PDB-8faa: Crystal structure of Xanthomonas campestris GH35 beta-galactosidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8faa

タイトル

Crystal structure of Xanthomonas campestris GH35 beta-galactosidase

要素

Beta-galactosidase

キーワード

HYDROLASE / beta-galactosidase / xanthomonas

機能・相同性

機能・相同性情報

vacuole / beta-galactosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Godoy, A.S. / Polikarpov, I.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Xanthomonas campestris GanA beta-galactosidase
著者: Godoy, A.S. / Polikarpov, I.

履歴

登録	2022年11月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8faa.cif.gz	2.9 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8faa.ent.gz	2.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8faa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8faa_validation.pdf.gz	564.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8faa_full_validation.pdf.gz	655.8 KB	表示
XML形式データ	8faa_validation.xml.gz	294.9 KB	表示
CIF形式データ	8faa_validation.cif.gz	412.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/8faa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/8faa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8fa4C 8fa5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-galactosidase

B: Beta-galactosidase

C: Beta-galactosidase

D: Beta-galactosidase

E: Beta-galactosidase

F: Beta-galactosidase

G: Beta-galactosidase

H: Beta-galactosidase

I: Beta-galactosidase

J: Beta-galactosidase

K: Beta-galactosidase

L: Beta-galactosidase

M: Beta-galactosidase

N: Beta-galactosidase

O: Beta-galactosidase

P: Beta-galactosidase

888 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

E: Beta-galactosidase

G: Beta-galactosidase

A: Beta-galactosidase

C: Beta-galactosidase

K: Beta-galactosidase

I: Beta-galactosidase

M: Beta-galactosidase

P: Beta-galactosidase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
444 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-galactosidase

D: Beta-galactosidase

F: Beta-galactosidase

H: Beta-galactosidase

J: Beta-galactosidase

N: Beta-galactosidase

O: Beta-galactosidase

L: Beta-galactosidase

登録者が定義した集合体
444 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.271, 162.991, 235.478
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.83, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-galactosidase 分子量: 55478.988 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア) 遺伝子: XCC2404 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8P844
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2896 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: calcium acetate 0.2M PEG3350 20%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→49.1 Å / Num. obs: 332061 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.56 Å / Num. unique obs: 15162 / CC_1/2: 0.53

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX	v1	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→49.1 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2508	16767	5.05 %
R_work	0.2111	-	-
obs	0.2131	332061	99.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	62736	0	0	2896	65632

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	64528
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.846	88160
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.317	8992
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	9264
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	11904

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.52	0.3759	519	0.3244	9262	X-RAY DIFFRACTION	88
2.52-2.55	0.3684	600	0.3164	10547	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.58	0.328	595	0.2856	10499	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.62	0.3185	604	0.2796	10516	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.65	0.3258	578	0.2818	10523	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.69	0.3237	526	0.2835	10359	X-RAY DIFFRACTION	98
2.69-2.73	0.3117	528	0.2737	10612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.77	0.3361	542	0.2723	10620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.81	0.3212	565	0.2748	10523	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.86	0.3264	595	0.2782	10496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.91	0.3132	581	0.2689	10538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-2.96	0.3119	518	0.268	10598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.02	0.3194	581	0.2646	10590	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.08	0.2812	594	0.2484	10539	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.14	0.2935	557	0.2461	10591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.22	0.2913	537	0.236	10618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.3	0.2729	568	0.2326	10432	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3-3.39	0.2728	576	0.2333	10534	X-RAY DIFFRACTION	100
3.39-3.49	0.254	551	0.2252	10354	X-RAY DIFFRACTION	98
3.49-3.6	0.239	569	0.2111	10558	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-3.73	0.2379	523	0.2056	10396	X-RAY DIFFRACTION	98
3.73-3.88	0.2431	597	0.1943	10559	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.05	0.2268	533	0.1833	10363	X-RAY DIFFRACTION	98
4.05-4.27	0.1896	547	0.1596	10598	X-RAY DIFFRACTION	100
4.27-4.53	0.1838	521	0.1556	10647	X-RAY DIFFRACTION	100
4.53-4.88	0.1921	552	0.1485	10602	X-RAY DIFFRACTION	100
4.88-5.37	0.175	532	0.1532	10688	X-RAY DIFFRACTION	100
5.37-6.15	0.2006	559	0.164	10668	X-RAY DIFFRACTION	100
6.15-7.74	0.2041	555	0.1729	10714	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 47.3601 Å / Origin y: -76.6771 Å / Origin z: 59.1644 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1058 Å²	-0.0012 Å²	0.0163 Å²	-	0.1017 Å²	-0.0194 Å²	-	-	0.1208 Å²
L	-0.0041 °²	0.0013 °²	0.0529 °²	-	-0.0291 °²	-0.0026 °²	-	-	0.0343 °²
S	-0.0243 Å °	-0.0168 Å °	0.005 Å °	0.0162 Å °	-0.0104 Å °	-0.004 Å °	-0.0114 Å °	0 Å °	-0.055 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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