ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.20.1_4487精密化 | HKL-2000 | | データスケーリング | HKL-2000 | | データ削減 | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.09→36.35 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2977 | 1068 | 5 % |
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Rwork | 0.2427 | - | - |
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obs | 0.2454 | 21346 | 94.21 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.09→36.35 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2639 | 0 | 185 | 49 | 2873 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.011 | | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.76 | | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d15.863 | 1063 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.055 | 456 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 489 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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2.09-2.18 | 0.3685 | 100 | 0.3439 | 1880 | X-RAY DIFFRACTION | 71 | 2.18-2.3 | 0.3859 | 126 | 0.3139 | 2408 | X-RAY DIFFRACTION | 91 | 2.3-2.44 | 0.3426 | 139 | 0.317 | 2609 | X-RAY DIFFRACTION | 98 | 2.44-2.63 | 0.3912 | 136 | 0.3066 | 2636 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 2.63-2.9 | 0.3784 | 141 | 0.2749 | 2654 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 2.9-3.32 | 0.299 | 140 | 0.2585 | 2670 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 3.32-4.18 | 0.2814 | 141 | 0.2341 | 2676 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 4.18-36.35 | 0.268 | 145 | 0.2102 | 2745 | X-RAY DIFFRACTION | 96 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 2.8454 | 0.1151 | -0.7371 | 3.2893 | -0.3089 | 3.2674 | -0.1346 | -0.1205 | -0.162 | -0.4771 | -0.0987 | -0.1476 | 0.3447 | -0.1815 | 0.3084 | 0.4762 | 0.0232 | 0.032 | 0.3361 | 0.0191 | 0.4156 | -15.3363 | -5.7357 | -17.9091 | 2 | 2.0556 | 0.2181 | -0.5185 | 2.2215 | -0.4524 | 1.9271 | -0.1907 | -0.226 | -0.098 | 0.1325 | -0.0194 | -0.2226 | 0.2223 | -0.105 | 0.1689 | 0.4199 | 0.0228 | -0.0301 | 0.4067 | 0.0037 | 0.3219 | -11.3998 | 3.453 | -14.3154 | 3 | 2.0978 | 0.1037 | -0.0981 | 3.1817 | -0.4586 | 2.5856 | 0.0362 | -0.1584 | 0.2841 | -0.0398 | -0.0857 | -0.1413 | -0.3211 | -0.1608 | 0.0331 | 0.3775 | 0.0642 | -0.0919 | 0.3126 | -0.0273 | 0.4686 | -14.5979 | 23.3615 | -17.5464 | 4 | 3.674 | 0.6263 | -0.325 | 6.7007 | -2.1283 | 3.1132 | -0.1558 | -0.6984 | 0.1741 | 0.4906 | -0.0598 | -0.4776 | -0.0372 | 0.103 | 0.0677 | 0.4887 | 0.0452 | -0.0175 | 0.4645 | -0.0531 | 0.2934 | -14.7277 | 3.3155 | -7.9765 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain A and resi 44:882 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain A and resi 89:2543 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain A and resi 255:4734 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | chain A and resi 474:492 | | | |
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