[日本語] English
万見
- PDB-8f9x: Cyclase-Phosphotriesterase from Ruegeria pomeroyi DSS-3 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f9x
タイトルCyclase-Phosphotriesterase from Ruegeria pomeroyi DSS-3
要素Cyclase family protein
キーワードHYDROLASE / cyclase / phosphotriesterase / organophosphates / OP-hydrolase / Zn-dependent enzyme
機能・相同性Kynurenine formamidase/cyclase-like / Kynurenine formamidase superfamily / Putative cyclase / arylformamidase activity / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / metal ion binding / Cyclase family protein
機能・相同性情報
生物種Ruegeria pomeroyi DSS-3 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Frkic, R.L. / Ji, D. / Jackson, C.J.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)CE200100012 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)CE200100029 オーストラリア
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2025
タイトル: A Thermostable Bacterial Metallohydrolase that Degrades Organophosphate Plasticizers.
著者: Ji, D. / Frkic, R.L. / Delyami, J. / Larsen, J.S. / Spence, M.A. / Jackson, C.J.
履歴
登録2022年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02025年1月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / audit_author / entity / pdbx_audit_support / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / struct / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name ..._audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used / _struct.title / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_sheet.number_strands
解説: Atomic clashes / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12025年6月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cyclase family protein
B: Cyclase family protein
C: Cyclase family protein
D: Cyclase family protein
E: Cyclase family protein
F: Cyclase family protein
G: Cyclase family protein
H: Cyclase family protein
I: Cyclase family protein
J: Cyclase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,33275
ポリマ－242,66110
非ポリマー6,67165
水2,612145
1
A: Cyclase family protein
B: Cyclase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,73313
ポリマ－48,5322
非ポリマー1,20111
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-181 kcal/mol
Surface area17620 Å2
手法PISA
2
C: Cyclase family protein
D: Cyclase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,77714
ポリマ－48,5322
非ポリマー1,24512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5990 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area18440 Å2
手法PISA
3
E: Cyclase family protein
F: Cyclase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,70715
ポリマ－48,5322
非ポリマー1,17513
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area19280 Å2
手法PISA
4
G: Cyclase family protein
H: Cyclase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,92316
ポリマ－48,5322
非ポリマー1,39114
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6210 Å2
ΔGint-221 kcal/mol
Surface area17950 Å2
手法PISA
5
I: Cyclase family protein
J: Cyclase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,19217
ポリマ－48,5322
非ポリマー1,66015
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5930 Å2
ΔGint-215 kcal/mol
Surface area18480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.080, 68.080, 446.501
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
Cyclase family protein


分子量: 24266.059 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruegeria pomeroyi DSS-3 (バクテリア)
遺伝子: SPO0761 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5LVE1

-
非ポリマー , 6種, 210分子

#2: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 26% PEG MME 550, 0.05 M CaCl2, 0.1M Bis-Tris 6.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.499
11K, H, -L20.501
反射解像度: 2.32→34.35 Å / Num. obs: 100307 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 815856 / Scaling rejects: 188
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
2.32-2.3671.9843548750650.351.199.9
12.71-34.357.50.05345786080.99826.296.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
SCALA0.7.9データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alphafold2

解像度: 2.32→34.04 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 181.9 / 位相誤差: 30.17 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2529 5012 5 %RANDOM
Rwork0.2192 ---
obs0.2351 100145 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→34.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16924 0 358 145 17427
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.615
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3086106
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0472558
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043204
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.32-2.360.35552640.33084837X-RAY DIFFRACTION94
2.36-2.40.32691840.33644727X-RAY DIFFRACTION96
2.4-2.450.31772720.33854743X-RAY DIFFRACTION94
2.45-2.50.33062680.33634713X-RAY DIFFRACTION95
2.5-2.550.36622300.33084735X-RAY DIFFRACTION95
2.55-2.610.34582020.33584927X-RAY DIFFRACTION96
2.61-2.680.30442500.33794647X-RAY DIFFRACTION95
2.68-2.750.34532900.31974780X-RAY DIFFRACTION94
2.75-2.830.34932040.31594837X-RAY DIFFRACTION96
2.83-2.920.30242100.29784725X-RAY DIFFRACTION96
2.92-3.030.332440.3094751X-RAY DIFFRACTION95
3.03-3.150.32192540.28494746X-RAY DIFFRACTION95
3.15-3.290.30032210.25434806X-RAY DIFFRACTION96
3.29-3.460.25992660.23454772X-RAY DIFFRACTION95
3.47-3.680.29062200.22264755X-RAY DIFFRACTION96
3.68-3.970.26692660.21414752X-RAY DIFFRACTION95
3.97-4.360.23192680.18414735X-RAY DIFFRACTION95
4.36-4.990.23352940.16624710X-RAY DIFFRACTION94
4.99-6.280.22162730.18454749X-RAY DIFFRACTION95
6.29-34.040.2323320.20274686X-RAY DIFFRACTION93

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る