PDB-8fh7: Crystal Structure Of Aldose Reductase (AKR1B1) Complexed With NAD...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fh7

タイトル

Crystal Structure Of Aldose Reductase (AKR1B1) Complexed With NADP+ And AT-003

要素

Aldo-keto reductase family 1 member B1

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Inhibitor Complex / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

glyceraldehyde oxidoreductase activity / Fructose biosynthesis / fructose biosynthetic process / L-glucuronate reductase activity / aldose reductase / D/L-glyceraldehyde reductase / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / C21-steroid hormone biosynthetic process / Pregnenolone biosynthesis / NADP-retinol dehydrogenase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Arenas, R. / Wilson, D.K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure Of Aldose Reductase (AKR1B1) Complexed With NADP+ And AT-003
著者: Arenas, R. / Wilson, D.K.

履歴

登録	2022年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fh7.cif.gz	145.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fh7.ent.gz	108.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fh7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fh7_validation.pdf.gz	1007 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fh7_full_validation.pdf.gz	1009.1 KB	表示
XML形式データ	8fh7_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	8fh7_validation.cif.gz	22.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/8fh7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/8fh7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Aldo-keto reductase family 1 member B1

ヘテロ分子

37.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.186, 46.957, 47.379
Angle α, β, γ (deg.)	75.771, 67.466, 76.871
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Aldo-keto reductase family 1 member B1 / Aldehyde reductase / Aldose reductase / AR 分子量: 35914.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1B1, ALDR1, ALR2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: P15121, NADP-retinol dehydrogenase, D/L-glyceraldehyde reductase, allyl-alcohol dehydrogenase, aldose reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-XY0 / {7-[(5-chloro-1,3-benzothiazol-2-yl)methyl]-8-oxo-7,8-dihydropyrazino[2,3-d]pyridazin-5-yl}acetic acid 分子量: 387.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₀ClN₅O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.22 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25%PEG 3,350, 100 mM Bis-Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→36.733 Å / Num. obs: 44438 / % possible obs: 81.7 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.058 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 1.45→1.47 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.418 / Num. unique obs: 2146 / CC_1/2: 0.687 / R_pim(I) all: 0.418 / R_rim(I) all: 0.591

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→36.733 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / WR_factor R_free: 0.173 / WR_factor R_work: 0.147 / SU B: 1.032 / SU ML: 0.039 / Average fsc free: 0.9769 / Average fsc work: 0.9837 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1689	2219	4.994 %	0.05
R_work	0.1451	42217	-	-
all	0.146	-	-	-
obs	-	44436	81.691 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.608 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.106 Å²	0.099 Å²	0.53 Å²
2-	-	-0.158 Å²	-0.313 Å²
3-	-	-	0.481 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→36.733 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2518	0	86	180	2784

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	2670
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2521
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.845	1.656	3633
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.584	1.572	5830
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.843	5	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.367	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.033	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.662	10	454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.808	10	114
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	401
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	3005
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	573
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	540
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	2448
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1398
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.111	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.295	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.771	1.503	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.771	1.503	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.651	2.699	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.65	2.7	1573
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.27	1.854	1411
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.269	1.855	1412
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.029	3.222	2061
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.028	3.222	2062
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.905	17.479	3074
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.88	17.34	3052

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.45-1.488	0.275	167	0.251	3110	0.252	4074	0.956	0.961	80.4369	0.242
1.488-1.528	0.249	167	0.214	2973	0.216	3863	0.962	0.97	81.284	0.2
1.528-1.573	0.239	168	0.191	2830	0.193	3824	0.965	0.976	78.3996	0.175
1.573-1.621	0.192	162	0.17	2785	0.171	3711	0.974	0.981	79.4126	0.154
1.621-1.674	0.197	148	0.156	2959	0.158	3579	0.977	0.984	86.812	0.141
1.674-1.733	0.166	152	0.146	2881	0.147	3465	0.983	0.987	87.5325	0.132
1.733-1.798	0.204	150	0.141	2718	0.144	3331	0.976	0.988	86.1003	0.128
1.798-1.871	0.166	135	0.141	2590	0.142	3239	0.983	0.988	84.1309	0.128
1.871-1.954	0.196	103	0.143	2365	0.145	3088	0.978	0.988	79.9223	0.132
1.954-2.049	0.157	131	0.137	2170	0.138	2954	0.986	0.989	77.8944	0.13
2.049-2.159	0.153	109	0.133	2244	0.133	2798	0.985	0.991	84.0958	0.129
2.159-2.29	0.163	109	0.136	2079	0.137	2642	0.983	0.99	82.816	0.136
2.29-2.447	0.156	84	0.131	1926	0.133	2532	0.982	0.99	79.3839	0.134
2.447-2.643	0.158	93	0.132	1747	0.134	2318	0.984	0.989	79.3788	0.137
2.643-2.893	0.152	72	0.13	1443	0.131	2133	0.988	0.99	71.0267	0.139
2.893-3.232	0.184	77	0.14	1522	0.142	1932	0.981	0.988	82.764	0.156
3.232-3.727	0.175	64	0.142	1338	0.143	1705	0.983	0.988	82.2287	0.162
3.727-4.554	0.098	52	0.125	1133	0.123	1448	0.994	0.991	81.837	0.149
4.554-6.391	0.16	47	0.163	833	0.163	1120	0.99	0.99	78.5714	0.195
6.391-36.733	0.172	29	0.154	571	0.155	637	0.97	0.984	94.1915	0.187

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