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- PDB-8fff: Crystal structure of Staphylococcus aureus D-alanine D-alanine li... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fff
タイトルCrystal structure of Staphylococcus aureus D-alanine D-alanine ligase enzyme in complex with acetate
要素D-alanine--D-alanine ligase
キーワードLIGASE / D-alanine D-alanie / S.aureus / cell wall biosynthesis / omega loop
機能・相同性
機能・相同性情報


D-alanine-D-alanine ligase / D-alanine-D-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
D-alanine--D-alanine ligase/VANA/B/C, conserved site / D-alanine--D-alanine ligase / D-alanine--D-alanine ligase, N-terminal domain / D-ala D-ala ligase N-terminus / D-alanine--D-alanine ligase signature 1. / D-alanine--D-alanine ligase signature 2. / D-alanine--D-alanine ligase, C-terminal / D-ala D-ala ligase C-terminus / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily ...D-alanine--D-alanine ligase/VANA/B/C, conserved site / D-alanine--D-alanine ligase / D-alanine--D-alanine ligase, N-terminal domain / D-ala D-ala ligase N-terminus / D-alanine--D-alanine ligase signature 1. / D-alanine--D-alanine ligase signature 2. / D-alanine--D-alanine ligase, C-terminal / D-ala D-ala ligase C-terminus / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / D-alanine--D-alanine ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Jayasinghe, Y.P. / Ronning, D.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21-AI151924 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Staphylococcus aureus counters organic acid anion-mediated inhibition of peptidoglycan cross-linking through robust alanine racemase activity.
著者: Panda, S. / Jayasinghe, Y.P. / Shinde, D.D. / Bueno, E. / Stastny, A. / Bertrand, B.P. / Chaudhari, S.S. / Kielian, T. / Cava, F. / Ronning, D.R. / Thomas, V.C.
履歴
登録2022年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-alanine--D-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1613
ポリマ－40,0431
非ポリマー1182
水2,936163
1
A: D-alanine--D-alanine ligase
ヘテロ分子

A: D-alanine--D-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,3226
ポリマ－80,0862
非ポリマー2364
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555x,-y,-z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area30040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.123, 65.817, 99.423
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 D-alanine--D-alanine ligase / D-Ala-D-Ala ligase / D-alanylalanine synthetase


分子量: 40043.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: ddl, ddl_1, BTN44_12750, CV021_10020, DD547_02119, E4U00_12215, EDCC5055_02053, EP54_12800, EQ90_09645, FA040_09370, G6Y24_11355, GO814_01235, GO942_06460, GQX37_08410, HK402_11205, HUW54_ ...遺伝子: ddl, ddl_1, BTN44_12750, CV021_10020, DD547_02119, E4U00_12215, EDCC5055_02053, EP54_12800, EQ90_09645, FA040_09370, G6Y24_11355, GO814_01235, GO942_06460, GQX37_08410, HK402_11205, HUW54_10625, NCTC13131_01418, NCTC6133_02837, SAGV69_02521, SAHC1335_00023, SAMEA2077334_02016, SAMEA2078260_01877, SAMEA2078588_01848, SAMEA2080344_01838, SAMEA2081063_01853, SAMEA2081470_01763, SAMEA70146418_02253
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8TRT0, D-alanine-D-alanine ligase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.74 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M NaSCN and 20 % polyethylene glycol monomethyl ether 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→49.72 Å / Num. obs: 28387 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.92→1.95 Å / Num. unique obs: 1414 / CC1/2: 0.645

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2-3874精密化
DIALSデータスケーリング
DIALSデータ削減
PHENIX1.18.2-3874位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.92→49.71 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2593 1601 5.96 %
Rwork0.2097 --
obs0.2126 26871 94.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→49.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2737 0 8 163 2908
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082803
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0953797
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.904372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06424
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006498
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-1.980.4769760.45271108X-RAY DIFFRACTION47
1.98-2.050.38041450.35372287X-RAY DIFFRACTION96
2.05-2.130.35881490.3062367X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.230.3011520.27592392X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.350.27471510.24592394X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.50.31391500.24422389X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.690.2811530.24232422X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.960.32481520.23232416X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.390.25091540.21772435X-RAY DIFFRACTION100
3.39-4.270.22711550.17212468X-RAY DIFFRACTION100
4.27-49.710.20981640.16062592X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.4247 Å / Origin y: -4.6604 Å / Origin z: 13.6115 Å
111213212223313233
T0.223 Å2-0.0244 Å20.019 Å2-0.1927 Å2-0.0197 Å2--0.2109 Å2
L2.0395 °2-0.3253 °2-0.1272 °2-1.1143 °2-0.1096 °2--2.1647 °2
S0.0089 Å °0.0352 Å °-0.0881 Å °0.0056 Å °-0.1379 Å °0.1567 Å °0.185 Å °-0.1183 Å °0.116 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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