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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fg8 | ||||||
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タイトル | Catalytic domain of GtfB in complex with inhibitor 2-[(2,4,5-Trihydroxyphenyl)methylidene]-1-benzofuran-3-one | ||||||
要素 | Glucosyltransferase-I | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/INHIBITOR / GtfB / GTF-I / catalytic domain / inhibitor (酵素阻害剤) / TRANSFERASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dextransucrase activity / デキストラスクラーゼ / glucan biosynthetic process / glucosyltransferase activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus mutans (ストレプトコッカス・ミュータンス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Schormann, N. / Deivanayagam, C. / Velu, S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Hydrogel-Encapsulated Biofilm Inhibitors Abrogate the Cariogenic Activity of Streptococcus mutans . 著者: Ahirwar, P. / Kozlovskaya, V. / Nijampatnam, B. / Rojas, E.M. / Pukkanasut, P. / Inman, D. / Dolmat, M. / Law, A.C. / Schormann, N. / Deivanayagam, C. / Harber, G.J. / Michalek, S.M. / Wu, H. ...著者: Ahirwar, P. / Kozlovskaya, V. / Nijampatnam, B. / Rojas, E.M. / Pukkanasut, P. / Inman, D. / Dolmat, M. / Law, A.C. / Schormann, N. / Deivanayagam, C. / Harber, G.J. / Michalek, S.M. / Wu, H. / Kharlampieva, E. / Velu, S.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fg8.cif.gz | 357.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fg8.ent.gz | 280.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fg8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/8fg8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/8fg8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3aieS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 97510.484 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain (UNP residues 191-1051) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus mutans (ストレプトコッカス・ミュータンス) 遺伝子: gtfB, SMU_1004 / プラスミド: pET-23d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P08987, デキストラスクラーゼ |
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-非ポリマー , 5種, 534分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.2 % / 解説: Tetragonal rods |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, apo- crystals soaked 5-10 mins with inhibitor HA5 (20 mM aqueous stock solution; 1-2 mM final concentration) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→87.25 Å / Num. obs: 142674 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 9.1 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.191 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.202 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 1293084 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 9.3 % / Num. unique obs: 7062 / CC1/2: 0.35 / Rpim(I) all: 0.712 / Χ2: 0.89 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3AIE 解像度: 2.35→73.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 7.384 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.9 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.35→73.04 Å
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拘束条件 |
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