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- PDB-8fds: Ankyrin domain of SKD3 isoform 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fds
タイトルAnkyrin domain of SKD3 isoform 2
要素Caseinolytic peptidase B protein homolog
キーワードCHAPERONE / HYDROLASE / Mitochondria / Ankyrin
機能・相同性
機能・相同性情報


granulocyte differentiation / RIG-I signaling pathway / ATP-dependent protein disaggregase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / antiviral innate immune response / mitochondrial intermembrane space / cellular response to heat / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats ...: / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / ATPase, AAA-type, core / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Mitochondrial disaggregase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Lee, S. / Tsai, F.T.F. / Chang, C.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM142143 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK115454 米国
Robert A. Welch FoundationQ-1530-20190330 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR140038 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorOD030246 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of impaired disaggregase function in the oxidation-sensitive SKD3 mutant causing 3-methylglutaconic aciduria.
著者: Lee, S. / Lee, S.B. / Sung, N. / Xu, W.W. / Chang, C. / Kim, H.E. / Catic, A. / Tsai, F.T.F.
履歴
登録2022年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.details
改定 1.22024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caseinolytic peptidase B protein homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6004
ポリマ－20,4621
非ポリマー1383
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area470 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area9720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.440, 60.440, 180.313
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-556-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Caseinolytic peptidase B protein homolog / Suppressor of potassium transport defect 3


分子量: 20461.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLPB, HSP78, SKD3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H078, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.05 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 4 M potassium formate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 9.0, 2% w/v PEG2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→52.34 Å / Num. obs: 24410 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 19.1 % / Rmerge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 1202 / CC1/2: 0.876 / Rpim(I) all: 0.125 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collect2データ収集
DIALS3.6.2データ削減
DIALS3.6.2データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.20.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 8DEH

8deh


解像度: 1.65→52.34 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2207 1198 4.92 %
Rwork0.1991 --
obs0.2002 24341 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→52.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1403 0 9 57 1469
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071479
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8631994
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.441203
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049215
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007269
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.720.32181340.33552480X-RAY DIFFRACTION99
1.72-1.80.3541460.29692490X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.890.30171260.26672516X-RAY DIFFRACTION100
1.89-2.010.2281170.22872545X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.160.23431180.19222542X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.380.231210.19582563X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.730.21771420.20172562X-RAY DIFFRACTION100
2.73-3.440.21691450.19432620X-RAY DIFFRACTION100
3.44-52.340.18951490.17282825X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -6.3794 Å / Origin y: 16.9263 Å / Origin z: -0.1808 Å
111213212223313233
T0.209 Å20.0025 Å2-0.0279 Å2-0.1835 Å2-0.0343 Å2--0.2014 Å2
L1.4124 °2-0.7193 °20.2622 °2-0.5948 °2-0.1093 °2--0.9694 °2
S-0.1877 Å °-0.0022 Å °0.0534 Å °0.1178 Å °0.1134 Å °-0.0493 Å °-0.0345 Å °-0.0886 Å °-0.0028 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 131 through 308)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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