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- PDB-8f9r: Rabbit sialic acid esterase (SIAE) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f9r
タイトルRabbit sialic acid esterase (SIAE)
要素Sialic acid acetylesterase
キーワードHYDROLASE / sialic acid / sialate o-acetylesterase
機能・相同性Sialate O-acetylesterase / Sialate O-acetylesterase domain / Carbohydrate esterase, sialic acid-specific acetylesterase / sialate O-acetylesterase activity / SGNH hydrolase superfamily / carbohydrate metabolic process / Sialic acid acetylesterase
機能・相同性情報
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Ide, D. / Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)250057 カナダ
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Structural Analysis of Mammalian Sialic Acid Esterase.
著者: Ide, D. / Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B.
履歴
登録2022年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年9月11日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / struct_asym / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim / struct_ncs_oper
Item: _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num ..._pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_restr_ncs.pdbx_asym_id / _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _struct_asym.entity_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_ncs_dom.details
解説: Atomic clashes / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年10月23日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sialic acid acetylesterase
B: Sialic acid acetylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,46914
ポリマ－114,2482
非ポリマー8,22212
水1629
1
A: Sialic acid acetylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2357
ポリマ－57,1241
非ポリマー4,1116
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sialic acid acetylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2357
ポリマ－57,1241
非ポリマー4,1116
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.070, 152.690, 81.748
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11LYSLYSILEILEAA22 - 5119 - 498
d_12NAGNAGNAGNAGAM601
d_13NAGNAGNAGNAGCC1
d_14NAGNAGNAGNAGCC2
d_15BMABMABMABMACC3
d_16MANMANMANMANCC4
d_17MANMANMANMANCC5
d_18NAGNAGNAGNAGDD1
d_19NAGNAGNAGNAGDD2
d_110NAGNAGNAGNAGEE1
d_111NAGNAGNAGNAGEE2
d_112BMABMABMABMAEE3
d_113MANMANMANMANEE4
d_114NAGNAGNAGNAGFF1
d_115NAGNAGNAGNAGFF2
d_116BMABMABMABMAFF3
d_117MANMANMANMANFF4
d_118MANMANMANMANFF5
d_119NAGNAGNAGNAGGG1
d_120NAGNAGNAGNAGGG2
d_121FUCFUCFUCFUCDD4
d_122MANMANMANMANEE5
d_123BMABMABMABMADD3
d_21LYSLYSILEILEBB22 - 5119 - 498
d_22NAGNAGNAGNAGBN601
d_23NAGNAGNAGNAGHH1
d_24NAGNAGNAGNAGHH2
d_25BMABMABMABMAHH3
d_26MANMANMANMANHH4
d_27MANMANMANMANHH5
d_28NAGNAGNAGNAGII1
d_29NAGNAGNAGNAGII2
d_210NAGNAGNAGNAGJJ1
d_211NAGNAGNAGNAGJJ2
d_212BMABMABMABMAJJ3
d_213MANMANMANMANJJ4
d_214NAGNAGNAGNAGKK1
d_215NAGNAGNAGNAGKK2
d_216BMABMABMABMAKK3
d_217MANMANMANMANKK4
d_218MANMANMANMANKK5
d_219NAGNAGNAGNAGLL1
d_220NAGNAGNAGNAGLL2
d_221FUCFUCFUCFUCII4
d_222MANMANMANMANJJ5
d_223BMABMABMABMAII3

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.988331107627, -0.0289932975631, -0.149535983605), (-0.0291009676052, -0.999575398435, 0.00146851220759), (-0.149515067404, 0.002900265518, -0.988755193705) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.988331107627, -0.0289932975631, -0.149535983605), (-0.0291009676052, -0.999575398435, 0.00146851220759), (-0.149515067404, 0.002900265518, -0.988755193705)
ベクター: -5.67451514793, 66.8230719792, -5.30395985195)

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要素

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 11分子 AB

#1: タンパク質 Sialic acid acetylesterase


分子量: 57123.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: SIAE
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A5F9D0N0
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 4種, 12分子

#2: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.52 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium phosphate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 50% v/v MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 59316 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 61.56 Å2 / Rrim(I) all: 0.184 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.95→3.06 Å / Num. unique obs: 5810 / CC1/2: 0.314

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.97→50 Å / SU ML: 0.3057 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.4844
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2425 2941 8.57 %
Rwork0.2074 31379 -
obs0.2104 34320 60.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.97→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7838 0 548 9 8395
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048624
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.674311754
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04971394
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00641442
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.92753286
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.0254021081751 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.97-3.020.3638110.3802126X-RAY DIFFRACTION5.06
3.02-3.070.4432220.369230X-RAY DIFFRACTION9.43
3.07-3.130.4439310.3577320X-RAY DIFFRACTION13.2
3.13-3.190.358410.3216438X-RAY DIFFRACTION17.55
3.19-3.260.3409520.313539X-RAY DIFFRACTION21.97
3.26-3.330.3195660.3132700X-RAY DIFFRACTION28.71
3.33-3.40.2908800.3137867X-RAY DIFFRACTION34.82
3.4-3.490.34950.29751023X-RAY DIFFRACTION41.95
3.49-3.580.27371160.28281228X-RAY DIFFRACTION49.47
3.58-3.690.29461300.25361407X-RAY DIFFRACTION56.78
3.69-3.810.26761390.24321533X-RAY DIFFRACTION62.41
3.81-3.940.2491570.20441721X-RAY DIFFRACTION69.81
3.94-4.10.21551900.19441934X-RAY DIFFRACTION78.26
4.1-4.290.23341960.1862128X-RAY DIFFRACTION86.49
4.29-4.510.21862240.17032432X-RAY DIFFRACTION97.86
4.51-4.80.23632380.17332465X-RAY DIFFRACTION100
4.8-5.170.22492340.17932450X-RAY DIFFRACTION99.81
5.17-5.690.24512230.19312454X-RAY DIFFRACTION99.85
5.69-6.510.24122260.21952476X-RAY DIFFRACTION99.85
6.51-8.190.20812310.20172486X-RAY DIFFRACTION99.93
8.19-500.24062390.20442422X-RAY DIFFRACTION98.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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