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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8faq | ||||||||||||
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タイトル | Structure of Hemagglutinin from Influenza A/Victoria/22/2020 | ||||||||||||
要素 | Hemagglutinin | ||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Influenza A hemagglutinin | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.035 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Hernandez Garcia, A. / Lei, R. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of Hemagglutinin from Influenza A/Victoria/22/2020 著者: Hernandez Garcia, A. / Lei, R. / Nair, S.K. / Wu, N. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8faq.cif.gz | 121 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8faq.ent.gz | 88 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8faq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8faq_validation.pdf.gz | 804.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8faq_full_validation.pdf.gz | 808.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8faq_validation.xml.gz | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8faq_validation.cif.gz | 28.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/8faq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/8faq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2yp4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55413.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Victoria/22/2020 / 遺伝子: HA / Cell (発現宿主): sf9 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A6M4ZXR4 | ||||
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
#3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.7 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 50% PEG-200, 0.1M citrate pH 5.5, final pH 6.9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12723 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月3日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.12723 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.035→79.252 Å / Num. obs: 48446 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 20.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 21.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.035→2.071 Å / Rmerge(I) obs: 1.642 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2360 / CC1/2: 0.865 / % possible all: 98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2YP4 解像度: 2.035→79.252 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.239 / WRfactor Rwork: 0.209 / SU B: 4.229 / SU ML: 0.112 / Average fsc free: 0.8914 / Average fsc work: 0.9087 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.142 / 詳細: Hydrogens have not been used
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.981 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.035→79.252 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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