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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fd4 | ||||||
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タイトル | Solution structure of mu-theraphotoxin Cg4a from Chinese tarantula Chilobrachys jingzhao | ||||||
要素 | Jingzhaotoxin F7-10.36 | ||||||
キーワード | TOXIN (毒素) / peptide (ペプチド) / spider toxin / voltage-gated sodium channel modulator | ||||||
機能・相同性 | Huwentoxin-1 family / Ion channel inhibitory toxin / ion channel inhibitor activity / toxin activity / extracellular region / Jingzhaotoxin F7-10.36 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Chilobrachys guangxiensis (クモ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Sharma, G. / Jia, X. / Chin, Y.K.Y. / Mobli, M. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Solution structure of mu-theraphotoxin Cg4a from Chinese tarantula Chilobrachys jingzhao 著者: Sharma, G. / Deuis, J. / Rahnama, S. / Jia, X. / Chin, Y.K.Y. / Undheim, E.A.B. / Vetter, I. / Mobli, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fd4.cif.gz | 239.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fd4.ent.gz | 200.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fd4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/8fd4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/8fd4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3942.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chilobrachys guangxiensis (クモ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CH54 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 340 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Mu-theraphotoxin Cg4a, 20 mM sodium acetate, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O/5% D2O Label: CN-Cg4a / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O | ||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 20 mM / Label: condition1 / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE NEO / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE NEO / 磁場強度: 900 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: target function | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |