PDB-8fek: Crystal structure of PBP cyclase Ulm16

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fek

タイトル

Crystal structure of PBP cyclase Ulm16

要素

PBP cyclase Ulm16

キーワード

HYDROLASE / Thioesterase / cyclase / heterochiral / Ulleungmycin

機能・相同性

: / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Beta-lactamase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sp. KCB13F003 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.058 Å

データ登録者

Patel, R. / Budimir, Z. / Parkinson, E. / Das, C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Biocatalytic cyclization of small macrolactams by a penicillin-binding protein-type thioesterase.
著者: Budimir, Z.L. / Patel, R.S. / Eggly, A. / Evans, C.N. / Rondon-Cordero, H.M. / Adams, J.J. / Das, C. / Parkinson, E.I.

履歴

登録	2022年12月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fek.cif.gz	169.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fek.ent.gz	131.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fek.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fek_validation.pdf.gz	419.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fek_full_validation.pdf.gz	421.9 KB	表示
XML形式データ	8fek_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	8fek_validation.cif.gz	25.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/8fek ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/8fek	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: PBP cyclase Ulm16

44.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.822, 67.871, 56.779
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.50, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PBP cyclase Ulm16 / Beta-lactamase 分子量: 44758.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. KCB13F003 (バクテリア) 遺伝子: ulm16 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D3E317
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.03 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris hydrochloride pH 8.5, 200 mM Sodium acetate trihydrate, 30% w/v PEG4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 273.15 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.058→50 Å / Num. obs: 43075 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3 % / CC_1/2: 0.984 / CC star: 0.996 / R_pim(I) all: 0.065 / R_rim(I) all: 0.156 / Χ²: 0.092 / Net I/σ(I): 9.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all	Mean I/σ(I) obs
2.07-2.14	3.1	0.676	4327	0.505	0.819	0.328	0.785	1.184	98.3
2.14-2.23	3.1	0.578	4334	0.441	0.782	0.277	0.667	1.144	98.7	5.533
2.23-2.33	3	0.449	4356	0.736	0.921	0.217	0.519	1.129	98.2	6.424
2.33-2.45	3	0.379	4272	0.743	0.923	0.187	0.44	1.095	97.6	6.971
2.45-2.61	2.9	0.309	4254					1.186	97.1
2.61-2.81	3.2	0.226	4312					1.159	98.5
2.81-3.09	3.1	0.175	4354					1.114	98.2
3.09-3.54	3	0.116	4293					1.067	97.5
3.54-4.46	3.1	0.079	4327					1.033	98.3
4.46-50	3	0.06	4246					1.004	96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.058→32.8 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2215	1137	5.15 %
R_work	0.1796	-	-
obs	0.1818	22089	97.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.058→32.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2966	0	0	195	3161

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3060
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.632	4193
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.219	2396
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	468
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	566

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0583-2.152	0.271	128	0.2256	2564	X-RAY DIFFRACTION	97
2.152-2.2654	0.2676	135	0.2165	2662	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2654-2.4073	0.2718	137	0.2081	2614	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4073-2.5931	0.2728	143	0.2086	2596	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5931-2.854	0.2659	150	0.2105	2619	X-RAY DIFFRACTION	99
2.854-3.2666	0.2615	143	0.1965	2615	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2666-4.1143	0.1856	159	0.1568	2640	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1143-32.8	0.1724	142	0.1465	2642	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6935	-0.0459	-0.6132	1.1233	1.8683	2.2633	-0.1039	0.4474	-0.0764	-0.272	-0.0713	0.647	0.0346	-0.124	0.1651	0.3544	-0.001	-0.0458	0.2518	0.0254	0.4587	4.0958	3.9011	-10.9628
2	2.2607	0.0028	0.0639	2.7061	-2.2009	4.5735	-0.0824	-0.1782	-0.2207	0.0385	-0.1368	-0.4033	0.0981	0.2912	0.2419	0.1412	0.0141	0.0543	0.1713	-0.0204	0.3861	16.7147	-1.5017	7.5071
3	4.5029	0.0957	-0.0362	1.9811	0.7875	2.4209	0.0458	-0.7563	-0.262	0.1331	0.0254	-0.1758	0.1896	0.1123	-0.0303	0.1903	0.0281	0.0093	0.313	0.0549	0.2846	15.1035	-1.1999	24.9911
4	2.6858	-0.2351	0.6459	0.9497	-0.5431	3.1514	-0.0197	-0.0196	-0.2421	-0.1142	-0.0036	-0.2206	-0.0237	0.4831	-0.1075	0.2016	0.0377	0.0336	0.2225	0.0007	0.3706	22.1546	-1.0265	6.6531
5	3.4977	0.0563	1.076	2.2807	-0.2996	3.9154	0.1364	0.0697	-0.6902	-0.2232	-0.0224	-0.2203	0.2074	0.3944	-0.0604	0.2601	0.0105	0.0657	0.235	-0.029	0.5039	6.8668	-8.0019	6.5521
6	3.2608	1.372	-0.0898	7.0374	-0.7888	2.1822	-0.0964	0.0842	0.1199	-0.1596	0.1652	0.6006	0.0299	-0.1764	-0.0456	0.2013	0.0117	-0.0073	0.1826	0.0085	0.3334	3.7542	3.1029	-2.1549
7	1.4825	-0.4252	-0.9392	0.2915	0.0565	0.4842	-0.2154	-0.0767	-0.2101	0.1642	0.039	0.2759	0.3929	-0.1958	0.3017	0.3034	0.0304	0.0021	0.3286	-0.0104	0.4555	-10.7932	5.8526	12.2086
8	7.1477	-2.442	2.0578	4.1873	0.6837	5.1841	-0.1545	-0.2144	0.4563	0.0155	0.0847	-0.2536	-0.2757	-0.0665	0.0324	0.2215	0.0047	0.0815	0.2358	-0.0083	0.4215	-5.5157	11.0934	22.4871

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 46 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 47 through 109 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 110 through 198 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 199 through 247 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 248 through 308 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 309 through 345 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 346 through 369 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 370 through 441 )

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