PDB-8fd4: Solution structure of mu-theraphotoxin Cg4a from Chinese tarantul...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fd4

タイトル

Solution structure of mu-theraphotoxin Cg4a from Chinese tarantula Chilobrachys jingzhao

要素

Jingzhaotoxin F7-10.36

キーワード

TOXIN / peptide / spider toxin / voltage-gated sodium channel modulator

機能・相同性

Huwentoxin-1 family / Ion channel inhibitory toxin / ion channel inhibitor activity / toxin activity / extracellular region / Jingzhaotoxin F7-10.36

機能・相同性情報

生物種

Chilobrachys guangxiensis (クモ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Sharma, G. / Jia, X. / Chin, Y.K.Y. / Mobli, M.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution structure of mu-theraphotoxin Cg4a from Chinese tarantula Chilobrachys jingzhao
著者: Sharma, G. / Deuis, J. / Rahnama, S. / Jia, X. / Chin, Y.K.Y. / Undheim, E.A.B. / Vetter, I. / Mobli, M.

履歴

登録	2022年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fd4.cif.gz	239.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fd4.ent.gz	200.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fd4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/8fd4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/8fd4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 31062Solution structure of mu-theraphotoxin Cg4a from Chinese tarantula Chilobrachys jingzhao

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Jingzhaotoxin F7-10.36

3.94 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	target function
代表モデル	モデル #1	target function

#1: タンパク質・ペプチド	Jingzhaotoxin F7-10.36 / Peptide F7-10.36 / Mu-theraphotoxin Cg4a 分子量: 3942.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chilobrachys guangxiensis (クモ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CH54
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	3	1	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	4	1	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY aromatic
1	5	1	isotropic	1	3D 1H-15N NOESY
1	7	1	isotropic	1	3D HN(CA)CB
1	9	1	isotropic	1	3D CBCA(CO)NH
1	8	1	isotropic	1	3D H(CCO)NH
1	6	1	isotropic	1	3D C(CO)NH
1	10	1	isotropic	1	3D HNCO
1	11	1	isotropic	1	3D HBHA(CO)NH

-
試料調製

詳細

タイプ: solution
内容: 340 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Mu-theraphotoxin Cg4a, 20 mM sodium acetate, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O/5% D2O
Label: CN-Cg4a / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
340 uM	Mu-theraphotoxin Cg4a	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1
20 mM	sodium acetate	natural abundance	1
5 %	D2O	[U-2H]	1

試料状態

イオン強度: 20 mM / Label: condition1 / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE NEO / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE NEO / 磁場強度: 900 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
CcpNmr Analysis	CCPN	chemical shift assignment
CcpNmr Analysis	CCPN	peak picking
TopSpin	Bruker Biospin	collection
TALOS-N	Protein backbone and sidechain torsion angles predicted from NMR chemical shifts using artificial neural networks Y. Shen and A. Bax J Biomol NMR 2013 Vol. 56 Issue 3 Pages 227-41	geometry optimization
TopSpin	Bruker Biospin	解析
Rowland NMR Toolkit (RNMRTK)	http://rnmrtk.uchc.edu/rnmrtk/RNMRTK. html	解析

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2

代表構造

選択基準: target function

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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