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万見
- PDB-8fh3: Human IFT-A complex structures provide molecular insights into ci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fh3
タイトルHuman IFT-A complex structures provide molecular insights into ciliary transport
要素
  • (Intraflagellar transport protein ...) x 2
  • (WD repeat-containing protein ...) x 2
  • Tubby-related protein 3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / IFT-A complex / TULP3 / cilia
機能・相同性
機能・相同性情報


intraciliary transport particle A binding / smoothened signaling pathway involved in dorsal/ventral neural tube patterning / myotome development / ear morphogenesis / digestive system development / ganglion development / intraciliary anterograde transport / cone photoreceptor outer segment / intraciliary transport particle A / embryonic heart tube left/right pattern formation ...intraciliary transport particle A binding / smoothened signaling pathway involved in dorsal/ventral neural tube patterning / myotome development / ear morphogenesis / digestive system development / ganglion development / intraciliary anterograde transport / cone photoreceptor outer segment / intraciliary transport particle A / embryonic heart tube left/right pattern formation / bronchus morphogenesis / photoreceptor cell outer segment organization / embryonic neurocranium morphogenesis / neural tube patterning / embryonic body morphogenesis / protein localization to ciliary membrane / 9+0 non-motile cilium / establishment of protein localization to organelle / intraciliary retrograde transport / embryonic camera-type eye development / gonad development / intraciliary transport / spinal cord dorsal/ventral patterning / regulation of cilium assembly / photoreceptor connecting cilium / ciliary tip / camera-type eye morphogenesis / Intraflagellar transport / embryonic brain development / embryonic cranial skeleton morphogenesis / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / protein localization to cilium / non-motile cilium assembly / regulation of smoothened signaling pathway / embryonic heart tube development / embryonic forelimb morphogenesis / non-motile cilium / determination of left/right symmetry / nervous system process / embryonic limb morphogenesis / central nervous system neuron differentiation / limb development / anterior/posterior pattern specification / motile cilium / embryonic digit morphogenesis / receptor clustering / ciliary base / axoneme / cilium assembly / photoreceptor outer segment / Hedgehog 'off' state / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / centriole / phosphatidylinositol binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / negative regulation of smoothened signaling pathway / neural tube closure / G protein-coupled receptor binding / bone development / brain development / cell morphogenesis / heart development / protein-containing complex assembly / nuclear membrane / in utero embryonic development / cytoskeleton / intracellular signal transduction / ciliary basal body / cilium / G protein-coupled receptor signaling pathway / centrosome / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / nucleolus / enzyme binding / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tubby N-terminal / Tubby, C-terminal / Tubby, C-terminal, conserved site / Tub family / Tub family signature 1. / Tub family signature 2. / IFT144, first zinc finger domain / Tubby, N-terminal / Tubby-like, C-terminal / IFT122, C-terminal zinc ribbon domain ...Tubby N-terminal / Tubby, C-terminal / Tubby, C-terminal, conserved site / Tub family / Tub family signature 1. / Tub family signature 2. / IFT144, first zinc finger domain / Tubby, N-terminal / Tubby-like, C-terminal / IFT122, C-terminal zinc ribbon domain / : / IFT122, zinc ribbon domain / WD repeat protein 35 / WDR19, WD40 repeat / WD repeat-containing protein 19/dyf-2 / : / : / : / : / : / WDR19 second beta-propeller / IFT140 first beta-propeller / IFT140 second beta-propeller / WDR19 first beta-propeller / WDR35 second beta-propeller / IF140 C-terminal TPR domain / WDR35/TULP4 N-terminal / WD repeat-containing protein 35, TPR repeats / : / : / IFT121, second zinc finger domain / IF140/IFT172 TPR domain / : / IFT80/172/WDR35/WDR19 TPR domain / Intraflagellar transport protein 122 homolog / : / : / IFT122 second beta-propeller / IFT122 first beta-propeller / IFT122, TPR domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubby-related protein 3 / WD repeat-containing protein 19 / Intraflagellar transport protein 140 homolog / Intraflagellar transport protein 122 homolog / WD repeat-containing protein 35
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Jiang, M. / Palicharla, V.R. / Miller, D. / Hwang, S.H. / Zhu, H. / Hixson, P. / Mukhopadhyay, S. / Sun, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R00HL143037 米国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2023
タイトル: Human IFT-A complex structures provide molecular insights into ciliary transport.
著者: Meiqin Jiang / Vivek Reddy Palicharla / Darcie Miller / Sun-Hee Hwang / Hanwen Zhu / Patricia Hixson / Saikat Mukhopadhyay / Ji Sun /
要旨: Intraflagellar transport (IFT) complexes, IFT-A and IFT-B, form bidirectional trains that move along the axonemal microtubules and are essential for assembling and maintaining cilia. Mutations in IFT ...Intraflagellar transport (IFT) complexes, IFT-A and IFT-B, form bidirectional trains that move along the axonemal microtubules and are essential for assembling and maintaining cilia. Mutations in IFT subunits lead to numerous ciliopathies involving multiple tissues. However, how IFT complexes assemble and mediate cargo transport lacks mechanistic understanding due to missing high-resolution structural information of the holo-complexes. Here we report cryo-EM structures of human IFT-A complexes in the presence and absence of TULP3 at overall resolutions of 3.0-3.9 Å. IFT-A adopts a "lariat" shape with interconnected core and peripheral subunits linked by structurally vital zinc-binding domains. TULP3, the cargo adapter, interacts with IFT-A through its N-terminal region, and interface mutations disrupt cargo transport. We also determine the molecular impacts of disease mutations on complex formation and ciliary transport. Our work reveals IFT-A architecture, sheds light on ciliary transport and IFT train formation, and enables the rationalization of disease mutations in ciliopathies.
履歴
登録2022年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 35
B: Intraflagellar transport protein 122 homolog
C: WD repeat-containing protein 19
E: Intraflagellar transport protein 140 homolog
I: Tubby-related protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)642,8369
ポリマ－642,5745
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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WD repeat-containing protein ... , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 35 / Intraflagellar transport protein 121 homolog


分子量: 133705.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR35, IFT121, KIAA1336 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P2L0
#3: タンパク質 WD repeat-containing protein 19 / Intraflagellar transport 144 homolog


分子量: 151760.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR19, IFT144, KIAA1638 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NEZ3

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Intraflagellar transport protein ... , 2種, 2分子 BE

#2: タンパク質 Intraflagellar transport protein 122 homolog / WD repeat-containing protein 10 / WD repeat-containing protein 140


分子量: 141993.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFT122, SPG, WDR10, WDR140 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HBG6
#4: タンパク質 Intraflagellar transport protein 140 homolog / WD and tetratricopeptide repeats protein 2


分子量: 165404.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFT140, KIAA0590, WDTC2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96RY7

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 5分子 I

#5: タンパク質 Tubby-related protein 3 / Tubby-like protein 3


分子量: 49710.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TULP3, TUBL3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75386
#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Intraflagellar transport complex A (IFT-A)COMPLEX#1-#50RECOMBINANT
2IFT-A_TULP3COMPLEX1RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 53.06 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 113784 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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