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- PDB-8fhl: Structure of pyruvate dehydrogenase phosphatase regulatory subuni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fhl
タイトルStructure of pyruvate dehydrogenase phosphatase regulatory subunit neoepitope presented by H2-Dd
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
  • Pyruvate dehydrogenase phosphatase regulatory subunit, mitochondrial
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC / neoepitope / Mouse / Pdpr
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate dehydrogenase (lipoamide) phosphatase complex / positive regulation of pyruvate dehydrogenase activity / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent ...pyruvate dehydrogenase (lipoamide) phosphatase complex / positive regulation of pyruvate dehydrogenase activity / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / Neutrophil degranulation / protein dephosphorylation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of immune response / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / oxidoreductase activity / learning or memory / mitochondrial matrix / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / protein-containing complex binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular space / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
FAD dependent oxidoreductase, central domain / FAD dependent oxidoreductase central domain / Glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein/YgfZ, C-terminal / Aminomethyltransferase, folate-binding domain / Aminomethyltransferase folate-binding domain / GTP-binding protein TrmE/Aminomethyltransferase GcvT, domain 1 / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase ...FAD dependent oxidoreductase, central domain / FAD dependent oxidoreductase central domain / Glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein/YgfZ, C-terminal / Aminomethyltransferase, folate-binding domain / Aminomethyltransferase folate-binding domain / GTP-binding protein TrmE/Aminomethyltransferase GcvT, domain 1 / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / Rhodanese-like domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain / Pyruvate dehydrogenase phosphatase regulatory subunit, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.194 Å
データ登録者Custodio, J.M.F. / Baker, B.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118166 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Pyruvate dehydrogenase phosphatase regulatory subunit neoepitope presented by H2-Dd
著者: Custodio, J.M.F. / Baker, B.M.
履歴
登録2022年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Pyruvate dehydrogenase phosphatase regulatory subunit, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9034
ポリマ－44,8803
非ポリマー231
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area17310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.091, 86.359, 211.581
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain / H-2D(D)


分子量: 32265.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01900
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11660.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド Pyruvate dehydrogenase phosphatase regulatory subunit, mitochondrial / PDPr


分子量: 954.145 Da / 分子数: 1 / Fragment: neoepitope (UNP residues 627-635) / Mutation: V632L / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8NCN5
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.66 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium isothiocyanate, 20% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→41.343 Å / Num. obs: 29908 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.187 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.195 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 2215 / CC1/2: 0.367

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0403精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 8D5F

8d5f


解像度: 2.194→41.343 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 14.236 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.203 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2479 1110 4.941 %
Rwork0.2096 21353 -
all0.212 --
obs-22463 99.113 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.643 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.124 Å2-0 Å2-0 Å2
2--5.423 Å20 Å2
3----3.299 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.194→41.343 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2822 0 1 42 2865
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0112899
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3921.6673937
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9925342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg13.319530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.88610429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.43510144
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.21155
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21913
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2910.2111
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0610.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1330.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1750.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5824.0141401
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0087.1671732
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.184.381498
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.4087.82205
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it10.45148.76711492
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.194-2.250.321940.2711423X-RAY DIFFRACTION90.784
2.25-2.3120.32870.2411501X-RAY DIFFRACTION100
2.312-2.3790.227840.2251473X-RAY DIFFRACTION100
2.379-2.4520.259610.2221458X-RAY DIFFRACTION99.9342
2.452-2.5320.252740.2261379X-RAY DIFFRACTION99.8625
2.532-2.620.278760.2271369X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.7190.242650.2151321X-RAY DIFFRACTION100
2.719-2.8290.275640.2161233X-RAY DIFFRACTION100
2.829-2.9540.278600.2311248X-RAY DIFFRACTION99.8473
2.954-3.0980.283400.2281152X-RAY DIFFRACTION97.8654
3.098-3.2640.269530.2061096X-RAY DIFFRACTION99.913
3.264-3.4610.273640.2051051X-RAY DIFFRACTION100
3.461-3.6980.231340.193997X-RAY DIFFRACTION99.9031
3.698-3.9920.233570.18935X-RAY DIFFRACTION100
3.992-4.3690.194540.173853X-RAY DIFFRACTION100
4.369-4.8780.193350.173792X-RAY DIFFRACTION99.6385
4.878-5.6190.293310.187690X-RAY DIFFRACTION99.8615
5.619-6.850.254360.254597X-RAY DIFFRACTION99.061
6.85-9.5580.191250.191485X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2049-0.1740.45350.5047-0.26481.69340.0064-0.03870.0219-0.1241-0.0476-0.04690.09750.0060.04130.07930.01880.02240.0703-0.00620.037-10.1694-15.080627.7244
21.0851-0.55731.80411.5415-1.65945.74220.0353-0.2021-0.01290.10370.0690.1198-0.4982-0.3896-0.10430.11480.00560.01410.041-0.00020.0105-16.94950.444319.1034
33.23650.3071-0.95592.4162-1.03690.66650.0468-0.18430.13450.2517-0.0385-0.0662-0.06860.0569-0.00820.2329-0.01920.01040.14540.020.1774-6.4295-16.444546.7186
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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