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- PDB-8fd9: Structure of BTK kinase domain with the second-generation inhibit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fd9
タイトルStructure of BTK kinase domain with the second-generation inhibitor acalabrutinib
要素Tyrosine-protein kinase BTK
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / inhibitor / kinase / complex / covalent / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of B cell activation / G beta:gamma signalling through BTK / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / FCERI mediated Ca+2 mobilization / G alpha (q) signalling events / G alpha (12/13) signalling events / negative regulation of leukocyte proliferation / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / proteoglycan catabolic process ...negative regulation of B cell activation / G beta:gamma signalling through BTK / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / FCERI mediated Ca+2 mobilization / G alpha (q) signalling events / G alpha (12/13) signalling events / negative regulation of leukocyte proliferation / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / proteoglycan catabolic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / eosinophil homeostasis / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / positive regulation of synoviocyte proliferation / histamine secretion by mast cell / neutrophil homeostasis / cellular response to molecule of fungal origin / positive regulation of type I hypersensitivity / cellular response to interleukin-7 / DAP12 signaling / negative regulation of cytokine production / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / phospholipase activator activity / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of B cell proliferation / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / phospholipase binding / : / cell maturation / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cellular response to reactive oxygen species / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / T cell receptor signaling pathway / protein tyrosine kinase activity / cytoplasmic vesicle / adaptive immune response / response to lipopolysaccharide / intracellular signal transduction / membrane raft / innate immune response / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / : / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain ...Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / : / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / PH-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Chem-XQQ / Tyrosine-protein kinase BTK
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lin, D.Y. / Andreotti, A.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2023
タイトル: Structure of BTK kinase domain with the second-generation inhibitors acalabrutinib and tirabrutinib.
著者: Lin, D.Y. / Andreotti, A.H.
履歴
登録2022年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.12023年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6096
ポリマ－31,8221
非ポリマー7875
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.921, 50.310, 123.483
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase BTK / Agammaglobulinemia tyrosine kinase / ATK / B-cell progenitor kinase / BPK / Bruton tyrosine kinase ...Agammaglobulinemia tyrosine kinase / ATK / B-cell progenitor kinase / BPK / Bruton tyrosine kinase / Kinase EMB


分子量: 31821.521 Da / 分子数: 1
変異: K430R, L542M S543T, V555T, R562K, S564A, P565S, Y617P
由来タイプ: 組換発現
詳細: Bruton's Tyrosine Kinase in complex with acalabrutinib
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Btk, Bpk / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P35991, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-XQQ / 4-[(4S)-8-amino-3-{(2S)-1-[(2E)-but-2-enoyl]pyrrolidin-2-yl}imidazo[1,5-a]pyrazin-1-yl]-N-(pyridin-2-yl)benzamide / 4-{(4S)-8-amino-3-[(2S)-1-(but-2-ynoyl)pyrrolidin-2-yl]imidazo[1,5-a]pyrazin-1-yl}-N-(pyridin-2-yl)benzamide


分子量: 467.522 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H25N7O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Br
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.1M Bis-tris propane, pH 6.5 and 0.2M sodium bromide
PH範囲: 6.5-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.626→46.591 Å / Num. obs: 28343 / % possible obs: 82.2 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 17.65 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.162 / Net I/σ(I): 1.2
反射 シェル解像度: 1.626→1.745 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 1.276 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1418 / CC1/2: 0.499 / Rpim(I) all: 0.582 / % possible all: 21.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCdata processing
PHASER位相決定
autoPROCデータ削減
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→19.74 Å / SU ML: 0.2131 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.8202
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2276 1394 5 %
Rwork0.1866 26477 -
obs0.1887 27871 92.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2215 0 39 267 2521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00162339
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47453159
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0388328
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032402
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0686905
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.760.3058680.26831394X-RAY DIFFRACTION49.29
1.76-1.830.34721200.26192428X-RAY DIFFRACTION86.08
1.83-1.910.29951550.25312744X-RAY DIFFRACTION97.64
1.91-2.020.26681360.22752851X-RAY DIFFRACTION99.3
2.02-2.140.22991550.20512806X-RAY DIFFRACTION99.16
2.14-2.310.24181510.19642779X-RAY DIFFRACTION98.32
2.31-2.540.24871510.18022833X-RAY DIFFRACTION98.09
2.54-2.90.22681380.182817X-RAY DIFFRACTION98.04
2.91-3.660.20081520.15842861X-RAY DIFFRACTION98.08
3.66-19.740.19071680.16442964X-RAY DIFFRACTION97.48
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8218960953-0.488182390054-0.7041913855515.20963977625-0.06546822105844.74547855641-0.00589924448315-0.01813020282360.09687358313050.04047873761710.0530893188690.184941566486-0.221711185191-0.00757984045861-0.05057476350380.0825913905782-0.0188744107824-0.02576737344840.11228395385-0.0009837894401610.10669470111420.13385686638.53865657814-4.29057465894
28.450881974680.66075481929-2.053295120248.78485268423-2.972204954853.35022202554-0.241043617165-0.08128362098290.2787757092160.6428190147080.134620420848-0.260575134961-0.159141759781-0.2633889307140.08974799299340.327602170707-0.0952718119948-0.03801662616580.273629985637-0.007781979402820.12977579958119.57862972319.24648990128-20.4533917583
37.122417730356.793068501241.665109015568.562160416392.177518252291.06864507080.0122858055346-0.2025418775760.3237669301390.0227267193544-0.1960973534920.464437125278-0.0565893232666-0.08696633302280.1561573898950.1440130294770.03446937245850.002963452351060.09754135737640.01978146060840.11890359617614.25224570477.99377316735-11.8047370851
41.785710460821.69346312440.09275335887972.59607374273-0.2487105127520.865905480320.122710515056-0.104467267997-0.08174587345650.26545464597-0.1069047752980.06969631097390.10164014627-0.0903911935485-0.00263001413750.1246131474950.01756376897270.03267338547910.1093166620350.01764653551940.1533027904239.03217632022-7.4164328122-9.04356805148
58.45964927291-0.714346680374-5.182412372591.17956082720.4322090765425.30795326254-0.0783076974410.137230829180.3094945886680.005737384896110.04097544848720.00424452345616-0.0206491745810.0913902986050.01721924407190.129461512828-0.00918190679205-0.02176587996520.08898187002010.002704517701940.14503906954922.2355497744-2.47971232678-18.2191200112
61.90979441892-0.0965548495061-0.6029392192092.24369386952-0.9051054085472.41219710055-0.01892459770390.102296552365-0.113120181585-0.138603684782-0.02995368110940.03543415501540.1589833732090.009390005363310.04658793480290.09963393988320.001818024758790.002587373167110.087025573983-0.02488415027960.096043018927615.4691055458-19.7137826638-20.0167899623
76.061369319817.22892198487-4.962250229358.83982903001-5.690719928934.29220083618-0.01306543500360.2560576915910.01784783652370.07193415261640.2900339369360.1333001656720.060597588481-0.305483431009-0.2878809448420.12821988048-0.00940065221237-0.026706238140.2254832501720.04391594366110.213316022101-5.93341287652-20.2001623661-15.6847316375
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 395 through 438 )395 - 4381 - 44
22chain 'A' and (resid 439 through 451 )439 - 45145 - 57
33chain 'A' and (resid 452 through 470 )452 - 47058 - 76
44chain 'A' and (resid 471 through 534 )471 - 53477 - 140
55chain 'A' and (resid 535 through 552 )535 - 552141 - 158
66chain 'A' and (resid 553 through 643 )553 - 643159 - 249
77chain 'A' and (resid 644 through 665 )644 - 665250 - 271

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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