PDB-8fal: Masking thiol reactivity with thioamide-based MBPs- carbonic anhy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fal

タイトル

Masking thiol reactivity with thioamide-based MBPs- carbonic anhydrase II complexed with benzo[d]thiazole-2(3H)-thione

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / Human Carbonic anhydrases / matrix metalloproteinases / metal binding pharmacophore / fragment based drug discovery

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.37 Å

データ登録者

Kohlbrand, A.J. / Seo, H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2023
タイトル: Masking thiol reactivity with thioamide, thiourea, and thiocarbamate-based MBPs.
著者: Seo, H. / Kohlbrand, A.J. / Stokes, R.W. / Chung, J. / Cohen, S.M.

履歴

登録	2022年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fal.cif.gz	150.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fal.ent.gz	95.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fal.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fal_validation.pdf.gz	712.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fal_full_validation.pdf.gz	715.3 KB	表示
XML形式データ	8fal_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	8fal_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/8fal ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/8fal	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8fauC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.009, 41.143, 71.915
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.556, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase

-
非ポリマー , 5種, 311分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-XO9 / 1,3-benzothiazole-2(3H)-thione / 2-mercaptobenzothiazole, thione tautomer / 2-メルカプトベンゾチアゾ-ル分子量: 167.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₅NS₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MBO / MERCURIBENZOIC ACID / p-メルクリオ(I)安息香酸分子量: 321.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₅HgO₂
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2.6-3.0 M Ammonium sulfate in 50 mM Tris-Sulfate (pH 8)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2022年6月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.37→35.42 Å / Num. obs: 88780 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 11.18 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.37→1.42 Å / Num. unique obs: 2136 / CC_1/2: 0.335

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
APEX		データ削減
APEX		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.37→35.42 Å / SU ML: 0.1489 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.2672
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2224	3769	4.25 %
R_work	0.1897	85011	-
obs	0.1911	88780	90.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.37→35.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2042	0	25	307	2374

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0121	2139
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2366	2904
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0978	300
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0097	375
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.495	275

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.37-1.39	0.4497	11	0.3	291	X-RAY DIFFRACTION	8.53
1.39-1.41	0.3425	39	0.2703	978	X-RAY DIFFRACTION	27.88
1.41-1.43	0.2729	75	0.27	1672	X-RAY DIFFRACTION	48.95
1.43-1.45	0.2729	139	0.2606	2717	X-RAY DIFFRACTION	78.72
1.45-1.47	0.263	146	0.249	3403	X-RAY DIFFRACTION	96.78
1.47-1.49	0.2444	127	0.2389	3376	X-RAY DIFFRACTION	97.52
1.49-1.52	0.273	182	0.2365	3391	X-RAY DIFFRACTION	98.08
1.52-1.54	0.2587	126	0.2395	3428	X-RAY DIFFRACTION	99.05
1.54-1.57	0.2754	157	0.2271	3443	X-RAY DIFFRACTION	99.39
1.57-1.6	0.2439	173	0.2207	3453	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.6-1.63	0.2398	142	0.2138	3498	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.63-1.67	0.2605	149	0.2164	3454	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.67-1.71	0.26	157	0.2155	3458	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.71-1.75	0.2074	153	0.2057	3445	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.75-1.8	0.2293	158	0.201	3539	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.8-1.85	0.204	143	0.1947	3383	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.85-1.91	0.2454	170	0.1887	3479	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.91-1.98	0.2132	143	0.1875	3458	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.98-2.06	0.2472	170	0.1818	3471	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.06-2.15	0.1977	136	0.1769	3437	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.15-2.26	0.2091	162	0.1752	3491	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.26-2.41	0.2197	145	0.1721	3479	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.41-2.59	0.2488	160	0.1853	3437	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.59-2.85	0.2049	153	0.188	3446	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.85-3.26	0.2008	150	0.1793	3499	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.26-4.11	0.1923	148	0.154	3437	X-RAY DIFFRACTION	99.47
4.11-35.42	0.2052	155	0.1807	3448	X-RAY DIFFRACTION	99.5

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.84171005722	-0.423720444379	-0.297533906264	0.849615511204	-0.313237255268	1.90566505964	-0.162378064437	0.251316168203	-0.336902680695	-0.175997345285	-0.19326033829	-0.404418323871	0.248350115967	0.188286996861	-0.0647379472122	0.0569794909668	0.00461422988322	0.122750855193	0.187526586754	0.00735901144734	0.35211805677	29.765612541	-4.45430925569	14.5148527352
2	2.5296817915	0.152813416861	-0.426173828889	1.43718456623	0.355481125529	1.09636733932	-0.144524312225	-0.242766592552	0.0668853547221	0.340712455233	0.161107666365	-0.194894880611	0.0492548644387	0.133645862844	0.0381182443867	0.0832505294831	0.043778679593	-0.0369074395815	0.135349412532	-0.0137829800522	0.0979815590162	17.9390849386	-3.70279986055	28.9802010959
3	0.667387426286	-0.760031495286	0.800006498228	1.65406605339	-0.432516085371	1.6687226816	-0.00568888217356	-0.224485162231	0.0257161155363	-0.185203917673	0.0792799554782	0.174687975489	-0.323205260286	-0.199079984848	-0.0796684919501	0.201988845908	0.00524938486555	-0.0141276484192	0.135383686333	0.00341693478084	0.0929676055366	5.80744607207	3.16494434967	14.0533432298
4	1.10294276855	-0.496497969964	-0.173866654232	2.72788468774	-0.0265816752039	1.3720388439	-0.0305718835737	-0.0586831615441	0.0248265251943	-0.104578737756	0.0590467028241	0.132591499124	-0.0690013176243	-0.0205125587949	-0.0296240961084	0.0310682921675	-0.011055558301	-0.0172046133032	0.0657888511596	-0.000483506329907	0.0435332356086	8.35750387809	-1.10775335778	17.108836197
5	1.10274729567	0.574594632667	0.240350198661	4.17445700242	1.24174101232	1.79689160911	-0.0061687015455	-0.0539228139578	0.0889437148455	-0.12390618333	0.00455146991698	0.110815038437	-0.14905925609	0.0772438417561	-0.00424721691876	0.0362307422037	-3.11386405158E-5	-0.00587664780154	0.0701785572245	-3.06545868545E-5	0.030047379991	9.39720213883	4.08309247143	17.9562476039
6	6.72141502852	2.24243071326	-3.79507252987	2.0322063657	-1.58970206113	3.32855796325	-0.091855369033	0.528672828896	-0.129543547894	-0.601925049423	0.0303137177452	0.138654254044	0.0113421627126	-0.344481515124	-0.0147827991313	0.342387794403	0.0244552991349	-0.113534662967	0.111251802225	-0.0257498852304	0.0579197355078	5.4492939484	-6.42172439654	0.184700215581
7	0.555453115058	-0.29070347449	0.0416177088906	1.35164084857	0.317689480602	0.937820946161	-0.0061749573649	-0.00794807195906	-0.00957293413669	-0.253012287488	0.0233003853565	0.125876470138	-0.0733058033878	-0.0278105576649	-0.0327102755757	0.0941455909121	0.00321404160321	-0.0242329591181	0.0694826170966	0.00923350033424	0.061032925255	7.87857523739	-1.63105104232	15.5431165829
8	4.60367391854	0.418644566116	-2.03379078565	1.26493730293	-1.24403311239	2.02719580087	-0.00273006730115	0.285643341582	-0.0804272700879	-0.554565191369	0.034280035103	-0.115474248358	-0.132333447287	0.0985454445455	-0.0155427690252	0.266533347906	-0.0383430285107	0.0493821747833	0.113256920183	-0.0342388696913	0.0844611209533	16.4713630596	-10.9829637699	0.869707527925
9	2.03830641091	-0.483930104483	-0.640243702857	1.97759853573	1.32549844005	2.45888944901	-0.0209751756629	-0.304574881575	0.00251204001887	0.118091149131	0.255724193936	-0.150303358692	-0.0380910856597	0.153435208425	-0.191339351703	0.070506493283	0.019105731627	0.000375212019177	0.0910980349746	0.0333790855673	0.0611919020438	15.6677014423	-6.65211702432	23.6125261945

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 4 through 19 )	4 - 19	1 - 16
2	2	chain 'A' and (resid 20 through 39 )	20 - 39	17 - 36
3	3	chain 'A' and (resid 40 through 70 )	40 - 70	37 - 67
4	4	chain 'A' and (resid 71 through 115 )	71 - 115	68 - 112
5	5	chain 'A' and (resid 116 through 154 )	116 - 154	113 - 150
6	6	chain 'A' and (resid 155 through 167 )	155 - 167	151 - 163
7	7	chain 'A' and (resid 168 through 219 )	168 - 219	164 - 215
8	8	chain 'A' and (resid 220 through 238 )	220 - 238	216 - 234
9	9	chain 'A' and (resid 239 through 261 )	239 - 261	235 - 257

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 311分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-非ポリマー , 5種, 311分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 311分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)