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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8f9j | ||||||||||||
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Title | H64A swMb-PrNO adduct | ||||||||||||
![]() | Myoglobin | ||||||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Myoglobin / Nitroso / nitosopropane / RNO / Mb / PrNO | ||||||||||||
Function / homology | ![]() Oxidoreductases; Acting on other nitrogenous compounds as donors / nitrite reductase activity / sarcoplasm / Oxidoreductases; Acting on a peroxide as acceptor; Peroxidases / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Herrera, V.E. / Thomas, L.M. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Insights into Nitrosoalkane Binding to Myoglobin Provided by Crystallography of Wild-Type and Distal Pocket Mutant Derivatives. Authors: Herrera, V.E. / Charles, T.P. / Scott, T.G. / Prather, K.Y. / Nguyen, N.T. / Sohl, C.D. / Thomas, L.M. / Richter-Addo, G.B. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 53 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 34.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 10.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 14.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6e02C ![]() 6e03C ![]() 6e04C ![]() 8f9hC ![]() 8f9iC ![]() 8f9nC ![]() 5ileS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 17298.094 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: H64A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-HEM / | ||||
#3: Chemical | ChemComp-XEM / | ||||
#4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.11 Å3/Da / Density % sol: 60.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: batch mode Details: 2.3-2.6 M Ammonium Sulfate, 100 mM Tris-HCl, 1 mm EDTA, pH 7.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 200 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 200K / Detector: PIXEL / Date: Sep 15, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.75→50 Å / Num. obs: 21393 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1.748 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 107327 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5ile Resolution: 1.75→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 1.595 / SU ML: 0.053 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.092 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 58.97 Å2 / Biso mean: 13.556 Å2 / Biso min: 5.88 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.75→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.75→1.795 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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