ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.20.1_4487精密化 | HKL-2000 | | データスケーリング | HKL-2000 | | データ削減 | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→36.44 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.39 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2164 | 1242 | 5.04 % |
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Rwork | 0.1826 | - | - |
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obs | 0.1843 | 24631 | 84.24 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→36.44 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2654 | 0 | 127 | 277 | 3058 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.008 | | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.767 | | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d10.368 | 403 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.053 | 447 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.006 | 487 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.94-2.02 | 0.1971 | 12 | 0.2101 | 215 | X-RAY DIFFRACTION | 7 | 2.02-2.11 | 0.2433 | 96 | 0.1894 | 1871 | X-RAY DIFFRACTION | 61 | 2.11-2.23 | 0.2269 | 148 | 0.1896 | 2815 | X-RAY DIFFRACTION | 93 | 2.23-2.36 | 0.2327 | 159 | 0.1807 | 2969 | X-RAY DIFFRACTION | 98 | 2.36-2.55 | 0.2546 | 164 | 0.1859 | 3070 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.55-2.8 | 0.2212 | 166 | 0.1788 | 3074 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.8-3.21 | 0.2235 | 163 | 0.1844 | 3086 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.21-4.04 | 0.1968 | 162 | 0.1683 | 3117 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 4.04-36.44 | 0.2004 | 172 | 0.1902 | 3172 | X-RAY DIFFRACTION | 97 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -15.0942 Å / Origin y: -11.0172 Å / Origin z: 14.9023 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.0454 Å2 | -0.0204 Å2 | 0.0437 Å2 | - | 0.0999 Å2 | 0.0166 Å2 | - | - | 0.0881 Å2 |
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L | 1.3493 °2 | -0.9262 °2 | 0.6637 °2 | - | 2.0308 °2 | -0.4449 °2 | - | - | 1.2137 °2 |
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S | -0.0345 Å ° | -0.0656 Å ° | -0.1986 Å ° | -0.0122 Å ° | 0.1049 Å ° | 0.2066 Å ° | 0.0091 Å ° | -0.1774 Å ° | -0.0159 Å ° |
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain A and resi 44 through 353 |
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