PDB-8fhc: Protein 41 with aldehyde deformylating oxidase activity from Gamm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fhc

タイトル

Protein 41 with aldehyde deformylating oxidase activity from Gamma proteobacterium

要素

tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase

キーワード

LYASE

機能・相同性

tRNA-(2-methylthio-N-6-(cis-hydroxy)isopentenyl adenosine)-hydroxylase activity / tRNA-hydroxylase MiaE / tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase (MiaE) / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / BROMIDE ION / CHOLIC ACID / : / Probably tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase

機能・相同性情報

生物種

gamma proteobacterium HdN1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.097 Å

データ登録者

Arenas, R. / Wilson, D.K. / Mak, W.S. / Siegel, J.B.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Protein 41 with aldehyde deformylating oxidase activity from Gamma proteobacterium
著者: Arenas, R. / Wilson, D.K. / Mak, W.S. / Siegel, J.B.

履歴

登録	2022年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fhc.cif.gz	110.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fhc.ent.gz	78.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fhc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fhc_validation.pdf.gz	6.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fhc_full_validation.pdf.gz	6.5 MB	表示
XML形式データ	8fhc_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	8fhc_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/8fhc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/8fhc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase

B: tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase

ヘテロ分子

53.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.296, 85.711, 112.558
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase 分子量: 25948.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) gamma proteobacterium HdN1 (バクテリア) 遺伝子: miaE, HDN1F_16480 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: E1VK89
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CHD / CHOLIC ACID / コ-ル酸分子量: 408.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₀O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 27% PEG 3350, 200 mM NaCl, 1.5 mM cholalic acid sodium salt, 100 mM imidazole PH範囲: 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.097→39.443 Å / Num. obs: 28065 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 0.579 / Num. unique obs: 2195 / CC_1/2: 0.926 / R_pim(I) all: 0.198 / R_rim(I) all: 0.614

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.097→39.443 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 5.505 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.189 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2362	1384	4.941 %	0.05
R_work	0.1954	26624	-	-
all	0.197	-	-	-
obs	-	28008	99.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.821 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.088 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.935 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.153 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.097→39.443 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3486	0	45	198	3729

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	3592
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3264
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.356	1.655	4869
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.444	1.552	7620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.104	5	426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.302	5	34
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.069	10	624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.227	10	186
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	541
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4094
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	726
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	841
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	3072
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1802
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1885
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	191
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.037	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.206	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.099	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.812	2.597	1710
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.81	2.597	1710
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.671	3.884	2134
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.671	3.886	2135
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.909	2.914	1882
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.909	2.914	1881
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.488	4.258	2735
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.488	4.258	2736
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.829	36.131	4217
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.739	35.708	4192

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.097-2.151	0.29	98	0.25	1868	0.252	2033	0.931	0.948	96.7044	0.231
2.151-2.21	0.284	96	0.222	1885	0.225	1995	0.905	0.959	99.2982	0.196
2.21-2.273	0.265	109	0.211	1831	0.214	1940	0.921	0.968	100	0.186
2.273-2.343	0.23	105	0.195	1772	0.197	1879	0.962	0.97	99.8936	0.167
2.343-2.42	0.31	71	0.194	1742	0.198	1822	0.952	0.971	99.506	0.169
2.42-2.504	0.243	98	0.192	1682	0.195	1780	0.931	0.967	100	0.158
2.504-2.598	0.243	93	0.188	1617	0.191	1712	0.958	0.972	99.8832	0.152
2.598-2.704	0.215	70	0.195	1585	0.196	1656	0.961	0.972	99.9396	0.163
2.704-2.824	0.333	78	0.216	1495	0.222	1587	0.932	0.968	99.1178	0.177
2.824-2.961	0.246	66	0.2	1448	0.202	1514	0.959	0.974	100	0.165
2.961-3.12	0.244	76	0.207	1373	0.209	1451	0.952	0.972	99.8622	0.18
3.12-3.308	0.256	77	0.219	1305	0.221	1383	0.957	0.969	99.9277	0.193
3.308-3.535	0.201	59	0.2	1237	0.201	1296	0.974	0.976	100	0.184
3.535-3.815	0.207	65	0.185	1154	0.186	1219	0.971	0.98	100	0.173
3.815-4.175	0.189	59	0.164	1042	0.166	1120	0.977	0.984	98.3036	0.152
4.175-4.662	0.192	51	0.158	980	0.16	1031	0.978	0.987	100	0.155
4.662-5.37	0.198	45	0.184	882	0.185	927	0.974	0.983	100	0.174
5.37-6.547	0.279	35	0.21	744	0.213	779	0.973	0.98	100	0.199
6.547-9.134	0.207	21	0.163	591	0.165	626	0.981	0.983	97.7636	0.165
9.134-39.443	0.24	12	0.215	391	0.216	403	0.971	0.97	100	0.222

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