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万見
- PDB-8fbc: Crystal structure of P450T2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fbc
タイトルCrystal structure of P450T2
要素Cytochrome P450
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / P450
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Pereira, J.H. / Huang, J. / Keasling, J. / Adams, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-05CH11231 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Complete integration of carbene-transfer chemistry into biosynthesis.
著者: Huang, J. / Quest, A. / Cruz-Morales, P. / Deng, K. / Pereira, J.H. / Van Cura, D. / Kakumanu, R. / Baidoo, E.E.K. / Dan, Q. / Chen, Y. / Petzold, C.J. / Northen, T.R. / Adams, P.D. / Clark, ...著者: Huang, J. / Quest, A. / Cruz-Morales, P. / Deng, K. / Pereira, J.H. / Van Cura, D. / Kakumanu, R. / Baidoo, E.E.K. / Dan, Q. / Chen, Y. / Petzold, C.J. / Northen, T.R. / Adams, P.D. / Clark, D.S. / Balskus, E.P. / Hartwig, J.F. / Mukhopadhyay, A. / Keasling, J.D.
履歴
登録2022年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450
B: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,8644
ポリマ－88,6312
非ポリマー1,2332
水18,6461035
1
A: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9322
ポリマ－44,3151
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9322
ポリマ－44,3151
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.931, 95.610, 100.433
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-779-

HOH

21B-506-

HOH

31B-948-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450


分子量: 44315.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 遺伝子: DCM06_12860 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3C0KFZ6
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1035 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium Sulfate 20 % PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→47.8 Å / Num. obs: 119252 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 17.53 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.53→1.58 Å / Num. unique obs: 10768 / CC1/2: 0.367

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.53→47.8 Å / SU ML: 0.1647 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.7646
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1908 1919 1.61 %
Rwork0.1641 117333 -
obs0.1646 119252 95.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→47.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6188 0 86 1035 7309
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00636432
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84938736
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048918
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.02041148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.6948882
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.53-1.570.31921260.2517547X-RAY DIFFRACTION86.41
1.57-1.610.25781250.21717726X-RAY DIFFRACTION89.25
1.61-1.660.23931220.20157806X-RAY DIFFRACTION89.85
1.66-1.710.22251390.18728010X-RAY DIFFRACTION91.78
1.71-1.770.20481320.18098192X-RAY DIFFRACTION94.07
1.77-1.840.25141300.17468297X-RAY DIFFRACTION95.36
1.84-1.930.2381380.19158345X-RAY DIFFRACTION95.49
1.93-2.030.19061410.16678476X-RAY DIFFRACTION96.89
2.03-2.160.21111380.15798670X-RAY DIFFRACTION99
2.16-2.320.17051470.15398635X-RAY DIFFRACTION98.01
2.32-2.560.17091370.14878736X-RAY DIFFRACTION99.36
2.56-2.930.15691430.15368811X-RAY DIFFRACTION99.64
2.93-3.690.18741480.15658907X-RAY DIFFRACTION99.83
3.69-47.80.1781530.15859175X-RAY DIFFRACTION99.58
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.22932919385-0.324753626028-0.1217504622651.944422957230.2351133148892.07396701420.004700877628980.0583603730619-0.153151150883-0.08902425034430.0150366077078-0.04936156779860.08744100624920.0451454051183-0.01212562904920.09715734700660.01047900678880.005500340601130.07639766706670.006776640230660.075603296681-1.00866319309-5.4329365549117.5252787725
22.12232377478-0.263958828363-0.3327918801031.957391018460.2979895570110.828689456923-0.08574407087740.1601898788160.0433285688669-0.2511310012540.03379247797590.0131102936307-0.09804847155140.1279335139230.04416110424040.177822328749-0.0475652634809-0.02242808639510.165934344540.01524984187930.0710357589212-4.4869550547421.340620468513.1184492818
33.457763351163.07059609098-0.6384759345578.28954186717-0.4756498662853.85560342554-0.0248290123761-0.005732654132920.0960948735341-0.244425114046-0.2116944376020.364811950396-0.22475363456-0.2091448732060.2176788266420.1831981781910.0200302809988-0.05634177871160.20075327381-0.02974450328310.112305497066-10.536965427320.45610013181.15628804209
40.794039004014-0.07296127289570.3117046467671.458667393390.04572324330960.543462402946-0.03594581056650.06191889498660.0871950437331-0.0514066654084-0.0345024289521-0.0339487437605-0.04374975478170.1302435224380.06785428065120.102355348235-0.02937020420750.001810176330570.1306078723580.01682832162610.0741880967122-4.3083111281612.411178823220.281301371
50.4951962079680.2763588273390.1101076423132.023712194920.1000990617040.353618462468-0.01756863316450.036253616782-0.0434195063855-0.236215226216-0.03882184890210.05982375255340.0122696638237-0.05759018317480.0555388335470.132562063755-0.002199072800920.03123675961670.164544510922-0.007675337002610.122195031759-39.6384019605-7.74345518415.0308646352
64.294560683951.914160222221.447005528465.223011063460.3324264884394.488282949480.2008213769970.3828060988010.697126360154-1.08430588717-0.259130993035-0.696560046175-0.4813464267250.4804834756870.02928759222880.5525882920050.05027191595830.305666417770.4267397912350.0641615466470.553112985593-30.3945462335-19.94209036432.25706936976
70.7248046145540.135850511037-0.02545342515841.67713821524-0.03634811804660.5960539563160.0104145959410.019479974293-0.114274509866-0.0960939785758-0.06234555230960.06852827851680.00863941742257-0.07114856432740.05568499906070.086802360506-0.00679562060910.0165730341780.129709553259-0.009058306226280.114802993923-38.4145755872-10.333788303620.3499235093
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 64 )AA3 - 641 - 62
22chain 'A' and (resid 65 through 144 )AA65 - 14463 - 142
33chain 'A' and (resid 145 through 200 )AA145 - 200143 - 198
44chain 'A' and (resid 201 through 395 )AA201 - 395199 - 393
55chain 'B' and (resid 5 through 144 )BC5 - 1441 - 140
66chain 'B' and (resid 145 through 200 )BC145 - 200141 - 196
77chain 'B' and (resid 201 through 395 )BC201 - 395197 - 391

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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