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- PDB-8faq: Structure of Hemagglutinin from Influenza A/Victoria/22/2020 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8faq
タイトルStructure of Hemagglutinin from Influenza A/Victoria/22/2020
要素Hemagglutinin
キーワードVIRAL PROTEIN / Influenza A hemagglutinin
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.035 Å
データ登録者Hernandez Garcia, A. / Lei, R.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R00 AI139445 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)DP2 AT011966 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI167910 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Epistasis mediates the evolution of the receptor binding mode in recent human H3N2 hemagglutinin.
著者: Lei, R. / Liang, W. / Ouyang, W.O. / Hernandez Garcia, A. / Kikuchi, C. / Wang, S. / McBride, R. / Tan, T.J.C. / Sun, Y. / Chen, C. / Graham, C.S. / Rodriguez, L.A. / Shen, I.R. / Choi, D. / ...著者: Lei, R. / Liang, W. / Ouyang, W.O. / Hernandez Garcia, A. / Kikuchi, C. / Wang, S. / McBride, R. / Tan, T.J.C. / Sun, Y. / Chen, C. / Graham, C.S. / Rodriguez, L.A. / Shen, I.R. / Choi, D. / Bruzzone, R. / Paulson, J.C. / Nair, S.K. / Mok, C.K.P. / Wu, N.C.
履歴
登録2022年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7226
ポリマ－55,4131
非ポリマー1,3095
水2,504139
1
A: Hemagglutinin
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,16718
ポリマ－166,2403
非ポリマー3,92815
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area20240 Å2
ΔGint36 kcal/mol
Surface area56930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.705, 99.705, 395.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 55413.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Victoria/22/2020 / 遺伝子: HA / Cell (発現宿主): sf9 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A6M4ZXR4
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.7 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 50% PEG-200, 0.1M citrate pH 5.5, final pH 6.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12723 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月3日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.035→79.252 Å / Num. obs: 48446 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 20.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2.035→2.071 Å / Rmerge(I) obs: 1.642 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2360 / CC1/2: 0.865 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
autoPROCデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YP4

2yp4


解像度: 2.035→79.252 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.239 / WRfactor Rwork: 0.209 / SU B: 4.229 / SU ML: 0.112 / Average fsc free: 0.8914 / Average fsc work: 0.9087 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.142 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2291 2400 4.954 %
Rwork0.2028 46046 -
all0.204 --
obs-48446 98.556 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.981 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.005 Å2-0.003 Å2-0 Å2
2---0.005 Å2-0 Å2
3---0.016 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.035→79.252 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3941 0 0 139 4080
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0124033
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4731.6695471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9335486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.24722.818220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.35615682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2241526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2545
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023068
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.21675
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.22782
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2199
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1870.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.150.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9015.2471950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9357.8482434
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0725.672082
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.9688.3363037
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.2971.6485953
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.035-2.0880.3621910.3043310X-RAY DIFFRACTION97.9027
2.088-2.1450.3081870.2743252X-RAY DIFFRACTION98.3977
2.145-2.2080.2731720.2473173X-RAY DIFFRACTION98.2667
2.208-2.2760.2891540.2373113X-RAY DIFFRACTION98.552
2.276-2.350.271410.223010X-RAY DIFFRACTION98.6228
2.35-2.4330.2571570.2082937X-RAY DIFFRACTION98.6922
2.433-2.5240.2681280.2192812X-RAY DIFFRACTION98.8235
2.524-2.6270.2621470.2172730X-RAY DIFFRACTION98.934
2.627-2.7440.2451290.2132592X-RAY DIFFRACTION98.6227
2.744-2.8780.261190.212449X-RAY DIFFRACTION95.6781
2.878-3.0340.261230.2092378X-RAY DIFFRACTION99.1673
3.034-3.2180.2711330.2282272X-RAY DIFFRACTION99.3802
3.218-3.440.2711070.2172140X-RAY DIFFRACTION99.4688
3.44-3.7150.257930.2062025X-RAY DIFFRACTION99.6237
3.715-4.0690.1981200.1861809X-RAY DIFFRACTION99.587
4.069-4.5490.16900.1551702X-RAY DIFFRACTION99.5556
4.549-5.2520.212660.171454X-RAY DIFFRACTION96.5079
5.252-6.4290.211700.1971258X-RAY DIFFRACTION98.4433
6.429-9.0820.203500.1881028X-RAY DIFFRACTION99.9073
9.082-79.2520.141230.236602X-RAY DIFFRACTION98.1162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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