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- PDB-8fby: Crystal structure of PLVAP CC1 determined by sulfur SAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fby
タイトルCrystal structure of PLVAP CC1 determined by sulfur SAD
要素Plasmalemma vesicle-associated protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Endothelial cell-specific membrane protein / endothelial fenestrae / microvascular permeability
機能・相同性Plasmalemma vesicle-associated protein / PV-1 protein (PLVAP) / positive regulation of cellular extravasation / developmental process / regulation of vascular permeability / caveola / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / Plasmalemma vesicle-associated protein
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chang, T.H. / Hsieh, F.L. / Gabelli, S.B. / Nathans, J.
資金援助 米国, フランス, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI) 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
Human Frontier Science Program (HFSP) フランス
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Structural insights into plasmalemma vesicle-associated protein (PLVAP): Implications for vascular endothelial diaphragms and fenestrae.
著者: Chang, T.H. / Hsieh, F.L. / Gu, X. / Smallwood, P.M. / Kavran, J.M. / Gabelli, S.B. / Nathans, J.
履歴
登録2022年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasmalemma vesicle-associated protein
B: Plasmalemma vesicle-associated protein
C: Plasmalemma vesicle-associated protein
D: Plasmalemma vesicle-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1734
ポリマ－43,1734
非ポリマー00
水3,261181
1
A: Plasmalemma vesicle-associated protein
B: Plasmalemma vesicle-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5872
ポリマ－21,5872
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area13780 Å2
手法PISA
2
C: Plasmalemma vesicle-associated protein
D: Plasmalemma vesicle-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5872
ポリマ－21,5872
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area13570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.587, 86.232, 181.647
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Plasmalemma vesicle-associated protein / MECA-32 antigen / Plasmalemma vesicle protein 1 / PV-1


分子量: 10793.318 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Plvap, Pv1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91VC4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium malonate, pH 5.0 and 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 1.7712 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7712 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→90.83 Å / Num. obs: 22760 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 60.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 29.6 / Num. measured all: 1374893
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 37.8 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Num. measured all: 59112 / Num. unique obs: 1564 / CC1/2: 0.991 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.35 / Χ2: 0.66 / Net I/σ(I) obs: 10.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
Aimlessデータスケーリング
xia2データ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→90.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / SU R Cruickshank DPI: 0.285 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.311 / SU Rfree Blow DPI: 0.235 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.228
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 1122 4.94 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.225 22700 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--18.3693 Å20 Å20 Å2
2---6.3006 Å20 Å2
3---24.6699 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→90.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2843 0 0 183 3026
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092858HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.173805HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1169SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes493HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2858HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.61
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.15
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion368SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3271SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.52 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2995 129 4.51 %
Rwork0.2472 2730 -
all0.2497 2859 -
obs--97.15 %
精密化 TLS

L11: 0 °2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.3537-0.93011.00153.43969.96510.08360.0854-0.0717-0.0314-0.21660.03460.0541-0.85210.133-0.0031-0.0411-0.00810.0087-0.0454-0.027819.151348.899279.878
2-0.3939-1.62310.70952.982511.8129-0.02480.0378-0.08510.043-0.02510.04640.3784-0.29060.04990.0308-0.02870.002-0.0517-0.0309-0.060122.098745.843480.9363
30.3957-1.20220.963-3.956112.98740.0425-0.037-0.0787-0.04690.00730.0760.32390.2227-0.04980.01290.03270.0168-0.09920.0312-0.044730.153545.733798.103
40.085-0.32542.1233-5.187911.1808-0.0706-0.0941-0.08930.0279-0.2305-0.09970.01250.52710.30110.01630.05270.0191-0.00380.07110.000233.026146.9224102.866
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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