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- PDB-8fhj: Crystal structure of a FAD monooxygenease from Methylocystis sp. ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fhj
タイトルCrystal structure of a FAD monooxygenease from Methylocystis sp. Strain SB2
要素Monooxygenase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / methanobactin
機能・相同性BROMIDE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
機能・相同性情報
生物種Methylocystis sp. SB2 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Stewart, A.M. / Sawaya, M.R. / Stewart, C.E.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0018059 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1912482 米国
Iowa State University (ISU) Bailey Research and Career Development AwardSG0600002 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of MbnF: an NADPH-dependent flavin monooxygenase from Methylocystis strain SB2.
著者: Stewart, A. / Dershwitz, P. / Stewart Jr., C. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Semrau, J.D. / Zischka, H. / DiSpirito, A.A. / Bobik, T.A.
履歴
登録2022年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _struct_ncs_dom.details / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monooxygenase
B: Monooxygenase
C: Monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,13130
ポリマ－180,7923
非ポリマー4,33927
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)148.347, 96.765, 135.206
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.41, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 472 or resid 474 through 532 or resid 601 through 603))
21(chain B and (resid 3 through 472 or resid 474 through 532 or resid 601 through 603))
31(chain C and (resid 3 through 472 or resid 474 through 532 or resid 601 through 603))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALVALVAL(chain A and (resid 3 through 472 or resid 474 through 532 or resid 700 through 901))AA3 - 4723 - 472
12ARGARGASPASP(chain A and (resid 3 through 472 or resid 474 through 532 or resid 700 through 901))AA474 - 532474 - 532
13FADFADGOLGOL(chain A and (resid 3 through 472 or resid 474 through 532 or resid 700 through 901))AD - F601 - 603
21VALVALVALVAL(chain B and (resid 3 through 472 or resid 474 through 532 or resid 700 through 901))BB3 - 4723 - 472
22ARGARGASPASP(chain B and (resid 3 through 472 or resid 474 through 532 or resid 700 through 901))BB474 - 532474 - 532
23FADFADGOLGOL(chain B and (resid 3 through 472 or resid 474 through 532 or resid 700 through 901))BL - N601 - 603
31VALVALVALVAL(chain C and (resid 3 through 472 or resid 474 through 532 or resid 700 through 901))CC3 - 4723 - 472
32ARGARGASPASP(chain C and (resid 3 through 472 or resid 474 through 532 or resid 700 through 901))CC474 - 532474 - 532
33FADFADBRBR(chain C and (resid 3 through 472 or resid 474 through 532 or resid 700 through 901))CAA - CA601 - 603

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.996000144492, -0.0841297303179, 0.030098183481), (-0.0891541168903, 0.958103570664, -0.272193114023), (-0.00593764378651, -0.273787757865, -0.961771806631)77.0524603609, 0.991840061122, 34.8569661804
2given(0.996307419365, -0.0821368006749, -0.0250014418371), (0.0858329535877, 0.959832849297, 0.267120956663), (0.00205674438154, -0.268280538588, 0.963338633305)3.32760622005, -47.5132648357, 34.9463299061

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Monooxygenase


分子量: 60263.871 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylocystis sp. SB2 (バクテリア)
遺伝子: CTY30_04200 / プラスミド: pET41a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 159分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.01 % / 解説: yellow color
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 0.2 M Sodium bromide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→121.1 Å / Num. obs: 52358 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.149 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 184364 / Scaling rejects: 10
反射 シェル解像度: 2.61→2.75 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 1.692 / Num. measured all: 27645 / Num. unique obs: 7601 / CC1/2: 0.461 / Rpim(I) all: 1.033 / Rrim(I) all: 1.986 / Χ2: 0.85 / Net I/σ(I) obs: 0.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
autoPROC1.0.5data processing
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IHG

3ihg


解像度: 2.61→59.95 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2538 1999 3.82 %
Rwork0.2043 50271 -
obs0.2062 52271 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 181.12 Å2 / Biso min: 42.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.61→59.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12160 0 412 133 12705
Biso mean--81.97 71.8 -
残基数----1593
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812622
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99417155
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0794759
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561920
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092264
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7637X-RAY DIFFRACTION7.978TORSIONAL
12B7637X-RAY DIFFRACTION7.978TORSIONAL
13C7637X-RAY DIFFRACTION7.978TORSIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.61-2.670.39961420.39053567X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.740.35241420.34863571X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.820.42531410.32493553X-RAY DIFFRACTION100
2.82-2.910.31661430.28883601X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.020.30191420.26983579X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.140.33271430.26333584X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.280.28051420.25383587X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.460.31311430.22483562X-RAY DIFFRACTION100
3.46-3.670.27121420.1983596X-RAY DIFFRACTION100
3.67-3.960.21641420.18343575X-RAY DIFFRACTION100
3.96-4.350.25081430.17493604X-RAY DIFFRACTION100
4.35-4.980.20591420.16033577X-RAY DIFFRACTION99
4.98-6.280.25451450.20173646X-RAY DIFFRACTION100
6.28-59.950.19681470.15953670X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2737-0.1229-0.15950.31990.13980.6899-0.1171-0.07890.126-0.0341-0.0127-0.00640.00670.1869-00.60450.01-0.05710.5586-0.01440.54822.5966-10.24053.1877
21.50160.0089-0.68620.1194-0.11090.77830.00580.23770.113-0.0036-0.0590.027-0.0832-0.095900.5576-0.0223-0.02210.50520.02140.534355.4585-11.709234.4952
30.8784-0.0341-0.09960.67240.23830.51680.0439-0.18520.0424-0.02770.03030.00210.07360.112900.5957-0.06680.0350.6419-0.06970.602126.6489-54.541640.8182
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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