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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8faw | ||||||||||||
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タイトル | Structure of Hemagglutinin from Influenza A/Victoria/22/2020 in complex with LSTC | ||||||||||||
要素 | Hemagglutinin | ||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Influenza A hemagglutinin | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Hernandez Garcia, A. / Lei, R. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of Hemagglutinin from Influenza A/Victoria/22/2020 in complex with LSTC 著者: Hernandez Garcia, A. / Lei, R. / Nair, S.K. / Wu, N. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8faw.cif.gz | 120.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8faw.ent.gz | 89.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8faw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8faw_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8faw_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8faw_validation.xml.gz | 21.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8faw_validation.cif.gz | 30.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/8faw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/8faw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55413.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Victoria/22/2020 / 遺伝子: HA / Cell (発現宿主): sf9 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A6M4ZXR4 | ||||||||
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#2: 多糖 | #3: 多糖 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose | #4: 糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.25 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 50% PEG-200, 0.1M citrate pH 5.5, final pH 6.9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2022年4月25日 |
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.16→84.88 Å / Num. obs: 40001 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 21.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 26.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.16→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 1.099 / Num. unique obs: 4880 / CC1/2: 0.908 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.16→58.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 5.324 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.97 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.16→58.57 Å
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拘束条件 |
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