PDB-8fh6: Crystal Structure Of Aldose Reductase (AKR1B1) Complexed With NAD...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fh6

タイトル

Crystal Structure Of Aldose Reductase (AKR1B1) Complexed With NADP+ And Two AT-001

要素

Aldo-keto reductase family 1 member B1

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Inhibitor Complex / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

glyceraldehyde oxidoreductase activity / Fructose biosynthesis / fructose biosynthetic process / L-glucuronate reductase activity / aldose reductase / D/L-glyceraldehyde reductase / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / C21-steroid hormone biosynthetic process / NADP-retinol dehydrogenase / Pregnenolone biosynthesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.952 Å

データ登録者

Arenas, R. / Wilson, D.K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure Of Aldose Reductase (AKR1B1) Complexed With NADP+ And Two AT-001
著者: Arenas, R. / Wilson, D.K.

履歴

登録	2022年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fh6.cif.gz	89.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fh6.ent.gz	62.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fh6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fh6_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fh6_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8fh6_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	8fh6_validation.cif.gz	23.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/8fh6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/8fh6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Aldo-keto reductase family 1 member B1

ヘテロ分子

37.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.485, 95.485, 73.857
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Aldo-keto reductase family 1 member B1 / Aldehyde reductase / Aldose reductase / AR 分子量: 35914.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1B1, ALDR1, ALR2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: P15121, NADP-retinol dehydrogenase, D/L-glyceraldehyde reductase, allyl-alcohol dehydrogenase, aldose reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-XXQ / (8-oxo-7-{[5-(trifluoromethyl)-1,3-benzothiazol-2-yl]methyl}-7,8-dihydropyrazino[2,3-d]pyridazin-5-yl)acetic acid 分子量: 421.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₀F₃N₅O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.55 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25%PEG 3,350, 100 mM Bis-Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.12709 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.12709 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→36.93 Å / Num. obs: 27908 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.407 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 4008 / R_pim(I) all: 0.225 / R_rim(I) all: 0.467 / % possible all: 99
Serial crystallography sample delivery	手法: fixed target

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.952→33.719 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / WR_factor R_free: 0.175 / WR_factor R_work: 0.147 / SU B: 3.34 / SU ML: 0.093 / Average fsc free: 0.9697 / Average fsc work: 0.9811 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.132 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2056	889	3.197 %	0.05
R_work	0.1669	26920	-	-
all	0.168	-	-	-
obs	-	27809	99.574 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.923 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.952→33.719 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2518	0	118	220	2856

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2709
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2534
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.512	1.664	3693
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.481	1.572	5862
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.123	5	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.329	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.57	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.884	10	456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.082	10	114
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	405
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3025
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	578
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	626
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	2561
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1445
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	192
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.09	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.218	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.855	2.243	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.855	2.244	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.497	4.015	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.496	4.015	1573
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.092	2.562	1450
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.091	2.562	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.763	4.538	2121
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.762	4.538	2122
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.918	23.592	3333
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.865	23.303	3292

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.952-2.002	0.31	65	0.256	1936	0.258	2038	0.935	0.957	98.1845	0.238
2.002-2.057	0.245	67	0.209	1931	0.21	2001	0.961	0.973	99.8501	0.192
2.057-2.116	0.233	61	0.189	1890	0.191	1952	0.969	0.981	99.9488	0.17
2.116-2.181	0.211	52	0.178	1830	0.179	1882	0.973	0.981	100	0.156
2.181-2.252	0.202	73	0.175	1749	0.176	1822	0.976	0.981	100	0.15
2.252-2.331	0.233	61	0.171	1712	0.173	1774	0.966	0.982	99.9436	0.14
2.331-2.418	0.217	54	0.18	1667	0.181	1723	0.977	0.982	99.8839	0.147
2.418-2.517	0.293	50	0.181	1602	0.184	1653	0.958	0.982	99.9395	0.15
2.517-2.628	0.216	46	0.181	1530	0.182	1583	0.976	0.982	99.5578	0.149
2.628-2.755	0.284	39	0.179	1444	0.182	1492	0.971	0.984	99.3968	0.148
2.755-2.903	0.271	46	0.169	1392	0.172	1448	0.961	0.984	99.3094	0.141
2.903-3.078	0.26	41	0.164	1327	0.167	1379	0.96	0.984	99.2023	0.141
3.078-3.289	0.18	38	0.165	1249	0.166	1287	0.979	0.984	100	0.149
3.289-3.549	0.163	39	0.174	1146	0.174	1187	0.99	0.985	99.8315	0.165
3.549-3.884	0.185	37	0.152	1051	0.153	1093	0.982	0.987	99.5425	0.146
3.884-4.335	0.195	40	0.148	952	0.149	1007	0.975	0.988	98.5104	0.14
4.335-4.992	0.127	23	0.126	854	0.126	882	0.989	0.992	99.4331	0.124
4.992-6.08	0.15	34	0.142	728	0.142	764	0.987	0.991	99.7382	0.137
6.08-8.463	0.089	11	0.129	583	0.128	595	0.995	0.991	99.8319	0.128
8.463-33.719	0.201	12	0.147	347	0.149	360	0.97	0.99	99.7222	0.157

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