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- PDB-8f9q: Guinea pig sialic acid esterase (SIAE) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f9q
タイトルGuinea pig sialic acid esterase (SIAE)
要素Sialic acid acetylesterase
キーワードHYDROLASE / sialic acid / sialate o-acetylesterase
機能・相同性Sialate O-acetylesterase / Sialate O-acetylesterase domain / Carbohydrate esterase, sialic acid-specific acetylesterase / sialate O-acetylesterase activity / SGNH hydrolase superfamily / regulation of immune system process / carbohydrate metabolic process / lysosome / Sialic acid acetylesterase
機能・相同性情報
生物種Cavia porcellus (哺乳類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Ide, D. / Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)250057 カナダ
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2024
タイトル: Structural Analysis of Mammalian Sialic Acid Esterase.
著者: Ide, D. / Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B.
履歴
登録2022年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sialic acid acetylesterase
B: Sialic acid acetylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,25710
ポリマ-113,6512
非ポリマー6,6068
45025
1
A: Sialic acid acetylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1285
ポリマ-56,8251
非ポリマー3,3034
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sialic acid acetylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1285
ポリマ-56,8251
非ポリマー3,3034
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)206.554, 206.554, 155.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Space group name HallP64
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z

-
要素

#1: タンパク質 Sialic acid acetylesterase


分子量: 56825.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cavia porcellus (哺乳類) / 遺伝子: SIAE
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: H0VB40, sialate O-acetylesterase
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 8.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 85.37 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 10% w/v PEG5000 MME, 12% v/v 1-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→50 Å / Num. obs: 192756 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.5 % / Biso Wilson estimate: 50.08 Å2 / Rrim(I) all: 0.582 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.76→2.86 Å / Num. unique obs: 19184 / CC1/2: 0.259

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.76→49.61 Å / SU ML: 0.3272 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.4798
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2043 3048 2.9 %
Rwork0.1875 102170 -
obs0.188 105218 55.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.76→49.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7818 0 442 25 8285
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00568484
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.796911574
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04541384
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00641422
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.42833176
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.76-2.80.3771320.36421000X-RAY DIFFRACTION11.87
2.8-2.850.392320.33651198X-RAY DIFFRACTION14.33
2.85-2.90.3611420.32591350X-RAY DIFFRACTION16.12
2.9-2.950.2613520.32781657X-RAY DIFFRACTION19.74
2.95-3.010.3649530.31291867X-RAY DIFFRACTION22.04
3.01-3.070.3545640.32442086X-RAY DIFFRACTION24.94
3.07-3.140.329740.30672318X-RAY DIFFRACTION27.69
3.14-3.210.198860.28762639X-RAY DIFFRACTION31.58
3.21-3.290.2526910.26533062X-RAY DIFFRACTION36.44
3.29-3.380.22151030.24073591X-RAY DIFFRACTION42.4
3.38-3.480.24361170.23064141X-RAY DIFFRACTION49.5
3.48-3.590.22741390.21574828X-RAY DIFFRACTION56.98
3.59-3.720.18691670.21315606X-RAY DIFFRACTION67.33
3.72-3.870.23421790.20636096X-RAY DIFFRACTION72.53
3.87-4.040.21332030.18886676X-RAY DIFFRACTION79.26
4.04-4.260.19682200.16617218X-RAY DIFFRACTION86.42
4.26-4.520.1852300.16497828X-RAY DIFFRACTION92.78
4.52-4.870.16792450.1528154X-RAY DIFFRACTION96.92
4.87-5.360.24622510.16068148X-RAY DIFFRACTION97.06
5.36-6.130.17912420.18818114X-RAY DIFFRACTION96.52
6.14-7.720.19472360.16977920X-RAY DIFFRACTION94.52
7.73-49.610.15691900.15166673X-RAY DIFFRACTION79.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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