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- PDB-8fa0: Crystal structure of clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fa0
タイトルCrystal structure of clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core in complex with NBD-14208, an HIV-1 gp120 antagonist
要素HIV-1 gp120 core
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV-1 / NBD-14208 / small molecules / CD4-gp120 binding inhibitor / antagonist
機能・相同性HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Mainly Beta / Chem-XKR / HIV-1 gp120 core
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Kwon, Y.D. / Kwong, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)W-31-109-Eng-38 米国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Antiviral Activity and Crystal Structures of HIV-1 gp120 Antagonists.
著者: Curreli, F. / Kwon, Y.D. / Nicolau, I. / Burgos, G. / Altieri, A. / Kurkin, A.V. / Verardi, R. / Kwong, P.D. / Debnath, A.K.
履歴
登録2022年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.type
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 gp120 core
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,05412
ポリマ－39,1601
非ポリマー2,89411
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint33 kcal/mol
Surface area17060 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)61.213, 66.970, 90.351
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HIV-1 gp120 core


分子量: 39160.367 Da / 分子数: 1 / 変異: V1/V2, V3 deletion, H375S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: clade A/E 93TH057 / 遺伝子: HIV-1 Env / プラスミド: pVRC8400 / Cell (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0M3KKW8
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-XKR / N-{(1S)-2-amino-1-[4,5-bis(hydroxymethyl)-1,3-thiazol-2-yl]ethyl}-5-(4-chloro-3,5-difluorophenyl)-1H-pyrrole-2-carboxamide / NBD-14208


分子量: 442.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H17ClF2N4O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 12-14% PEG3350, 5% isopropanol, 0.1M HEPES, 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 39369 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Χ2: 0.102 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.141.80.93913860.806166.4
2.14-2.181.90.84915590.864173.5
2.18-2.222.20.78117100.981181.8
2.22-2.262.50.80518010.854185.6
2.26-2.312.70.76718920.848190.9
2.31-2.373.10.79920190.881194.8
2.37-2.423.40.88820380.952198.5
2.42-2.493.80.87421020.956199.1
2.49-2.564.10.74521141.047199.5
2.56-2.654.30.70420611.219199.6
2.65-2.744.30.54221091.321199.6
2.74-2.854.40.45320631.515199.4
2.85-2.984.40.35520981.663199.4
2.98-3.144.30.27620891.683199
3.14-3.334.20.21120861.833199
3.33-3.5940.15920641.893199
3.59-3.953.70.11720781.765198.8
3.95-4.523.50.09220721.615198.5
4.52-5.73.30.08620551.458198.1
5.7-503.10.08119731.83193

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.09→36.35 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2977 1068 5 %
Rwork0.2427 --
obs0.2454 21346 94.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→36.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2639 0 185 49 2873
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8631063
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055456
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005489
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.09-2.180.36851000.34391880X-RAY DIFFRACTION71
2.18-2.30.38591260.31392408X-RAY DIFFRACTION91
2.3-2.440.34261390.3172609X-RAY DIFFRACTION98
2.44-2.630.39121360.30662636X-RAY DIFFRACTION99
2.63-2.90.37841410.27492654X-RAY DIFFRACTION99
2.9-3.320.2991400.25852670X-RAY DIFFRACTION99
3.32-4.180.28141410.23412676X-RAY DIFFRACTION99
4.18-36.350.2681450.21022745X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.84540.1151-0.73713.2893-0.30893.2674-0.1346-0.1205-0.162-0.4771-0.0987-0.14760.3447-0.18150.30840.47620.02320.0320.33610.01910.4156-15.3363-5.7357-17.9091
22.05560.2181-0.51852.2215-0.45241.9271-0.1907-0.226-0.0980.1325-0.0194-0.22260.2223-0.1050.16890.41990.0228-0.03010.40670.00370.3219-11.39983.453-14.3154
32.09780.1037-0.09813.1817-0.45862.58560.0362-0.15840.2841-0.0398-0.0857-0.1413-0.3211-0.16080.03310.37750.0642-0.09190.3126-0.02730.4686-14.597923.3615-17.5464
43.6740.6263-0.3256.7007-2.12833.1132-0.1558-0.69840.17410.4906-0.0598-0.4776-0.03720.1030.06770.48870.0452-0.01750.4645-0.05310.2934-14.72773.3155-7.9765
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resi 44:88
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resi 89:254
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resi 255:473
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resi 474:492

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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