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- PDB-8fhu: Structure of Pyruvate dehydrogenase phosphatase regulatory subuni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fhu
タイトルStructure of Pyruvate dehydrogenase phosphatase regulatory subunit epitope presented by H2-Dd
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
  • Pyruvate dehydrogenase phosphatase regulatory subunit, mitochondrial
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC / neoepitope / Mouse / Pdpr
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate dehydrogenase (lipoamide) phosphatase complex / positive regulation of pyruvate dehydrogenase activity / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent ...pyruvate dehydrogenase (lipoamide) phosphatase complex / positive regulation of pyruvate dehydrogenase activity / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / Neutrophil degranulation / protein dephosphorylation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / oxidoreductase activity / learning or memory / mitochondrial matrix / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / protein-containing complex binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular space / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
FAD dependent oxidoreductase, central domain / FAD dependent oxidoreductase central domain / Glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein/YgfZ, C-terminal / Aminomethyltransferase, folate-binding domain / Aminomethyltransferase folate-binding domain / GTP-binding protein TrmE/Aminomethyltransferase GcvT, domain 1 / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase ...FAD dependent oxidoreductase, central domain / FAD dependent oxidoreductase central domain / Glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein/YgfZ, C-terminal / Aminomethyltransferase, folate-binding domain / Aminomethyltransferase folate-binding domain / GTP-binding protein TrmE/Aminomethyltransferase GcvT, domain 1 / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / Rhodanese-like domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain / Pyruvate dehydrogenase phosphatase regulatory subunit, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Custodio, J.M.F. / Baker, B.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118166 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Pyruvate dehydrogenase phosphatase regulatory subunit neoepitope presented by H2-Dd
著者: Custodio, J.M.F. / Baker, B.M.
履歴
登録2022年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Pyruvate dehydrogenase phosphatase regulatory subunit, mitochondrial
D: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Pyruvate dehydrogenase phosphatase regulatory subunit, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,8998
ポリマ－89,8216
非ポリマー782
水3,315184
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Pyruvate dehydrogenase phosphatase regulatory subunit, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9494
ポリマ－44,9103
非ポリマー391
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18960 Å2
手法PISA
2
D: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Pyruvate dehydrogenase phosphatase regulatory subunit, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9494
ポリマ－44,9103
非ポリマー391
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.415, 104.564, 169.993
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A
32A
42A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-IDComponent-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111TRPTRP2 - 2742 - 274
211TRPTRP2 - 2742 - 274
322ALAALA2 - 992 - 99
422ALAALA2 - 992 - 99

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4

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要素

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain / H-2D(D)


分子量: 32265.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P01900
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド Pyruvate dehydrogenase phosphatase regulatory subunit, mitochondrial / PDPr


分子量: 940.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NCN5
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.1 % / 解説: Needle
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M Potassium thiocyanate and 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.801→50 Å / Num. obs: 81134 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.185 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.89→1.93 Å / 冗長度: 11.7 % / Num. unique obs: 3638 / CC1/2: 0.261 / % possible all: 82.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0403精密化
HKL-2000データ削減
BUCCANEERモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.801→49.819 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 6.966 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.156 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2488 3480 5.025 %
Rwork0.2081 65774 -
all0.21 --
obs-69254 73.729 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.284 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.64 Å2-0 Å20 Å2
2--0.722 Å2-0 Å2
3----0.082 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.801→49.819 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6141 0 2 184 6327
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0126316
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2371.6678577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3625742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg15.746561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.878101015
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg17.7610333
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2873
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.024920
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.22513
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.24214
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2320.2284
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1380.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1760.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1250.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4442.1492995
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4533.8453728
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1752.5583321
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.1544.4614849
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.83327.27625159
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.140.058104
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.1310.052844
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.139610.05007
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.139610.05007
23AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.131150.05008
24AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.131150.05008
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.898-1.9530.291150.2461970X-RAY DIFFRACTION32.0375
1.953-2.0130.2811380.2322542X-RAY DIFFRACTION42.3047
2.013-2.0790.2771520.253214X-RAY DIFFRACTION55.099
2.079-2.1510.3092090.2544119X-RAY DIFFRACTION73.1452
2.151-2.2330.2812590.2414646X-RAY DIFFRACTION85.3637
2.233-2.3240.312760.2534949X-RAY DIFFRACTION94.5017
2.324-2.4270.3432230.2375049X-RAY DIFFRACTION99.1164
2.427-2.5450.2592400.224822X-RAY DIFFRACTION99.6457
2.545-2.6820.2772460.2194589X-RAY DIFFRACTION99.9173
2.682-2.8440.2742530.2344356X-RAY DIFFRACTION99.9783
2.844-3.040.2422050.2124099X-RAY DIFFRACTION99.9072
3.04-3.2820.282180.2113832X-RAY DIFFRACTION99.4597
3.282-3.5940.2191920.1963511X-RAY DIFFRACTION99.8113
3.594-4.0160.2071630.1813242X-RAY DIFFRACTION99.7364
4.016-4.6320.1741610.1562853X-RAY DIFFRACTION99.8344
4.632-5.6610.21340.1682447X-RAY DIFFRACTION99.4988
5.661-7.9540.271980.1941936X-RAY DIFFRACTION99.5595
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1172-0.17730.13170.4126-0.24660.3625-0.0669-0.01660.00880.07550.0528-0.0358-0.0795-0.01010.01410.0465-0.0071-0.01230.0270.01170.0228-22.168450.7259-5.8246
21.4790.0478-0.32862.039-0.22581.62040.0466-0.04540.1065-0.1686-0.0158-0.151-0.22140.3033-0.03070.0573-0.0480.01560.0594-0.00440.022-17.419461.6568-21.9128
30.6591.01820.27981.67160.70820.8939-0.06010.0518-0.1192-0.11470.0667-0.169-0.0662-0.0337-0.00660.0131-0.0159-0.00010.04660.01580.0439-17.802231.3882-4.4138
40.2208-0.31620.31430.484-0.38810.66560.11960.006-0.0206-0.1833-0.0460.0070.2032-0.0589-0.07360.0918-0.0005-0.0070.03710.02240.0188-0.992119.3782-38.7635
50.8275-0.20830.36980.3651-0.25441.55670.0484-0.00860.0073-0.1235-0.1073-0.04270.0087-0.20130.05890.09060.0289-0.00140.09550.01350.0111-11.998835.5742-38.9901
62.67941.74141.18863.05371.6620.9425-0.1993-0.0005-0.0057-0.22340.15670.0581-0.12430.06850.04260.0742-0.0278-0.00580.02810.02070.02735.404710.861-22.7174
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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