540.04760.66060.1238-0.27750.04040.57740.02390.14020.8586-0.05730.693623.31613.508836.4248
63.97791.4451-0.76146.3453-1.09043.52820.0672-0.00190.51890.1259-0.02490.2895-0.2336-0.2774-0.05810.32770.01680.00110.68750.02760.387758.215123.531756.5585
75.80321.0109-2.06364.484-1.03253.60.02940.1342-0.1323-0.0176-0.125-0.68090.04810.24570.12240.35790.0081-0.0780.5302-0.01190.353469.220523.037757.2235
81.9284-0.60730.30622.4477-0.67221.3943-0.00890.0125-0.1823-0.17790.0112-0.23720.24110.13880.14030.3596-0.0030.06710.6644-0.00450.498771.455112.49361.9453
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 77 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 78 through 164 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 165 through 234 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 235 through 317 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 77 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 78 through 164 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 165 through 234 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 235 through 317 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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