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- PDB-8fdv: LSD1-CoREST in complex N-formyl FAD and SNAG peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fdv
タイトルLSD1-CoREST in complex N-formyl FAD and SNAG peptide
要素
  • Lysine-specific histone demethylase 1A
  • REST corepressor 1
  • Zinc finger protein SNAI1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Epigenetics / Histone demethylase / Drug resistance / Covalent inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell differentiation involved in embryonic placenta development / cartilage morphogenesis / left/right pattern formation / Regulation of CDH11 gene transcription / negative regulation of vitamin D biosynthetic process / epithelial cell migration / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / trophoblast giant cell differentiation / heterochromatin organization / positive regulation of megakaryocyte differentiation ...negative regulation of cell differentiation involved in embryonic placenta development / cartilage morphogenesis / left/right pattern formation / Regulation of CDH11 gene transcription / negative regulation of vitamin D biosynthetic process / epithelial cell migration / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / trophoblast giant cell differentiation / heterochromatin organization / positive regulation of megakaryocyte differentiation / guanine metabolic process / negative regulation of transcription initiation-coupled chromatin remodeling / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / protein demethylase activity / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / neuron maturation / muscle cell development / positive regulation of neural precursor cell proliferation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / MRF binding / regulation of androgen receptor signaling pathway / DNA repair complex / aortic valve morphogenesis / regulation of bicellular tight junction assembly / hair follicle morphogenesis / nuclear androgen receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of neuroblast proliferation / DNA repair-dependent chromatin remodeling / positive regulation of stem cell proliferation / histone H3K9 demethylase activity / histone deacetylase complex / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / E-box binding / histone methyltransferase complex / roof of mouth development / mesoderm formation / histone demethylase activity / epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of cell size / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / pericentric heterochromatin / response to fungicide / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / Notch signaling pathway / transcription repressor complex / epigenetic regulation of gene expression / cellular response to cAMP / positive regulation of protein ubiquitination / Regulation of PTEN gene transcription / erythrocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / HDACs deacetylate histones / promoter-specific chromatin binding / cellular response to gamma radiation / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / positive regulation of neuron projection development / cerebral cortex development / protein modification process / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / kinase binding / fibrillar center / sequence-specific double-stranded DNA binding / osteoblast differentiation / p53 binding / cellular response to UV / transcription corepressor activity / flavin adenine dinucleotide binding / regulation of protein localization / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / oxidoreductase activity / chromosome, telomeric region / positive regulation of cell migration / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
: / C2H2-type zinc finger / : / Helical region in REST corepressor / : / Histone lysine-specific demethylase / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 ...: / C2H2-type zinc finger / : / Helical region in REST corepressor / : / Histone lysine-specific demethylase / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / : / SANT domain profile. / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / Zinc finger, C2H2 type / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Homeobox-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HUF / Lysine-specific histone demethylase 1A / Zinc finger protein SNAI1 / REST corepressor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Caroli, J. / Mattevi, A.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Association for Cancer ResearchIG19808 イタリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Covalent adduct Grob fragmentation underlies LSD1 demethylase-specific inhibitor mechanism of action and resistance.
著者: Waterbury, A.L. / Caroli, J. / Zhang, O. / Tuttle, P.R. / Liu, C. / Li, J. / Park, J.S. / Hoenig, S.M. / Barone, M. / Furui, A. / Mattevi, A. / Liau, B.B.
履歴
登録2022年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月25日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific histone demethylase 1A
B: REST corepressor 1
C: Zinc finger protein SNAI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,4294
ポリマ－112,6143
非ポリマー8161
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6880 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area37750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.298, 180.388, 232.884
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Lysine-specific histone demethylase 1A / BRAF35-HDAC complex protein BHC110 / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 2 / ...BRAF35-HDAC complex protein BHC110 / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 2 / [histone H3]-dimethyl-L-lysine(4) FAD-dependent demethylase 1A


分子量: 95051.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM1A, AOF2, KDM1, KIAA0601, LSD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O60341, [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase
#2: タンパク質 REST corepressor 1 / Protein CoREST


分子量: 16459.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RCOR1, KIAA0071, RCOR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UKL0
#3: タンパク質・ペプチド Zinc finger protein SNAI1 / Protein snail homolog 1 / Protein sna


分子量: 1102.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNAI1, SNAH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95863
#4: 化合物 ChemComp-HUF / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3S,4S)-5-[5-methanoyl-7,8-dimethyl-2,4-bis(oxidanylidene)-1H-benzo[g]pteridin-10-yl]-2,3,4-tris(oxidanyl)pentyl] hydrogen phosphate


分子量: 815.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H35N9O16P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.2 Na/K Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.96546 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→48.92 Å / Num. obs: 52843 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 222491
反射 シェル解像度: 2.95→3.04 Å / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 1.619 / Num. measured all: 18249 / Num. unique obs: 4534 / CC1/2: 0.332 / Rpim(I) all: 0.905 / Rrim(I) all: 1.865 / Χ2: 1 / Net I/σ(I) obs: 0.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.18.2精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→48.92 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 1997 3.79 %
Rwork0.2162 --
obs0.2176 52717 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→48.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6370 0 55 0 6425
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0136561
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5498899
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.222915
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076998
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011151
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-3.020.4341390.44323527X-RAY DIFFRACTION98
3.02-3.110.40241400.4073570X-RAY DIFFRACTION99
3.11-3.20.42941430.36743614X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.30.40041420.32263620X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.420.34991410.29783597X-RAY DIFFRACTION99
3.42-3.550.32781410.28333556X-RAY DIFFRACTION99
3.55-3.720.28871410.26433610X-RAY DIFFRACTION99
3.72-3.910.23751420.2323585X-RAY DIFFRACTION99
3.91-4.160.23961440.20283652X-RAY DIFFRACTION100
4.16-4.480.19411410.18033592X-RAY DIFFRACTION99
4.48-4.930.21031440.17283658X-RAY DIFFRACTION100
4.93-5.640.23931450.19793679X-RAY DIFFRACTION100
5.64-7.10.25311450.20543680X-RAY DIFFRACTION100
7.1-48.920.20421490.16273780X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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