PDB-8f9x: Cyclase-PTE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f9x

タイトル

Cyclase-PTE

要素

Cyclase family protein

キーワード

HYDROLASE / cyclase / phosphotriesterase / organophosphates / OP-hydrolase / Zn-dependent enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

arylformamidase activity / tryptophan catabolic process to kynurenine
類似検索 - 分子機能

生物種

Ruegeria pomeroyi DSS-3 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Ji, D. / Frkic, R.L. / Jackson, C.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cyclase-PTE
著者: Ji, D. / Frkic, R.L. / Jackson, C.J.

履歴

登録	2022年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb8f9x.ent.gz	731.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	8f9x_validation.pdf.gz	571.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8f9x_full_validation.pdf.gz	605.8 KB	表示
XML形式データ	8f9x_validation.xml.gz	83.6 KB	表示
CIF形式データ	8f9x_validation.cif.gz	107.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/8f9x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/8f9x	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cyclase family protein

B: Cyclase family protein

C: Cyclase family protein

D: Cyclase family protein

E: Cyclase family protein

F: Cyclase family protein

G: Cyclase family protein

H: Cyclase family protein

I: Cyclase family protein

J: Cyclase family protein

ヘテロ分子

250 kDa, 10 ポリマー
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1

A: Cyclase family protein

B: Cyclase family protein

ヘテロ分子

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2

C: Cyclase family protein

D: Cyclase family protein

ヘテロ分子

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49.9 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Cyclase family protein

F: Cyclase family protein

ヘテロ分子

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49.8 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Cyclase family protein

H: Cyclase family protein

ヘテロ分子

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49.9 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Cyclase family protein

J: Cyclase family protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
50.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.080, 68.080, 446.501
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

-
タンパク質 , 1種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質	Cyclase family protein 分子量: 24266.059 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ruegeria pomeroyi DSS-3 (バクテリア) 遺伝子: SPO0761 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5LVE1

-
非ポリマー , 6種, 240分子

#2: 化合物	... ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.04 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 26% PEG MME 550, 0.05 M CaCl2, 0.1M Bis-Tris 6.8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.499
1	1	K, H, -L	2	0.501

反射

解像度: 2.32→34.35 Å / Num. obs: 100307 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.172 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 815856 / Scaling rejects: 188

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.32-2.36	7	1.984	35487	5065	0.35	1.1	99.9
12.71-34.35	7.5	0.053	4578	608	0.998	26.2	96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
SCALA	0.7.9	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Alphafold2

解像度: 2.32→34.04 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 175.84 / 位相誤差: 28.36 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2512	5012	5 %	RANDOM
R_work	0.203	95133	-	-
obs	0.2077	100145	99.94 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 210.21 Å² / B_iso mean: 65.8212 Å² / B_iso min: 26.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.32→34.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16928	0	363	170	17461
B_iso mean	-	-	65.28	47.19	-
残基数	-	-	-	-	2275

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.32-2.36	0.3293	264	0.3147	4837	5101	94
2.36-2.4	0.3231	184	0.3069	4727	4911	96
2.4-2.45	0.3342	272	0.3088	4743	5015	94
2.45-2.5	0.3338	268	0.3048	4713	4981	95
2.5-2.55	0.3098	230	0.2895	4735	4965	95
2.55-2.61	0.3265	202	0.2911	4927	5129	96
2.61-2.68	0.2911	250	0.2865	4647	4897	95
2.68-2.75	0.3012	290	0.2796	4780	5070	94
2.75-2.83	0.3151	204	0.2787	4837	5041	96
2.83-2.92	0.2726	210	0.2575	4725	4935	96
2.92-3.03	0.3041	244	0.2626	4751	4995	95
3.03-3.15	0.3138	254	0.2464	4746	5000	95
3.15-3.29	0.2711	221	0.225	4806	5027	96
3.29-3.46	0.2576	266	0.2096	4772	5038	95
3.47-3.68	0.2779	220	0.193	4755	4975	96
3.68-3.97	0.2744	266	0.1842	4752	5018	95
3.97-4.36	0.1968	268	0.1569	4735	5003	95
4.36-4.99	0.2225	294	0.151	4710	5004	94
4.99-6.28	0.2174	273	0.1678	4749	5022	95
6.29-34.04	0.2235	332	0.1765	4686	5018	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9836	-0.0724	-0.0098	3.0723	-0.5919	0.5519	0.0888	-0.1898	0.1528	-0.1863	0.1756	-0.2731	-0.254	-0.405	-0.2212	0.4925	0.1631	-0.0167	0.4762	-0.008	0.2742	13.4857	32.6007	-64.6467
2	1.5643	1.1631	-0.9964	3.2425	0.7087	1.7969	0.282	0.3443	-0.0583	-0.6656	0.0359	1.0837	-0.3332	0.052	-0.3467	0.4008	0.1055	-0.1627	0.8068	0.1469	0.5625	-7.444	26.9691	-63.2572
3	1.4813	-0.3663	-0.4326	1.8081	-1.353	1.6887	-0.257	-0.4303	0.0035	0.3536	0.748	0.251	-0.2475	-0.2015	-0.4234	0.569	0.0864	-0.1244	0.6707	0.0319	0.3603	1.2086	27.3593	-59.7905
4	1.3213	0.157	-0.1913	1.4065	-0.1736	0.0501	0.5116	0.5604	-0.3677	-0.7581	-0.367	-0.3428	0.4214	-0.5661	-0.1703	0.5749	0.037	-0.119	0.8334	-0.0294	0.4167	1.5908	14.3815	-71.918
5	1.7643	1.3484	2.0365	2.8393	0.6156	3.3558	-0.4059	0.4982	0.2146	-0.7982	0.3278	0.3383	-0.1087	-1.0153	0.1026	0.5847	0.1088	0.0576	0.7849	0.0469	0.3897	0.9761	36.0153	-67.2512
6	4.7623	2.0877	1.3686	0.9234	0.6037	0.3947	0.5846	0.86	-0.5223	-0.0841	1.1152	-0.2588	0.3211	0.6464	-0.7487	0.7679	0.0367	-0.1024	0.8392	0.051	0.3639	3.5438	22.3495	-73.1641
7	0.3016	0.4942	1.0041	0.8149	1.6477	3.3303	-0.2118	0.4072	0.3009	-0.6064	0.0658	0.1116	-1.2417	-0.2091	1.7466	0.6459	0.0865	-0.1591	0.8999	0.255	0.3672	9.0133	32.4703	-70.2989
8	4.435	-0.4718	-2.4799	3.3317	1.7218	4.2317	0.3133	-0.6639	-0.0899	0.4199	0.1096	-0.6257	0.2898	0.4722	-0.4066	0.658	-0.0198	-0.1102	0.4356	-0.0014	0.2101	12.0772	26.2647	-56.3955
9	4.5951	0.0185	2.9031	7.1979	1.185	5.5092	-0.4779	-0.0226	0.2779	-0.4902	0.0073	-0.7803	-0.9162	-0.171	0.4261	0.7845	0.251	0.0405	0.5765	0.0704	0.2718	-7.7491	2.0619	6.259
10	1.3673	-0.5371	0.3843	0.5881	-0.1727	1.7351	-0.0519	0.0048	-0.1169	0.0833	-0.018	0.1191	-0.2411	-0.1471	0.0607	0.4016	0.0895	-0.0856	0.5315	-0.0119	0.3326	-14.1188	2.1552	-4.4188
11	1.5077	0.0259	1.5105	0.997	-0.028	2.1747	0.1102	0.0113	-0.011	0.0382	0.0292	0.1424	0.1805	-0.1585	-0.1425	0.5475	0.0684	-0.1466	0.5263	0.0096	0.275	-1.1381	-11.1251	-0.2619
12	2.3729	-1.3897	0.1436	1.8823	-1.3226	7.3386	-0.0233	-0.3509	0.1019	0.5603	-0.1178	-0.4061	0.2599	1.2968	0.243	0.4859	0.1812	-0.178	0.9024	-0.1237	0.4685	25.5068	-9.3916	5.57
13	0.9065	-0.8118	0.6158	2.8291	-1.6318	4.5029	0.0685	0.0021	-0.1294	0.1675	-0.0668	-0.1428	0.3306	0.3669	-0.0768	0.4128	0.1346	-0.1529	0.5063	-0.0134	0.3181	14.1375	-13.2354	7.0822
14	5.2356	3.7293	1.1198	6.1684	-1.7452	4.479	-0.058	0.3974	0.2235	0.1621	0.1268	0.1464	-0.4528	-0.1665	-0.0873	0.3679	0.1466	-0.0961	0.4815	-0.0603	0.2451	3.998	-2.6761	2.7158
15	2.7363	-0.909	-1.4384	2.6884	0.0737	2.7973	-0.3105	-0.0594	0.5526	0.1082	-0.1263	-0.2616	-0.7248	-0.4669	0.034	0.7335	-0.0327	-0.219	0.8622	-0.1246	0.3018	10.0265	42.2737	57.8426
16	5.7137	0.7555	1.8271	1.3288	0.505	0.6387	-0.1633	-1.359	-1.2689	0.2298	-0.4778	-0.3734	0.2455	-0.8466	-0.013	0.8144	-0.0239	0.0094	1.2729	0.3176	0.6577	9.4724	29.7567	78.0336
17	0.0576	0.2778	0.1935	2.596	0.2465	1.752	-0.1708	-0.7022	-0.3017	-0.0314	0.0758	0.0133	0.2178	0.0235	0.1519	0.5286	0.1813	-0.0527	0.8024	-0.0022	0.2557	-0.0539	31.718	55.108
18	0.6302	-1.0469	0.3469	4.4789	-1.6052	1.0209	-0.3238	0.3274	0.2182	-0.634	0.0677	0.7419	-0.5454	0.2252	-0.0199	0.8029	-0.0008	-0.2862	0.7622	0.1594	0.4712	8.352	46.4799	41.3846
19	0.4082	0.1333	-0.83	1.4269	0.8108	2.7479	-0.0451	0.5257	0.229	-0.1991	-0.2431	0.078	-0.6176	0.2602	0.1549	0.6146	-0.0492	-0.1607	0.7758	0.1078	0.3116	5.6554	48.3248	43.9238
20	2.0457	0.9134	-1.1658	1.4082	-0.2578	0.7637	-0.2267	0.7922	0.4443	-0.7528	-0.2293	0.7031	-0.1521	0.4307	-0.1205	0.6348	0.0782	-0.1558	0.5831	0.1326	0.3039	-1.1266	40.2154	41.7995
21	2.8199	-0.3482	0.5617	2.0219	-0.1321	3.6983	0.046	0.2447	-0.1412	-0.0917	0.0104	0.0781	0.1688	0.4445	0.0226	0.4998	0.103	-0.1149	0.6255	0.0856	0.2164	12.0226	35.2143	50.0337
22	5.0575	1.4184	0.0952	4.8134	-0.5257	0.0708	0.0744	-0.2061	0.4834	-0.0779	0.637	0.1865	1.1763	-0.2573	-0.2911	0.7071	0.157	-0.2952	0.6671	0.0059	0.4718	6.6125	19.1798	61.4184
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3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'J' and (resid 110 through 127 )	J	110 - 127
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'J' and (resid 128 through 148 )	J	128 - 148
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'J' and (resid 149 through 166 )	J	149 - 166
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'J' and (resid 167 through 179 )	J	167 - 179
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'J' and (resid 180 through 194 )	J	180 - 194
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'J' and (resid 195 through 230 )	J	195 - 230
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 1 through 20 )	A	1 - 20
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 21 through 230 )	A	21 - 230
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 3 through 84 )	B	3 - 84
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 85 through 109 )	B	85 - 109
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 110 through 201 )	B	110 - 201
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 202 through 230 )	B	202 - 230
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 5 through 24 )	C	5 - 24
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 25 through 41 )	C	25 - 41
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 42 through 73 )	C	42 - 73
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 74 through 98 )	C	74 - 98
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 99 through 148 )	C	99 - 148
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 149 through 194 )	C	149 - 194
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 195 through 230 )	C	195 - 230
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 6 through 26 )	D	6 - 26
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 27 through 41 )	D	27 - 41
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 42 through 84 )	D	42 - 84
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 85 through 127 )	D	85 - 127
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 128 through 148 )	D	128 - 148
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 149 through 166 )	D	149 - 166
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 167 through 194 )	D	167 - 194
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 195 through 212 )	D	195 - 212
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 213 through 230 )	D	213 - 230
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 4 through 53 )	E	4 - 53
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 54 through 84 )	E	54 - 84
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 85 through 98 )	E	85 - 98
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 99 through 230 )	E	99 - 230
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 6 through 24 )	F	6 - 24
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 25 through 61 )	F	25 - 61
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 62 through 84 )	F	62 - 84
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 85 through 98 )	F	85 - 98
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40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 140 through 166 )	F	140 - 166
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 167 through 179 )	F	167 - 179
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 180 through 212 )	F	180 - 212
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44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'G' and (resid 3 through 19 )	G	3 - 19
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'G' and (resid 20 through 31 )	G	20 - 31
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'G' and (resid 32 through 53 )	G	32 - 53
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'G' and (resid 54 through 72 )	G	54 - 72
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'G' and (resid 73 through 127 )	G	73 - 127
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'G' and (resid 128 through 148 )	G	128 - 148
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'G' and (resid 149 through 165 )	G	149 - 165
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'G' and (resid 166 through 179 )	G	166 - 179
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'G' and (resid 180 through 212 )	G	180 - 212
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56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'H' and (resid 99 through 116 )	H	99 - 116
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'H' and (resid 117 through 230 )	H	117 - 230
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'I' and (resid 3 through 79 )	I	3 - 79
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'I' and (resid 80 through 121 )	I	80 - 121
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61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'I' and (resid 139 through 208 )	I	139 - 208
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'I' and (resid 209 through 230 )	I	209 - 230
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'J' and (resid 1 through 20 )	J	1 - 20
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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