PDB-8fhb: Protein 32 with aldehyde deformylating oxidase activity from Syne...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fhb

タイトル

Protein 32 with aldehyde deformylating oxidase activity from Synechococcus sp.

要素

tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase

キーワード

LYASE / aldehyde deformylating oxygenase

機能・相同性

tRNA 2-(methylsulfanyl)-N(6)-isopentenyladenosine(37) hydroxylase activity / tRNA-hydroxylase MiaE / tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase (MiaE) / tRNA modification / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / metal ion binding / : / tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase

機能・相同性情報

生物種

Synechococcus sp. RCC307 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Arenas, R. / Wilson, D.K. / Mak, W.S. / Siegel, J.B.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Protein 32 with aldehyde deformylating oxidase activity from Synechococcus sp.
著者: Arenas, R. / Wilson, D.K. / Mak, W.S. / Siegel, J.B.

履歴

登録	2022年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fhb.cif.gz	60.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fhb.ent.gz	39.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fhb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fhb_validation.pdf.gz	826.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fhb_full_validation.pdf.gz	827.1 KB	表示
XML形式データ	8fhb_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	8fhb_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/8fhb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/8fhb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
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登録構造単位

A: tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase

ヘテロ分子

25.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.192, 74.330, 111.953
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase 分子量: 25780.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechococcus sp. RCC307 (バクテリア) 遺伝子: miaE / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A5GR51
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.74 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 30% PEG 4,000, 200 mM MgCl2, 100 mM HEPES HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→37.32 Å / Num. obs: 17168 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 27.8 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 26.7
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 13.7 % / R_merge(I) obs: 0.666 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 1177 / CC_1/2: 0.937 / R_pim(I) all: 0.186 / R_rim(I) all: 0.692 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→37.165 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 3.465 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.139 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2167	826	4.818 %	0.05
R_work	0.1692	16317	-	-
all	0.172	-	-	-
obs	-	17143	99.901 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.558 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.004 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.018 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.022 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→37.165 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1614	0	1	85	1700

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	1651
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1531
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.117	1.644	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.727	1.553	3563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.013	5	203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.147	5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.201	10	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.068	10	79
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	248
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	1914
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	322
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	355
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	805
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	884
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.226	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.29	3.477	815
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.288	3.477	815
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.571	5.192	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.569	5.196	1018
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.778	4.058	836
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.774	4.062	837
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.761	5.863	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.758	5.867	1228
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.901	45.142	1852
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.894	45.105	1847

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.95-2.001	0.256	69	0.252	1166	0.252	1236	0.941	0.951	99.9191	0.206
2.001-2.055	0.255	48	0.216	1158	0.218	1206	0.934	0.968	100	0.18
2.055-2.115	0.225	55	0.194	1150	0.195	1205	0.969	0.975	100	0.168
2.115-2.179	0.261	53	0.181	1071	0.184	1125	0.958	0.98	99.9111	0.152
2.179-2.251	0.234	53	0.172	1061	0.175	1116	0.966	0.982	99.8208	0.145
2.251-2.329	0.204	46	0.173	1060	0.175	1108	0.974	0.981	99.8195	0.156
2.329-2.417	0.256	54	0.163	974	0.168	1028	0.962	0.983	100	0.142
2.417-2.515	0.213	41	0.171	967	0.172	1009	0.968	0.982	99.9009	0.151
2.515-2.627	0.232	46	0.158	921	0.161	967	0.974	0.986	100	0.14
2.627-2.754	0.219	43	0.175	889	0.177	935	0.974	0.983	99.6791	0.157
2.754-2.902	0.305	41	0.186	845	0.192	886	0.955	0.979	100	0.17
2.902-3.077	0.214	51	0.199	785	0.2	836	0.971	0.974	100	0.184
3.077-3.288	0.25	42	0.186	750	0.189	792	0.961	0.979	100	0.176
3.288-3.549	0.236	30	0.161	712	0.163	743	0.963	0.985	99.8654	0.158
3.549-3.884	0.194	33	0.153	651	0.155	685	0.973	0.988	99.854	0.153
3.884-4.337	0.192	31	0.143	587	0.145	618	0.983	0.988	100	0.145
4.337-4.996	0.203	33	0.143	525	0.147	558	0.976	0.989	100	0.147
4.996-6.092	0.182	24	0.191	454	0.19	479	0.989	0.984	99.7912	0.195
6.092-8.501	0.173	17	0.138	362	0.14	380	0.987	0.986	99.7368	0.14
8.501-37.165	0.178	16	0.17	229	0.171	245	0.964	0.98	100	0.198

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