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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8faj | ||||||
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Title | OXA-48-NA-1-157 inhibitor complex | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE/INHIBITOR / beta-lactamase / carbapenemase / inhibitor / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Smith, C.A. / Stewart, N.K. / Toth, M. / Vakulenko, S.B. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The C5 alpha-Methyl-Substituted Carbapenem NA-1-157 Exhibits Potent Activity against Klebsiella spp. Isolates Producing OXA-48-Type Carbapenemases. Authors: Smith, C.A. / Stewart, N.K. / Toth, M. / Quan, P. / Buynak, J.D. / Vakulenko, S.B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 218.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 173.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.9 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 23.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 32.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 30396.721 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 283 molecules ![](data/chem/img/Y33.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CD.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CD.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 20 mM CaCl2, 20 mM CoCl2, 20 mM CdCl2, 20% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 21, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→37.32 Å / Num. obs: 54799 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 7.6 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 12.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.78 Å / Num. unique obs: 2894 / CC1/2: 0.747 / Rpim(I) all: 0.456 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→37.32 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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