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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f9o | ||||||
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タイトル | Dog sialic acid esterase (SIAE) | ||||||
![]() | Sialic acid acetylesterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / sialic acid / sialate o-acetylesterase | ||||||
機能・相同性 | Sialate O-acetylesterase / Sialate O-acetylesterase domain / Carbohydrate esterase, sialic acid-specific acetylesterase / sialate O-acetylesterase activity / SGNH hydrolase superfamily / Sialate O-acetylesterase domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ide, D. / Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Dog sialic acid esterase (SIAE) 著者: Ide, D. / Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 412.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 282.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 47.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 851分子 A![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 56173.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A8C0LZX8, sialate O-acetylesterase |
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#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-糖 , 5種, 5分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#4: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#6: 糖 | ChemComp-NAG / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.01 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.01 M tri-sodium citrate, 16% w/v PEG6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.25→50 Å / Num. obs: 413696 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 14.11 Å2 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 27.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.25→1.29 Å / Num. unique obs: 33962 / CC1/2: 0.48 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→35.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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