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- PDB-8fbq: Crystal structure of Plasmodium vivax glycylpeptide N-tetradecano... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fbq
タイトルCrystal structure of Plasmodium vivax glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase (N-myristoyltransferase, NMT) bound to myristoyl-CoA and inhibitor 12b
要素Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / Enzyme / Inhibitor / Complex / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / TETRADECANOYL-COA / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-XOQ / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Fenwick, M.K. / Staker, B.L. / Lovell, S.W. / Phan, I.Q. / Early, J. / Myler, P.J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI155536 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Identification of potent and selective N-myristoyltransferase inhibitors of Plasmodium vivax liver stage hypnozoites and schizonts.
著者: Rodriguez-Hernandez, D. / Vijayan, K. / Zigweid, R. / Fenwick, M.K. / Sankaran, B. / Roobsoong, W. / Sattabongkot, J. / Glennon, E.K.K. / Myler, P.J. / Sunnerhagen, P. / Staker, B.L. / Kaushansky, A. / Grotli, M.
履歴
登録2022年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,45522
ポリマ－45,1011
非ポリマー3,35421
水7,837435
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.930, 91.930, 101.286
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-955-

HOH

21A-998-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase


分子量: 45100.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
株: Salvador I / 遺伝子: PVX_085815 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5K1A2

-
非ポリマー , 11種, 456分子

#2: 化合物 ChemComp-MYA / TETRADECANOYL-COA / MYRISTOYL-COA / ミリストイルCoA


分子量: 977.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H62N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-XOQ / 1-[(3M)-3-{3-[2-(1,3,5-trimethyl-1H-pyrazol-4-yl)ethoxy]pyridin-2-yl}phenyl]piperazine


分子量: 391.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H29N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.15 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: JCSG+ condition A1: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 50% PEG 400, pH 4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2022年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 52868 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.12 / Χ2: 0.737 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 751443
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
1.65-1.6813.40.88925770.9030.2460.9240.418
1.68-1.71140.82626280.9140.2250.8570.432
1.71-1.7414.20.68325660.9420.1860.7080.443
1.74-1.7814.20.60126250.9450.1640.6230.46
1.78-1.8214.30.52925870.9660.1440.5480.484
1.82-1.8614.30.43426020.9710.1180.450.499
1.86-1.914.30.37126050.9760.1010.3840.534
1.9-1.9614.30.30826300.9850.0840.3190.562
1.96-2.0114.40.24426010.9890.0660.2530.585
2.01-2.0814.40.20826270.9930.0560.2160.624
2.08-2.1514.50.17826100.9940.0480.1850.703
2.15-2.2414.50.15926320.9950.0430.1650.742
2.24-2.3414.50.14526330.9960.0390.1510.84
2.34-2.4614.50.13426320.9960.0360.1390.918
2.46-2.6214.40.12626580.9960.0340.1311.042
2.62-2.8214.40.11126470.9970.030.1161.219
2.82-3.1114.20.08926860.9980.0250.0931.292
3.11-3.55140.06526790.9990.0180.0671.188
3.55-4.4813.80.04127400.9990.0110.0430.932
4.48-5013.60.03229030.9990.0090.0330.746

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.19.1-4122-000精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NXG

6nxg


解像度: 1.65→45.97 Å / SU ML: 0.144 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 13.9011
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1648 2749 5.21 %
Rwork0.1361 50038 -
obs0.1375 52787 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→45.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3176 0 209 435 3820
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01033763
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08515118
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0603535
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0096635
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.39281421
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.680.23121160.21532430X-RAY DIFFRACTION98.95
1.68-1.710.22811540.18742468X-RAY DIFFRACTION100
1.71-1.740.21461350.1662443X-RAY DIFFRACTION99.96
1.74-1.780.20031420.14882471X-RAY DIFFRACTION99.96
1.78-1.820.17991430.14952440X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.860.18441570.14392446X-RAY DIFFRACTION99.92
1.86-1.90.16991410.14182472X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.960.14591230.14162501X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.010.17121450.12322462X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.080.161360.1222486X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.150.15571660.11372442X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.240.16171170.11212519X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.340.12321200.1132500X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.460.16031370.11682507X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.620.16531350.12042521X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.820.17911320.12482509X-RAY DIFFRACTION100
2.82-3.10.1521310.1282552X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.550.13951340.13152544X-RAY DIFFRACTION100
3.55-4.470.14391370.12342600X-RAY DIFFRACTION100
4.48-45.970.18771480.1792725X-RAY DIFFRACTION99.79
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7944045184630.135230435009-0.2182786805950.3648625624040.00826661641360.668097074525-0.0271847861556-0.01407376799610.0466348204152-0.01678982726880.01953245548090.0044085453066-0.04254774486880.02578571398990.007245921591570.0823452120331-0.000388774507641-0.008068147382470.0557977430272-0.008416518726880.064562555020424.7774195668-11.1788564232-7.9606892817
22.798344442561.21021269440.1774629709131.062666386520.1932186980410.944495131362-0.04960622528460.117103980974-0.0968897226483-0.03836079598310.0374803426578-0.03079277315020.029347094416-0.02488613570690.01551694778340.07939174948110.008404917223440.004902931495060.0461830102806-0.008740786931810.069259253073521.6486909649-18.3685706946-13.7578560696
31.173336367820.08519760031080.4136268655050.3459828275920.02835266961851.217782006290.0388347347033-0.12595845093-0.09785856493470.0713474660366-0.02191109271590.06523042191390.15167061183-0.163861115419-0.0100532108570.132863350118-0.01556551905430.02663392874270.09728908902760.003691527243130.1085182358510.1660200217-24.17796805133.35638920513
41.890862025270.18726672882-0.213412349992.525182656-0.4656434616383.05668162118-0.0215516631197-0.3541478747050.03817542778490.3662650329310.01207613095330.0814312594122-0.0638235215832-0.158880694249-0.009108837053660.0808493270122-0.003031273870250.0290131722760.138822943108-0.01690534115210.09905878125929.03827609295-17.28381477548.56170183959
53.19186628907-1.56541041422.42870894723.46982113596-2.442040575015.19587197554-0.1205413146570.0843293607367-0.05685664761110.130435914294-0.01421071922810.00674088481151-0.000463105072587-0.02949993740030.1028543329430.0619750410301-0.02103463900480.07180463571590.0899597902946-0.02884436648080.064298095967610.5948350472-23.61103365760.734055681565
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 174 through 359 )174 - 359149 - 334
22chain 'A' and (resid 360 through 410 )360 - 410335 - 385
33chain 'A' and (resid 26 through 116 )26 - 1161 - 91
44chain 'A' and (resid 117 through 150 )117 - 15092 - 125
55chain 'A' and (resid 151 through 173 )151 - 173126 - 148

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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