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Yorodumi- PDB-8fbd: Crystal structure of OrfX1-OrfX3 complex from Clostridium botulinum E1 -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8fbd | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of OrfX1-OrfX3 complex from Clostridium botulinum E1 | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Botulinum neurotoxin | ||||||
| Function / homology | Clostridium P47 protein / Clostridium P-47-like / membrane / ACETATE ION / Neurotoxin complex component Orf-X3 / Neurotoxin complex component Orf-X1 Function and homology information | ||||||
| Biological species | Clostridium botulinum E1 (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Liu, S. / Gao, L. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Febs Lett. / Year: 2023Title: Crystal structures of OrfX1, OrfX2 and the OrfX1-OrfX3 complex from the orfX gene cluster of botulinum neurotoxin E1. Authors: Gao, L. / Lam, K.H. / Liu, S. / Przykopanski, A. / Lubke, J. / Qi, R. / Kruger, M. / Nowakowska, M.B. / Selby, K. / Douillard, F.P. / Dorner, M.B. / Perry, K. / Lindstrom, M. / Dorner, B.G. ...Authors: Gao, L. / Lam, K.H. / Liu, S. / Przykopanski, A. / Lubke, J. / Qi, R. / Kruger, M. / Nowakowska, M.B. / Selby, K. / Douillard, F.P. / Dorner, M.B. / Perry, K. / Lindstrom, M. / Dorner, B.G. / Rummel, A. / Jin, R. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8fbd.cif.gz | 539.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8fbd.ent.gz | Display | PDB format | |
| PDBx/mmJSON format | 8fbd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8fbd_validation.pdf.gz | 883.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8fbd_full_validation.pdf.gz | 899.6 KB | Display | |
| Data in XML | 8fbd_validation.xml.gz | 50 KB | Display | |
| Data in CIF | 8fbd_validation.cif.gz | 72.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/8fbd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/8fbd | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8fbeC ![]() 8fbfC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 16791.527 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridium botulinum E1 (bacteria) / Strain: 'BoNT E Beluga' / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 54433.426 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: K244A, K245A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridium botulinum E1 (bacteria) / Strain: 'BoNT E Beluga' / Production host: ![]() #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.86 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 13 % Polyethylene glycol (PEG) 3550, 0.3 M ammonium citrate dibasic and 0.1 M sodium acetate pH 4.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 7, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.05→49.67 Å / Num. obs: 104662 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 4.7 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 11.1 |
| Reflection shell | Resolution: 2.05→2.09 Å / Num. unique obs: 4895 / CC1/2: 0.545 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05→49.667 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.9 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→49.667 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
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Controller
About Yorodumi



Clostridium botulinum E1 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation

PDBj

