PDB-8fha: Intramolecular ester bond-containing repeat domain 1 from Suiprao...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fha

タイトル

Intramolecular ester bond-containing repeat domain 1 from Suipraoptans intestinalis adhesin

要素

Adhesin

キーワード

CELL ADHESION / bacterial adhesin domain / Ig-like domain / intramolecular ester bond

機能・相同性

T-Q ester bond containing domain / T-Q ester bond containing domain / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Immunoglobulin-like fold / membrane / VaFE repeat-containing surface-anchored protein

機能・相同性情報

生物種

Suipraeoptans intestinalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Jin, S. / Young, P.G. / Squire, C.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Intramolecular ester bond-containing repeat domain from Suipraoptans intestinalis adhesin
著者: Jin, S. / Young, P.G. / Squire, C.J.

履歴

登録	2022年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fha.cif.gz	216.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fha.ent.gz	168.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fha.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fha_validation.pdf.gz	4.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fha_full_validation.pdf.gz	4.9 MB	表示
XML形式データ	8fha_validation.xml.gz	22.5 KB	表示
CIF形式データ	8fha_validation.cif.gz	32.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/8fha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/8fha	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8f90C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adhesin

B: Adhesin

C: Adhesin

D: Adhesin

ヘテロ分子

64.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adhesin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
16.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Adhesin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Adhesin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Adhesin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.051, 104.712, 52.587
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.810, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Adhesin 分子量: 16058.631 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Suipraeoptans intestinalis (バクテリア) 遺伝子: FYJ34_05395 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6N7UZI9
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.25 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, 70% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→48.09 Å / Num. obs: 81829 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 18.9 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 1.49→1.52 Å / 冗長度: 5.4 % / Num. unique obs: 3553 / CC_1/2: 0.35 / % possible all: 84.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.49→48.027 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 3.621 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.078 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2121	4090	4.979 %	random selection
R_work	0.1664	78050	-	-
all	0.169	-	-	-
obs	-	78050	97.023 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.476 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.31 Å²	0 Å²	0.098 Å²
2-	-	-0.451 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.135 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→48.027 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4164	0	10	235	4409

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	4328
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4034
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.309	1.645	5808
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.338	1.596	9361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.182	5	582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.529	27.308	156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.578	15	717
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	594
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4842
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	762
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.183	0.2	588
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.171	0.2	3517
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.148	0.2	2051
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	2090
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	170
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.545	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.142	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.839	2.045	2309
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.829	2.042	2304
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.346	3.07	2871
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.346	3.071	2872
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.324	2.437	2019
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.297	2.434	2002
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.813	3.469	2930
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.812	3.469	2930
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.138	24.853	4303
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.127	24.796	4291
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.19	3	8362

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.49-1.529	0.3	272	0.279	5639	0.28	6220	0.727	0.75	95.0322	0.267
1.529-1.57	0.311	285	0.239	5547	0.243	6105	0.802	0.831	95.5283	0.223
1.57-1.616	0.272	239	0.211	5425	0.214	5915	0.856	0.871	95.7565	0.193
1.616-1.666	0.25	260	0.189	5238	0.191	5746	0.887	0.902	95.684	0.169
1.666-1.72	0.24	264	0.172	5122	0.176	5593	0.9	0.923	96.2989	0.152
1.72-1.78	0.243	266	0.149	4934	0.153	5382	0.913	0.942	96.6184	0.13
1.78-1.848	0.216	240	0.141	4782	0.145	5204	0.932	0.95	96.5027	0.124
1.848-1.923	0.206	246	0.14	4604	0.143	4992	0.944	0.958	97.1554	0.126
1.923-2.008	0.189	235	0.13	4443	0.133	4826	0.954	0.965	96.9333	0.119
2.008-2.106	0.204	235	0.146	4213	0.149	4554	0.95	0.961	97.6724	0.136
2.106-2.22	0.192	217	0.146	4051	0.148	4372	0.947	0.962	97.6212	0.137
2.22-2.354	0.199	207	0.147	3843	0.149	4140	0.95	0.962	97.8261	0.14
2.354-2.516	0.219	229	0.169	3613	0.172	3910	0.94	0.947	98.2609	0.164
2.516-2.717	0.249	189	0.186	3360	0.19	3605	0.92	0.941	98.4466	0.182
2.717-2.976	0.246	147	0.179	3152	0.181	3343	0.926	0.948	98.6838	0.181
2.976-3.325	0.213	139	0.176	2839	0.178	3013	0.943	0.955	98.8384	0.183
3.325-3.837	0.188	157	0.166	2501	0.167	2684	0.96	0.965	99.0313	0.178
3.837-4.691	0.173	109	0.14	2141	0.141	2266	0.973	0.976	99.2939	0.159
4.691-6.603	0.213	102	0.17	1656	0.173	1767	0.964	0.971	99.4907	0.189
6.603-48.027	0.175	52	0.204	948	0.203	1004	0.964	0.958	99.6016	0.224

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)