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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fhb | ||||||
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タイトル | Protein 32 with aldehyde deformylating oxidase activity from Synechococcus sp. | ||||||
![]() | tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase | ||||||
![]() | LYASE / aldehyde deformylating oxygenase | ||||||
機能・相同性 | tRNA-(2-methylthio-N-6-(cis-hydroxy)isopentenyl adenosine)-hydroxylase activity / tRNA-hydroxylase MiaE / tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase (MiaE) / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / : / tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Arenas, R. / Wilson, D.K. / Mak, W.S. / Siegel, J.B. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Protein 32 with aldehyde deformylating oxidase activity from Synechococcus sp. 著者: Arenas, R. / Wilson, D.K. / Mak, W.S. / Siegel, J.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25780.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: miaE / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.74 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 30% PEG 4,000, 200 mM MgCl2, 100 mM HEPES HCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→37.32 Å / Num. obs: 17168 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 27.8 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 26.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.666 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 1177 / CC1/2: 0.937 / Rpim(I) all: 0.186 / Rrim(I) all: 0.692 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.558 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→37.165 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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