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万見
- PDB-8f9y: SAL1 from Arabidopsis thaliana -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f9y
タイトルSAL1 from Arabidopsis thaliana
要素SAL1 phosphatase
キーワードHYDROLASE / SAL1
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-1,4-bisphosphate 1-phosphatase / inositol-1,4-bisphosphate 1-phosphatase activity / 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase / 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase activity / sulfate assimilation / abscisic acid-activated signaling pathway / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
3(2),5 -bisphosphate nucleotidase HAL2 / : / Inositol monophosphatase, metal-binding site / Inositol monophosphatase family signature 1. / Inositol monophosphatase-like / Inositol monophosphatase family
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Frkic, R.L. / Kaczmarski, J.A. / Tan, L. / Jackson, C.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Sensing and signaling of oxidative stress in chloroplasts by inactivation of the SAL1 phosphoadenosine phosphatase.
著者: Chan, K.X. / Mabbitt, P.D. / Phua, S.Y. / Mueller, J.W. / Nisar, N. / Gigolashvili, T. / Stroeher, E. / Grassl, J. / Arlt, W. / Estavillo, G.M. / Jackson, C.J. / Pogson, B.J.
履歴
登録2022年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2023年1月18日ID: 5ESY
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAL1 phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7084
ポリマ－37,4941
非ポリマー2143
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.971, 142.971, 75.135
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 SAL1 phosphatase


分子量: 37494.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SAL1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q42546
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.46 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20 to 30 % PEG 2000 MME, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→39.72 Å / Num. obs: 14420 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 78.2 % / Biso Wilson estimate: 89.91 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.196 / Net I/σ(I): 29.5 / Num. measured all: 1128236 / Scaling rejects: 20
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.6-2.7281.39.917080.3651.68215.261100
9.01-39.7258.90.03241510.0040.03399

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→39.72 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2546 714 4.96 %
Rwork0.2082 13670 -
obs0.2104 14384 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 444.76 Å2 / Biso mean: 128.4161 Å2 / Biso min: 51.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→39.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2628 0 11 10 2649
Biso mean--146.69 117.99 -
残基数----352
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.6-2.80.3991400.363726572797
2.8-3.080.41291520.339826642816
3.08-3.530.33711380.275827022840
3.53-4.440.24191320.206827552887
4.44-39.720.21191520.167128923044
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5878-1.94830.88046.50291.02725.5794-0.00150.83160.1067-1.1326-0.34850.8319-0.4861-0.4840.3710.8230.022-0.12020.79310.07090.9708-46.6616-37.6189-6.1187
26.56770.6831.25464.9326-0.26213.5424-0.00940.73240.1367-0.82030.21830.3396-0.34590.2155-0.16440.78970.00230.00410.57380.10690.668-37.4661-42.3694-4.1682
33.56773.93311.10226.5259-1.79564.4761-0.2470.7512-0.0273-0.94180.4928-0.4616-0.45091.1310.02861.3073-0.26460.20541.1304-0.20741.0632-21.8124-46.3477-11.3152
45.18096.2854-0.72217.904-0.86070.101-0.14730.8906-0.2002-1.5270.2344-1.6237-0.42550.00930.01392.1481-0.40320.3841.6764-0.18121.4038-14.6732-38.4592-18.555
58.0415-0.3613-0.07965.124-0.66233.0174-0.03530.91951.0639-0.6530.2711-0.5003-1.17680.8442-0.19221.0764-0.3260.2471.0495-0.07010.965-18.6768-33.8392-6.2008
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 96 )A1 - 96
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 97 through 204 )A97 - 204
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 205 through 237 )A205 - 237
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 238 through 259 )A238 - 259
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 260 through 352 )A260 - 352

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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