[日本語] English
万見
- PDB-8fft: Structure of GntC, a PLP-dependent enzyme catalyzing L-enduracidi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fft
タイトルStructure of GntC, a PLP-dependent enzyme catalyzing L-enduracididine biosynthesis from (S)-4-hydroxy-L-arginine
要素Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / PLP / GntC / cyclodehydration / (S)-4-hydroxy-L-arginine / guanitoxin / L-enduracididine / cyanobacterial blooms / biocatalysis / biosynthesis / cyanobacterium
機能・相同性transaminase activity / biosynthetic process / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / pyridoxal phosphate binding / Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
機能・相同性情報
生物種Dolichospermum flos-aquae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Chen, P.Y.-T. / Lima, S.T. / Chekan, J.R. / Moore, B.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)R21-ES032056 米国
引用
ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023
タイトル: Mechanistic and Structural Insights into a Divergent PLP-Dependent l-Enduracididine Cyclase from a Toxic Cyanobacterium.
著者: Cordoza, J.L. / Chen, P.Y. / Blaustein, L.R. / Lima, S.T. / Fiore, M.F. / Chekan, J.R. / Moore, B.S. / McKinnie, S.M.K.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Mechanistic and structural insights into a divergent PLP-dependent L-enduracididine cyclase from a toxic cyanobacterium.
著者: Cordoza, J.L. / Chen, P.Y. / Blaustein, L.R. / Lima, S.T. / Fiore, M.F. / Chekan, J.R. / Moore, B.S. / McKinnie, S.M.K.
履歴
登録2022年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
改定 1.32023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
B: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
C: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
D: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,5849
ポリマ－167,4634
非ポリマー1225
水1,856103
1
A: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
B: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,8045
ポリマ－83,7312
非ポリマー733
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area25370 Å2
手法PISA
2
C: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
D: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,7804
ポリマ－83,7312
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area25560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.855, 158.159, 73.231
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.010, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme


分子量: 41865.684 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dolichospermum flos-aquae (バクテリア)
遺伝子: K2F26_16465 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8G0W655
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.55 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 19% (w/v) PEG 3350, 0.50 M MgCl2, 0.10 M Tris pH 8.5, and 1 mM PLP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.99992 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99992 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→73.23 Å / Num. obs: 75093 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 5.2 % / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.106 Å / Num. unique obs: 778 / CC1/2: 0.5725

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
AutoProcessデータ削減
AutoProcessデータスケーリング
AutoProcess位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OP7

3op7


解像度: 2.1→73.23 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 26.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2417 3660 4.88 %
Rwork0.22 71388 -
obs0.2211 75048 93.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.31 Å2 / Biso mean: 32.7388 Å2 / Biso min: 17.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→73.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11068 0 5 103 11176
Biso mean--30.4 26.39 -
残基数----1395
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.130.31641500.29342801295197
2.13-2.160.30951550.2792884303997
2.16-2.190.31751500.26662817296797
2.19-2.220.34161500.2982895304597
2.22-2.250.2888320.295686789929
2.25-2.290.30881490.26292830297997
2.29-2.330.27681520.24772846299897
2.33-2.370.31091410.23512882302398
2.37-2.420.27451300.24152861299198
2.42-2.470.22571350.24242886302198
2.47-2.520.30111460.25212929307598
2.52-2.580.27391490.25082858300798
2.58-2.640.27441540.25512927308198
2.64-2.720.29281510.25342845299698
2.72-2.80.29481300.24342917304798
2.8-2.890.29811400.24582936307698
2.89-2.990.24031500.24482869301999
2.99-3.110.25381470.22772899304699
3.11-3.250.27531290.23262941307099
3.25-3.370.26981320.22712080221296
3.47-3.640.21291290.21492164229398
3.64-3.920.20441430.20682904304798
3.92-4.310.19191300.17622897302797
4.31-4.930.21241720.17052853302597
4.93-6.210.18861630.19822879304297
6.22-73.230.18631510.17832921307297
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.00810.01590.24531.3206-0.0021.1545-0.03130.0501-0.02710.03020.0301-0.0205-0.12020.0811-0.00370.1532-0.01170.01260.18470.0190.1628-26.14030.1942-17.3179
21.05660.31460.39950.82140.09931.4001-0.09530.09670.0542-0.17280.12710.0038-0.34990.1069-0.03880.3089-0.03620.0110.24610.02150.2032-33.3576-0.5131-52.4068
30.81950.2194-0.29271.5229-0.12151.1551-0.09480.0084-0.0318-0.09170.0381-0.14720.1830.0160.04220.1878-0.0030.00510.20350.00170.2146-56.5217-38.5464-49.1395
41.0709-0.1409-0.47050.86670.04461.4014-0.123-0.1746-0.11460.19390.1323-0.02450.3730.088-0.02540.32230.0439-0.02590.27210.02950.2194-63.7171-37.8698-13.9261
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'A18 - 401
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'B17 - 401
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C'C19 - 401
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D'D18 - 401

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る