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- PDB-8fbw: Crystal structure of SIV-1 V2 antibody NCI05 in complex with a V2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fbw
タイトルCrystal structure of SIV-1 V2 antibody NCI05 in complex with a V2 peptide
要素
  • Heavy chain of anti-SIV V2 antibody NCI05
  • Light chain of anti-SIV V2 antibody NCI05
  • SIV V2 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / SIV / antibody / NCI05 / V2 / variable loop 2 / SIVmac251 / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / CITRIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Zhou, T. / Kwong, P.D. / Van Wazer, D.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: J.Virol. / : 2023
タイトル: Effect of Passive Administration of Monoclonal Antibodies Recognizing Simian Immunodeficiency Virus (SIV) V2 in CH59-Like Coil/Helical or beta-Sheet Conformations on Time of SIV mac251 Acquisition.
著者: Stamos, J.D. / Rahman, M.A. / Gorini, G. / Silva de Castro, I. / Becerra-Flores, M. / Van Wazer, D.J. / N'Guessan, K.F. / Clark, N.M. / Bissa, M. / Gutowska, A. / Mason, R.D. / Kim, J. / Rao, ...著者: Stamos, J.D. / Rahman, M.A. / Gorini, G. / Silva de Castro, I. / Becerra-Flores, M. / Van Wazer, D.J. / N'Guessan, K.F. / Clark, N.M. / Bissa, M. / Gutowska, A. / Mason, R.D. / Kim, J. / Rao, M. / Roederer, M. / Paquin-Proulx, D. / Evans, D.T. / Cicala, C. / Arthos, J. / Kwong, P.D. / Zhou, T. / Cardozo, T. / Franchini, G.
履歴
登録2022年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _audit_author.name
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Heavy chain of anti-SIV V2 antibody NCI05
D: Light chain of anti-SIV V2 antibody NCI05
E: SIV V2 peptide
A: Heavy chain of anti-SIV V2 antibody NCI05
B: Light chain of anti-SIV V2 antibody NCI05
F: SIV V2 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,91512
ポリマ-99,2706
非ポリマー1,6456
4,756264
1
C: Heavy chain of anti-SIV V2 antibody NCI05
D: Light chain of anti-SIV V2 antibody NCI05
E: SIV V2 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7617
ポリマ-49,6353
非ポリマー1,1264
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6240 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area21460 Å2
手法PISA
2
A: Heavy chain of anti-SIV V2 antibody NCI05
B: Light chain of anti-SIV V2 antibody NCI05
F: SIV V2 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1545
ポリマ-49,6353
非ポリマー5192
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5770 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area21460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.650, 130.650, 216.948
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 EF

#3: タンパク質・ペプチド SIV V2 peptide


分子量: 2179.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)

-
抗体 , 2種, 4分子 CADB

#1: 抗体 Heavy chain of anti-SIV V2 antibody NCI05


分子量: 24758.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Light chain of anti-SIV V2 antibody NCI05


分子量: 22696.920 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
, 2種, 2分子

#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 268分子

#6: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C6H8O7
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : PO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.2 M sodium chloride, 28.5% PEG8000, 0.1 M phosphate/citrate, pH 4.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 46240 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Χ2: 0.035 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.35-2.3922.91.0622750.3261100
2.39-2.43120.89343290.3321100
2.43-2.4811.90.75842610.3421100
2.48-2.5311.80.68343400.3381100
2.53-2.5911.70.61542850.3451100
2.59-2.6511.50.54143180.3561100
2.65-2.71110.44543100.3871100
2.71-2.7910.20.35243280.4091100
2.79-2.8712.10.30942910.4241100
2.87-2.9612.30.26243230.4621100
2.96-3.0712.30.21442860.5031100
3.07-3.1912.20.18643460.5461100
3.19-3.3312.10.14743060.6061100
3.33-3.5111.90.11943050.7041100
3.51-3.7311.60.10243280.8021100
3.73-4.0210.60.08943000.8891100
4.02-4.42120.07143090.9551100
4.42-5.0612.60.06243170.9431100
5.06-6.3712.20.05743170.7471100
6.37-1011.50.04443440.7561100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487-000精密化
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→48.91 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2462 2000 4.39 %
Rwork0.1941 --
obs0.1963 45518 98.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→48.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6948 0 107 264 7319
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.554
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.4391046
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431105
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041246
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.410.30431360.23422962X-RAY DIFFRACTION95
2.41-2.470.27071360.23282976X-RAY DIFFRACTION97
2.47-2.550.30081390.23072995X-RAY DIFFRACTION97
2.55-2.630.38631390.25293033X-RAY DIFFRACTION98
2.63-2.720.26261400.22653043X-RAY DIFFRACTION98
2.72-2.830.28871400.20783058X-RAY DIFFRACTION99
2.83-2.960.2871410.2133070X-RAY DIFFRACTION99
2.96-3.120.24991430.22043100X-RAY DIFFRACTION99
3.12-3.310.32141430.223114X-RAY DIFFRACTION100
3.31-3.570.24341450.19453153X-RAY DIFFRACTION100
3.57-3.930.24081450.18453160X-RAY DIFFRACTION100
3.93-4.50.19331470.15893189X-RAY DIFFRACTION100
4.5-5.660.18111490.16233249X-RAY DIFFRACTION100
5.66-48.910.25771570.19513416X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2068-0.3129-0.04870.42450.23130.4434-0.0147-0.00130.0414-0.0053-0.02590.08020.1150.2017-00.22610.0338-0.0240.3916-0.03330.264349.8872-64.1499-15.5868
20.10270.04190.15630.10780.06780.3021-0.02730.06750.1834-0.0416-0.0233-0.0071-0.08310.114700.2371-0.0554-0.01150.3212-0.03110.334642.5295-39.19859.6972
30.0179-0.02890.05890.1103-0.16330.25340.0577-0.1768-0.0389-0.047-0.17530.17740.07920.0231-0.04940.205-0.0694-0.01640.3031-0.07030.33638.832-43.639316.7057
40.01940.01860.01630.02080.00880.0028-0.06450.11910.1381-0.2170.1083-0.0202-0.4090.1496-00.6372-0.00230.00640.44910.0710.519845.5144-40.3986-27.946
50.05240.01820.01180.3134-0.15060.24430.05190.14020.073-0.3888-0.01010.1513-0.26980.11970.00010.41330.0241-0.03390.41160.070.327842.8772-50.2406-28.0582
60.0212-0.01450.0269-0.0003-0.00220.0145-0.11720.0169-0.0358-0.00030.2041-0.0602-0.1498-0.0776-0.00010.48560.0528-0.04440.43160.05880.38539.2315-33.1472-16.3055
70.267-0.2259-0.15550.26940.13660.12620.04390.04170.0281-0.0085-0.00790.0131-0.3436-0.034700.4006-0.07030.00210.32160.0030.278848.6697-28.5125.9585
80.0273-0.0325-0.00130.03770.00530.0039-0.0081-0.00840.1114-0.1317-0.05070.064-0.0594-0.040400.75840.03750.00430.3573-0.02340.28544.5535-20.796510.6501
90.0045-0.00010.0096-0.0004-0.00070.00020.12010.07240.0184-0.22720.35360.032-0.08550.199-0.00010.49530.104-0.02190.6426-0.04440.338457.245-70.8887-27.6439
100.0045-0.0003-0.00430.0027-0.0030.00380.04770.0077-0.04870.0505-0.00650.0085-0.01170.031100.7320.1549-0.25970.6183-0.07790.539252.6974-83.0468-28.2697
110.0541-0.09860.01460.2322-0.35891.0991-0.2028-0.44590.7295-0.06280.0787-0.045-0.2765-0.59160.02710.3780.09-0.00830.6163-0.1980.928912.2682-29.238510.2264
120.09380.0648-0.17550.30160.12320.7501-0.0076-0.1140.6999-0.0643-0.0455-0.23480.0309-0.5747-0.0750.18380.0364-0.02440.5858-0.00860.904314.1807-31.19945.1427
130.3075-0.1692-0.26430.43-0.19720.66660.0947-0.2113-0.2329-0.2633-0.1631-0.02470.5612-0.17190.03990.4218-0.20240.05940.46010.03450.354728.4948-69.8231.2579
140.0535-0.05260.02540.3239-0.05360.41840.0557-0.07060.14440.1445-0.0824-0.12690.2498-0.29040.0090.2639-0.11490.01740.529-0.04910.339927.6956-60.02086.8684
150.03080.02430.02320.01150.00450.0133-0.23220.00250.1648-0.0658-0.2533-0.0196-0.2046-0.1234-00.49120.0633-0.06290.9959-0.01470.89197.5156-36.1766-17.3805
160.06060.0253-0.03710.0235-0.04180.1537-0.16220.12490.1818-0.3155-0.02780.2769-0.4220.0301-0.08310.60610.2496-0.14320.59460.12510.929713.8328-26.6082-11.4714
170.1016-0.0405-0.090.1553-0.08360.1634-0.1120.09830.4902-0.1643-0.20020.4154-0.1999-0.2635-0.04670.49890.2417-0.10150.87260.05741.079.8396-29.9589-12.5457
180.03780.0107-0.05130.1249-0.08410.1298-0.0498-0.0590.2078-0.0434-0.15160.05640.2252-0.07780.00320.2592-0.01110.05110.76820.0970.547216.8268-48.2211-17.2075
190.379-0.48920.06170.5829-0.0988-0.00630.1417-0.02160.0951-0.0803-0.2289-0.18270.3642-0.26310.03390.3901-0.2334-0.04160.59270.03040.286718.2076-67.8669-1.4715
200.3216-0.00640.13970.01430.03220.17590.2021-0.42760.14090.1827-0.0015-0.12650.3101-0.55110.45190.0109-0.6781-0.2470.5968-0.03260.281814.5076-65.9868-2.2209
210.3385-0.1445-0.11090.1784-0.06320.11910.18840.0767-0.03210.1908-0.14530.00150.3871-0.25850.1110.635-0.2423-0.14330.444-0.01770.432516.7612-73.8599-7.9979
220.0004-0.00270.00350.0035-0.00360.00110.03830.0091-0.02720.1003-0.1265-0.0373-0.0699-0.0022-01.09790.21470.05890.84-0.20311.6422.6957-14.97527.2654
230.0014-0.0011-0.00020.0003-0.00020.00060.01850.00940.00210.00010.06130.00160.0071-0.025201.57710.12760.11741.6530.04941.30118.3135-5.734111.7806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 1 through 127 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 128 through 204 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 205 through 231 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 1 through 23 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 24 through 101 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 102 through 117 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 118 through 201 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 202 through 216 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 175 through 184 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 185 through 190 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 1 through 90 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 91 through 140 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 141 through 161 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 162 through 231 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 1 through 23 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 24 through 62 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 63 through 101 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 102 through 117 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 118 through 154 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 155 through 191 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 192 through 214 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 175 through 184 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 185 through 189 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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