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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fce | ||||||
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タイトル | HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with 7-membered bicyclic core NNRTI | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / HIV-1 / reverse transcriptase / inhibitor / antiviral | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / viral life cycle / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / Assembly Of The HIV Virion / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / Budding and maturation of HIV virion / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / protein processing / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / peptidase activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å | ||||||
データ登録者 | Lansdon, E.B. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Design and Synthesis of Novel HIV-1 NNRTIs with Bicyclic Cores and with Improved Physicochemical Properties. 著者: Prener, L. / Baszczynski, O. / Kaiser, M.M. / Dracinsky, M. / Stepan, G. / Lee, Y.J. / Brumshtein, B. / Yu, H. / Jansa, P. / Lansdon, E.B. / Janeba, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fce.cif.gz | 207.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fce.ent.gz | 162.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fce.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8fce_validation.pdf.gz | 730.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8fce_full_validation.pdf.gz | 752.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8fce_validation.xml.gz | 36 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8fce_validation.cif.gz | 49 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/8fce ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/8fce | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8fccC 8fcdC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64562.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P04585, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H |
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#2: タンパク質 | 分子量: 51399.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04585 |
#3: 化合物 | ChemComp-XRL / |
#4: 化合物 | ChemComp-TLA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.54 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.9 K/Na tartrate 100mM MES pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 170 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.77→47.3 Å / Num. obs: 36293 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 69.06 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.77→2.89 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4371 / CC1/2: 0.761 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.77→47.11 Å / SU ML: 0.3846 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.9718 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 67.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.77→47.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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